https://proteopedia.org/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Amir+Wasser 2026-09-20T21:23:48Z User contributions MediaWiki 1.43.8 https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2411340 2015-06-16T11:41:16Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>__NOTOC__<br /> ==&lt;center&gt;''' (טאק פולימראז) Taq DNA Polymerase '''&lt;/center&gt;==<br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;רקע &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq Polymerase (טאק פולימראז) הוא דנ&quot;א פולימראז שעמיד בחום, הנקרא על שם החיידק התרמופילי [http://he.wikipedia.org/wiki/Thermus_aquaticus Thermus aquaticus]. האנזים בודד לראשונה מהחיידק Thermus aquaticus על ידי Thomas D. Brock ב-1965. ב-[http://www.youtube.com/watch?v=0HCWmD7Mv8U PCR], שיטה המשמשת להגברת מקטעים קטנים של דנ&quot;א, משתמשים לעיתים קרובות בטאק פולימראז. <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;תפקוד החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> <br /> כהכנה לקראת חלוקת התא מתרחשת [http://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80 הכפלה של הדנ&quot;א]. תפקידו של הדנ&quot;א פולימראז הוא לאפשר את היצירה של מולקולות דנ&quot;א מנוקליאוטידים בודדים על בסיס תבנית דנ&quot;א קיים, ובאופן זה מתבצעת ההכפלה. תהליך זה הכרחי לכל היצורים החיים, ולכן כל היצורים החיים מכילים צורה כלשהי של דנ&quot;א פולימראז. קיימים מספר סוגים של דנ&quot;א פולימראז ולחלקם יש פעילות אקסונוקלאזית, כלומר הם יכולים לחתוך נוקלאוטידים מגדיל דנ&quot;א. דבר זה שימושי בתהליכי [http://www.youtube.com/watch?v=YcNhuYh34P4 תיקון טעויות (proofreading) ]במהלך הכפלת הדנ&quot;א. לטאק פולימראז אין פעילות של אקסונוקלאז מ-'3 ל-'5, אבל יש לו יכולת אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3, שמנוצלת עבור חיתוך תחלים של מקטעי אוקזאקי. <br /> <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מבנה החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption=' מבנה תלת מימדי של טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> טאק דנ&quot;א פולימראז הוא חלבון המורכב מ-832 &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/2'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt; (כל אחת מסומנת בצבע אחר), המהוות את ה[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118828?report=fasta המבנה הראשוני] שלו ומשקלו המולקולארי 94 קילו דלתון. המבנה השניוני של החלבון מורכב &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;מסלילי אלפא&lt;/scene&gt; (המסומנים בורוד) &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;וממשטחי בטא&lt;/scene&gt; (המסומנים בצהוב). . הוא מורכב מ&lt;scene name='70/701971/One_chain/1'&gt;שרשרת פוליפפטידית אחת&lt;/scene&gt;, כלומר ללא מבנה רבעוני (מסומנת בצבע חום). <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> <br /> לטאק דנ&quot;א פולימראז &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;שלושה מתחמים- דומיינים&lt;/scene&gt; (המסומנים כל אחד בצבע שונה) הנבדלים זה מזה בפעילותם הביולוגית:<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> 1) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע ורוד) בעל פעילות אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3 (מורכב מחומצות אמינו 1-290). בתוך המתחם הזה ישנם עשר חומצות אמינו שמורות בעלות שייר חומצי, והן: אספרטט בעמדה 18, 67, 119, 120, 142, 144, 188 ו-191 ; גלוטמט בעמדה 76 ו-117. העמדות 18, 119 ו-142 מהוות &lt;scene name='70/701971/Zn2/5'&gt;אתר קשירה ליון אבץ&lt;/scene&gt; (Zn+2) (אתר הקישור מסומן בירוק). העמדות 142, 144 מהוות &lt;scene name='70/701971/142144/3'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום &lt;/scene&gt;אחד (Mg+2) (אתר הקישור מסומן בסגול), והעמדות 116, 117 ו-120 מהוות &lt;scene name='70/701971/Mg_2/2'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום&lt;/scene&gt; שני (Mg+2) (אתר הקישור מסומן באדום). הקישור ליונים הללו נחוץ לפעילות תקינה של החלבון.<br /> <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> 2) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע ירוק) המורכב מחומצות אמינו 291-423. מתחם זה דומה במבנהו למתחם מקביל בדנ&quot;א פולימראז של החיידק אי-קולי. ההבדל בין שני המתחמים, הוא שאצל הראשון (טאק) חסרות מספר חומצות אמינו לעומת השני. הבדל זה כנראה הוא גם הסיבה לכך שלפולימראז של האי-קולי קיימת יכולת אקסונוקלאזית מ-'3 ל-'5, מה שכאמור לא קיים בטאק פולמיראז. כתוצאה מכך אין לו יכולת תיקון טעויות. בנוסף, טאק פולימראז מייצר טעויות בהחלפת בסיס בקצב של טעות אחת ל-9000 נוקלאוטידים שמסונתזים. לכן בצירוף שני הנתונים הללו אמינות השכפול שלו נחשבת נמוכה יחסית.<br /> <br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> 3) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם הפולימראז &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע כחול ומורכב מחומצות אמינו 424-832) האחראי להכניס נוקלאוטידים חדשים לתוך גדיל הדנ&quot;א הנבנה. צורתו המרחבית יוצרת מעין [http://proteopedia.org/wiki/images/6/6d/%D7%99%D7%93_%D7%A4%D7%AA%D7%95%D7%97%D7%94.jpg &quot;יד אדם פתוחה&quot;], הכוללת &quot;אגודל&quot;, &quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot;. ה&quot;אגודל&quot;, ה&quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot; יוצרים כיס שהדנ&quot;א יכול לזוז לאורכו. מולקולת הדנ&quot;א באה באינטראקציה עם מס' חומצות אמינו הממוקמות ב&lt;scene name='70/701971/Polymerase_domain/5'&gt;אזור &quot;כף היד&quot;&lt;/scene&gt; (&quot;כף היד&quot; מסומנת בסגול והדנ&quot;א בירוק). חומצות אמינו אלה הן שמורות ומהוות את &lt;scene name='70/701971/Palm_active_site/4'&gt;האתר הפעיל&lt;/scene&gt; (המסומן בצבע כתום) של מתחם הפולימראז. ה&quot;יד הפתוחה&quot; של הטאק פולימראז [http://mcdb3280colorado.pbworks.com/w/page/15225539/Taq%20Polymerase עוטפת את גדיל הדנ&quot;א], דבר שמביא בעקבותיו שינוי מרחבי ובעקבות כך הוספת בסיסים לגדיל הדנ&quot;א הנבנה. מתחם זה ממוקם ב&lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;קצה הקרבוקסילי&lt;/scene&gt; של האנזים (מסומן בצבע כחול), ומעניין לציין כי הוא קיימת זהות של 51% מחומצות האמינו למקטע המקביל שלו בדנ&quot;א פולימראז של האי-קולי.<br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> בהשוואה לדנ&quot;א פולימראז מהאי קולי, טאק פולימראז מכיל ארבעה [http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%A7%D7%A9%D7%A8%D7%99-%D7%9E%D7%99%D7%9E%D7%9F קשרי מימן] נוספים, שני גשרי מלח ([http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%9E%D7%94%D7%95-%D7%A7%D7%A9%D7%A8-%D7%99%D7%95%D7%A0%D7%99 קשרים יוניים]) הידרופוביים במקום הידרופוליים במקור. ייתכן, ומבנה שונה זה מקנה לטאק פולימראז את יכולת העמידות בטמפרטורת גבוהות.<br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;PCR-השימוש בחלבון ב &lt;/div&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Thermus aquaticus הוא חיידק שחי במעיינות חמים, ובהתאם אנזים השכפול שלו טאק פולימראז עמיד לתנאי ה[http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%93%D7%A0%D7%98%D7%95%D7%A8%D7%A6%D7%99%D7%94#.D7.93.D7.A0.D7.98.D7.95.D7.A8.D7.A6.D7.99.D7.94_.D7.A9.D7.9C_.D7.97.D7.95.D7.9E.D7.A6.D7.95.D7.AA_.D7.92.D7.A8.D7.A2.D7.99.D7.9F דנטורציה של הדנ&quot;א] (טמפרטורות גבוהות) שנדרשים במהלך ה-PCR. האנזים החליף את הדנ&quot;א פולימראז מהאי-קולי שהשתמשו בו במקור ב-PCR. הטמפרטורה המיטבית (אופטימאלית) עבור פעילות של טאק היא 72-75 מעלות צלזיוס, עם יכולת שכפול של 1000 נוקליאוטידים של דנ&quot;א בפחות מ-10 דקות ב-72 מעלות צלזיוס. טאק יציב בטמפרטורה של 95 מעלות צלזיוס, הטמפרטורה שנדרשת עבור דנטורציה של סליל דנ&quot;א (כלומר, ניתוק הקשרים בין 2 גדילי הדנ&quot;א ויצירת דנ&quot;א חד גדילי). משתמשים בטאק באופן נרחב ב-PCR (פרוצדורה של הגברת מקטעי דנ&quot;א), וזאת בשל העמידות שלו לחום. תכונה זו של האנזים מאפשרת להוסיפו רק פעם אחת בתחילת תהליך ה-PCR. לסיכום, טאק פולימראז הוא כלי בעל ערך בתחום הביולוגיה המולקולארית, בשל היותו מרכיב מפתח בתהליך ה-PCR.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> .<br /> <br /> <br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מקורות &lt;/div&gt;==<br /> [http://what-when-how.com/molecular-biology/taq-dna-polymerase-molecular-biology/ link title]<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2411339 2015-06-16T11:40:15Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>__NOTOC__<br /> ==&lt;center&gt;''' (טאק פולימראז) Taq DNA Polymerase '''&lt;/center&gt;==<br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;רקע &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq Polymerase (טאק פולימראז) הוא דנ&quot;א פולימראז שעמיד בחום, הנקרא על שם החיידק התרמופילי [http://he.wikipedia.org/wiki/Thermus_aquaticus Thermus aquaticus]. האנזים בודד לראשונה מהחיידק Thermus aquaticus על ידי Thomas D. Brock ב-1965. ב-[http://www.youtube.com/watch?v=0HCWmD7Mv8U PCR], שיטה המשמשת להגברת מקטעים קטנים של דנ&quot;א, משתמשים לעיתים קרובות בטאק פולימראז. <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;תפקוד החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> <br /> כהכנה לקראת חלוקת התא מתרחשת [http://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80 הכפלה של הדנ&quot;א]. תפקידו של הדנ&quot;א פולימראז הוא לאפשר את היצירה של מולקולות דנ&quot;א מנוקליאוטידים בודדים על בסיס תבנית דנ&quot;א קיים, ובאופן זה מתבצעת ההכפלה. תהליך זה הכרחי לכל היצורים החיים, ולכן כל היצורים החיים מכילים צורה כלשהי של דנ&quot;א פולימראז. קיימים מספר סוגים של דנ&quot;א פולימראז ולחלקם יש פעילות אקסונוקלאזית, כלומר הם יכולים לחתוך נוקלאוטידים מגדיל דנ&quot;א. דבר זה שימושי בתהליכי [http://www.youtube.com/watch?v=YcNhuYh34P4 תיקון טעויות (proofreading) ]במהלך הכפלת הדנ&quot;א. לטאק פולימראז אין פעילות של אקסונוקלאז מ-'3 ל-'5, אבל יש לו יכולת אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3, שמנוצלת עבור חיתוך תחלים של מקטעי אוקזאקי. <br /> <br /> &lt;/p&gt;<br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118828?report=fasta המבנה הראשוני]<br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מבנה החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption=' מבנה תלת מימדי של טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> טאק דנ&quot;א פולימראז הוא חלבון המורכב מ-832 &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/2'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt; (כל אחת מסומנת בצבע אחר), המהוות את ה[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118828?report=fasta המבנה הראשוני] שלו ומשקלו המולקולארי 94 קילו דלתון. המבנה השניוני של החלבון מורכב &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;מסלילי אלפא&lt;/scene&gt; (המסומנים בורוד) &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;וממשטחי בטא&lt;/scene&gt; (המסומנים בצהוב). . הוא מורכב מ&lt;scene name='70/701971/One_chain/1'&gt;שרשרת פוליפפטידית אחת&lt;/scene&gt;, כלומר ללא מבנה רבעוני (מסומנת בצבע חום). <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> <br /> לטאק דנ&quot;א פולימראז &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;שלושה מתחמים- דומיינים&lt;/scene&gt; (המסומנים כל אחד בצבע שונה) הנבדלים זה מזה בפעילותם הביולוגית:<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> 1) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע ורוד) בעל פעילות אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3 (מורכב מחומצות אמינו 1-290). בתוך המתחם הזה ישנם עשר חומצות אמינו שמורות בעלות שייר חומצי, והן: אספרטט בעמדה 18, 67, 119, 120, 142, 144, 188 ו-191 ; גלוטמט בעמדה 76 ו-117. העמדות 18, 119 ו-142 מהוות &lt;scene name='70/701971/Zn2/5'&gt;אתר קשירה ליון אבץ&lt;/scene&gt; (Zn+2) (אתר הקישור מסומן בירוק). העמדות 142, 144 מהוות &lt;scene name='70/701971/142144/3'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום &lt;/scene&gt;אחד (Mg+2) (אתר הקישור מסומן בסגול), והעמדות 116, 117 ו-120 מהוות &lt;scene name='70/701971/Mg_2/2'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום&lt;/scene&gt; שני (Mg+2) (אתר הקישור מסומן באדום). הקישור ליונים הללו נחוץ לפעילות תקינה של החלבון.<br /> <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> 2) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע ירוק) המורכב מחומצות אמינו 291-423. מתחם זה דומה במבנהו למתחם מקביל בדנ&quot;א פולימראז של החיידק אי-קולי. ההבדל בין שני המתחמים, הוא שאצל הראשון (טאק) חסרות מספר חומצות אמינו לעומת השני. הבדל זה כנראה הוא גם הסיבה לכך שלפולימראז של האי-קולי קיימת יכולת אקסונוקלאזית מ-'3 ל-'5, מה שכאמור לא קיים בטאק פולמיראז. כתוצאה מכך אין לו יכולת תיקון טעויות. בנוסף, טאק פולימראז מייצר טעויות בהחלפת בסיס בקצב של טעות אחת ל-9000 נוקלאוטידים שמסונתזים. לכן בצירוף שני הנתונים הללו אמינות השכפול שלו נחשבת נמוכה יחסית.<br /> <br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> 3) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם הפולימראז &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע כחול ומורכב מחומצות אמינו 424-832) האחראי להכניס נוקלאוטידים חדשים לתוך גדיל הדנ&quot;א הנבנה. צורתו המרחבית יוצרת מעין [http://proteopedia.org/wiki/images/6/6d/%D7%99%D7%93_%D7%A4%D7%AA%D7%95%D7%97%D7%94.jpg &quot;יד אדם פתוחה&quot;], הכוללת &quot;אגודל&quot;, &quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot;. ה&quot;אגודל&quot;, ה&quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot; יוצרים כיס שהדנ&quot;א יכול לזוז לאורכו. מולקולת הדנ&quot;א באה באינטראקציה עם מס' חומצות אמינו הממוקמות ב&lt;scene name='70/701971/Polymerase_domain/5'&gt;אזור &quot;כף היד&quot;&lt;/scene&gt; (&quot;כף היד&quot; מסומנת בסגול והדנ&quot;א בירוק). חומצות אמינו אלה הן שמורות ומהוות את &lt;scene name='70/701971/Palm_active_site/4'&gt;האתר הפעיל&lt;/scene&gt; (המסומן בצבע כתום) של מתחם הפולימראז. ה&quot;יד הפתוחה&quot; של הטאק פולימראז [http://mcdb3280colorado.pbworks.com/w/page/15225539/Taq%20Polymerase עוטפת את גדיל הדנ&quot;א], דבר שמביא בעקבותיו שינוי מרחבי ובעקבות כך הוספת בסיסים לגדיל הדנ&quot;א הנבנה. מתחם זה ממוקם ב&lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;קצה הקרבוקסילי&lt;/scene&gt; של האנזים (מסומן בצבע כחול), ומעניין לציין כי הוא קיימת זהות של 51% מחומצות האמינו למקטע המקביל שלו בדנ&quot;א פולימראז של האי-קולי.<br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> בהשוואה לדנ&quot;א פולימראז מהאי קולי, טאק פולימראז מכיל ארבעה [http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%A7%D7%A9%D7%A8%D7%99-%D7%9E%D7%99%D7%9E%D7%9F קשרי מימן] נוספים, שני גשרי מלח ([http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%9E%D7%94%D7%95-%D7%A7%D7%A9%D7%A8-%D7%99%D7%95%D7%A0%D7%99 קשרים יוניים]) הידרופוביים במקום הידרופוליים במקור. ייתכן, ומבנה שונה זה מקנה לטאק פולימראז את יכולת העמידות בטמפרטורת גבוהות.<br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;PCR-השימוש בחלבון ב &lt;/div&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Thermus aquaticus הוא חיידק שחי במעיינות חמים, ובהתאם אנזים השכפול שלו טאק פולימראז עמיד לתנאי ה[http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%93%D7%A0%D7%98%D7%95%D7%A8%D7%A6%D7%99%D7%94#.D7.93.D7.A0.D7.98.D7.95.D7.A8.D7.A6.D7.99.D7.94_.D7.A9.D7.9C_.D7.97.D7.95.D7.9E.D7.A6.D7.95.D7.AA_.D7.92.D7.A8.D7.A2.D7.99.D7.9F דנטורציה של הדנ&quot;א] (טמפרטורות גבוהות) שנדרשים במהלך ה-PCR. האנזים החליף את הדנ&quot;א פולימראז מהאי-קולי שהשתמשו בו במקור ב-PCR. הטמפרטורה המיטבית (אופטימאלית) עבור פעילות של טאק היא 72-75 מעלות צלזיוס, עם יכולת שכפול של 1000 נוקליאוטידים של דנ&quot;א בפחות מ-10 דקות ב-72 מעלות צלזיוס. טאק יציב בטמפרטורה של 95 מעלות צלזיוס, הטמפרטורה שנדרשת עבור דנטורציה של סליל דנ&quot;א (כלומר, ניתוק הקשרים בין 2 גדילי הדנ&quot;א ויצירת דנ&quot;א חד גדילי). משתמשים בטאק באופן נרחב ב-PCR (פרוצדורה של הגברת מקטעי דנ&quot;א), וזאת בשל העמידות שלו לחום. תכונה זו של האנזים מאפשרת להוסיפו רק פעם אחת בתחילת תהליך ה-PCR. לסיכום, טאק פולימראז הוא כלי בעל ערך בתחום הביולוגיה המולקולארית, בשל היותו מרכיב מפתח בתהליך ה-PCR.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> .<br /> <br /> <br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מקורות &lt;/div&gt;==<br /> [http://what-when-how.com/molecular-biology/taq-dna-polymerase-molecular-biology/ link title]<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2411330 2015-06-16T11:05:04Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>__NOTOC__<br /> ==&lt;center&gt;''' (טאק פולימראז) Taq DNA Polymerase '''&lt;/center&gt;==<br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;רקע &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq Polymerase (טאק פולימראז) הוא דנ&quot;א פולימראז שעמיד בחום, הנקרא על שם החיידק התרמופילי [http://he.wikipedia.org/wiki/Thermus_aquaticus Thermus aquaticus]. האנזים בודד לראשונה מהחיידק Thermus aquaticus על ידי Thomas D. Brock ב-1965. ב-[http://www.youtube.com/watch?v=0HCWmD7Mv8U PCR], שיטה המשמשת להגברת מקטעים קטנים של דנ&quot;א, משתמשים לעיתים קרובות בטאק פולימראז. <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;תפקוד החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> <br /> כהכנה לקראת חלוקת התא מתרחשת [http://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80 הכפלה של הדנ&quot;א]. תפקידו של הדנ&quot;א פולימראז הוא לאפשר את היצירה של מולקולות דנ&quot;א מנוקליאוטידים בודדים על בסיס תבנית דנ&quot;א קיים, ובאופן זה מתבצעת ההכפלה. תהליך זה הכרחי לכל היצורים החיים, ולכן כל היצורים החיים מכילים צורה כלשהי של דנ&quot;א פולימראז. קיימים מספר סוגים של דנ&quot;א פולימראז ולחלקם יש פעילות אקסונוקלאזית, כלומר הם יכולים לחתוך נוקלאוטידים מגדיל דנ&quot;א. דבר זה שימושי בתהליכי [http://www.youtube.com/watch?v=YcNhuYh34P4 תיקון טעויות (proofreading) ]במהלך הכפלת הדנ&quot;א. לטאק פולימראז אין פעילות של אקסונוקלאז מ-'3 ל-'5, אבל יש לו יכולת אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3, שמנוצלת עבור חיתוך תחלים של מקטעי אוקזאקי. <br /> <br /> &lt;/p&gt;<br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118828?report=fasta המבנה הראשוני]<br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מבנה החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption=' מבנה תלת מימדי של טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> טאק דנ&quot;א פולימראז הוא חלבון המורכב מ-832 &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/2'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt; (כל אחת מסומנת בצבע אחר), המהוות את ה[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118828?report=fasta המבנה הראשוני] שלו ומשקלו המולקולארי 94 קילו דלתון. המבנה השניוני של החלבון מורכב &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;מסלילי אלפא&lt;/scene&gt; (המסומנים בורוד) &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;וממשטחי בטא&lt;/scene&gt; (המסומנים בצהוב). . הוא מורכב מ&lt;scene name='70/701971/One_chain/1'&gt;שרשרת פוליפפטידית אחת&lt;/scene&gt;, כלומר ללא מבנה רבעוני (מסומנת בצבע חום). <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> <br /> לטאק דנ&quot;א פולימראז &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;שלושה מתחמים- דומיינים&lt;/scene&gt; (המסומנים כל אחד בצבע שונה) הנבדלים זה מזה בפעילותם הביולוגית:<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> 1) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע ורוד) בעל פעילות אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3 (מורכב מחומצות אמינו 1-290). בתוך המתחם הזה ישנם עשר חומצות אמינו שמורות בעלות שייר חומצי, והן: אספרטט בעמדה 18, 67, 119, 120, 142, 144, 188 ו-191 ; גלוטמט בעמדה 76 ו-117. העמדות 18, 119 ו-142 מהוות &lt;scene name='70/701971/Zn2/5'&gt;אתר קשירה ליון אבץ&lt;/scene&gt; (Zn+2) (אתר הקישור מסומן בירוק). העמדות 142, 144 מהוות &lt;scene name='70/701971/142144/3'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום &lt;/scene&gt;אחד (Mg+2) (אתר הקישור מסומן בסגול), והעמדות 116, 117 ו-120 מהוות &lt;scene name='70/701971/Mg_2/2'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום&lt;/scene&gt; שני (Mg+2) (אתר הקישור מסומן באדום). הקישור ליונים הללו נחוץ לפעילות תקינה של החלבון.<br /> <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> 2) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע ירוק) המורכב מחומצות אמינו 291-423. מתחם זה דומה במבנהו למתחם מקביל בדנ&quot;א פולימראז של החיידק אי-קולי. ההבדל בין שני המתחמים, הוא שאצל הראשון (טאק) חסרות מספר חומצות אמינו לעומת השני. הבדל זה כנראה הוא גם הסיבה לכך שלפולימראז של האי-קולי קיימת יכולת אקסונוקלאזית מ-'3 ל-'5, מה שכאמור לא קיים בטאק פולמיראז. כתוצאה מכך אין לו יכולת תיקון טעויות. בנוסף, טאק פולימראז מייצר טעויות בהחלפת בסיס בקצב של טעות אחת ל-9000 נוקלאוטידים שמסונתזים. לכן בצירוף שני הנתונים הללו אמינות השכפול שלו נחשבת נמוכה יחסית.<br /> <br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> 3) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם הפולימראז &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע כחול ומורכב מחומצות אמינו 424-832) האחראי להכניס נוקלאוטידים חדשים לתוך גדיל הדנ&quot;א הנבנה. צורתו המרחבית יוצרת מעין [http://proteopedia.org/wiki/images/6/6d/%D7%99%D7%93_%D7%A4%D7%AA%D7%95%D7%97%D7%94.jpg &quot;יד אדם פתוחה&quot;], הכוללת &quot;אגודל&quot;, &quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot;. ה&quot;אגודל&quot;, ה&quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot; יוצרים כיס שהדנ&quot;א יכול לזוז לאורכו. מולקולת הדנ&quot;א באה באינטראקציה עם מס' חומצות אמינו הממוקמות ב&lt;scene name='70/701971/Polymerase_domain/5'&gt;אזור &quot;כף היד&quot;&lt;/scene&gt; (&quot;כף היד&quot; מסומנת בסגול והדנ&quot;א בירוק). חומצות אמינו אלה הן שמורות ומהוות את &lt;scene name='70/701971/Palm_active_site/4'&gt;האתר הפעיל&lt;/scene&gt; (המסומן בצבע כתום) של מתחם הפולימראז. ה&quot;יד הפתוחה&quot; של הטאק פולימראז [http://mcdb3280colorado.pbworks.com/w/page/15225539/Taq%20Polymerase עוטפת את גדיל הדנ&quot;א], דבר שמביא בעקבותיו שינוי מרחבי ובעקבות כך הוספת בסיסים לגדיל הדנ&quot;א הנבנה. מתחם זה ממוקם ב&lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;קצה הקרבוקסילי&lt;/scene&gt; של האנזים (מסומן בצבע כחול), ומעניין לציין כי הוא קיימת זהות של 51% מחומצות האמינו למקטע המקביל שלו בדנ&quot;א פולימראז של האי-קולי.<br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> בהשוואה לדנ&quot;א פולימראז מהאי קולי, טאק פולימראז מכיל ארבעה [http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%A7%D7%A9%D7%A8%D7%99-%D7%9E%D7%99%D7%9E%D7%9F קשרי מימן] נוספים, שני גשרי מלח ([http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%9E%D7%94%D7%95-%D7%A7%D7%A9%D7%A8-%D7%99%D7%95%D7%A0%D7%99 קשרים יוניים]) הידרופוביים במקום הידרופוליים במקור. ייתכן, ומבנה שונה זה מקנה לטאק פולימראז את יכולת העמידות בטמפרטורת גבוהות.<br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;PCR-השימוש בחלבון ב &lt;/div&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Thermus aquaticus הוא חיידק שחי במעיינות חמים, ובהתאם אנזים השכפול שלו טאק פולימראז עמיד לתנאי ה[http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%93%D7%A0%D7%98%D7%95%D7%A8%D7%A6%D7%99%D7%94#.D7.93.D7.A0.D7.98.D7.95.D7.A8.D7.A6.D7.99.D7.94_.D7.A9.D7.9C_.D7.97.D7.95.D7.9E.D7.A6.D7.95.D7.AA_.D7.92.D7.A8.D7.A2.D7.99.D7.9F דנטורציה של הדנ&quot;א] (טמפרטורות גבוהות) שנדרשים במהלך ה-PCR. האנזים החליף את הדנ&quot;א פולימראז מהאי-קולי שהשתמשו בו במקור ב-PCR. הטמפרטורה המיטבית (אופטימאלית) עבור פעילות של טאק היא 72-75 מעלות צלזיוס, עם יכולת שכפול של 1000 נוקליאוטידים של דנ&quot;א בפחות מ-10 דקות ב-72 מעלות צלזיוס. טאק יציב בטמפרטורה של 95 מעלות צלזיוס, הטמפרטורה שנדרשת עבור דנטורציה של סליל דנ&quot;א (כלומר, ניתוק הקשרים בין 2 גדילי הדנ&quot;א ויצירת דנ&quot;א חד גדילי). משתמשים בטאק באופן נרחב ב-PCR (פרוצדורה של הגברת מקטעי דנ&quot;א), וזאת בשל העמידות שלו לחום. תכונה זו של האנזים מאפשרת להוסיפו רק פעם אחת בתחילת תהליך ה-PCR. לסיכום, טאק פולימראז הוא כלי בעל ערך בתחום הביולוגיה המולקולארית, בשל היותו מרכיב מפתח בתהליך ה-PCR.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> .<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> <br /> <br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מקורות &lt;/div&gt;==<br /> [http://what-when-how.com/molecular-biology/taq-dna-polymerase-molecular-biology/ link title]<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2411325 2015-06-16T10:40:12Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>__NOTOC__<br /> ==&lt;center&gt;''' (טאק פולימראז) Taq DNA Polymerase '''&lt;/center&gt;==<br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;רקע &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq Polymerase (טאק פולימראז) הוא דנ&quot;א פולימראז שעמיד בחום, הנקרא על שם החיידק התרמופילי [http://he.wikipedia.org/wiki/Thermus_aquaticus Thermus aquaticus]. האנזים בודד לראשונה מהחיידק Thermus aquaticus על ידי Thomas D. Brock ב-1965. ב-[http://www.youtube.com/watch?v=0HCWmD7Mv8U PCR], שיטה המשמשת להגברת מקטעים קטנים של דנ&quot;א, משתמשים לעיתים קרובות בטאק פולימראז. <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;תפקוד החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> <br /> כהכנה לקראת חלוקת התא מתרחשת [http://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80 הכפלה של הדנ&quot;א]. תפקידו של הדנ&quot;א פולימראז הוא לאפשר את היצירה של מולקולות דנ&quot;א מנוקליאוטידים בודדים על בסיס תבנית דנ&quot;א קיים, ובאופן זה מתבצעת ההכפלה. תהליך זה הכרחי לכל היצורים החיים, ולכן כל היצורים החיים מכילים צורה כלשהי של דנ&quot;א פולימראז. קיימים מספר סוגים של דנ&quot;א פולימראז ולחלקם יש פעילות אקסונוקלאזית, כלומר הם יכולים לחתוך נוקלאוטידים מגדיל דנ&quot;א. דבר זה שימושי בתהליכי [http://www.youtube.com/watch?v=YcNhuYh34P4 תיקון טעויות (proofreading) ]במהלך הכפלת הדנ&quot;א. לטאק פולימראז אין פעילות של אקסונוקלאז מ-'3 ל-'5, אבל יש לו יכולת אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3, שמנוצלת עבור חיתוך תחלים של מקטעי אוקזאקי. <br /> <br /> &lt;/p&gt;<br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118828?report=fasta המבנה הראשוני]<br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מבנה החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption=' מבנה תלת מימדי של טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> טאק דנ&quot;א פולימראז הוא חלבון המורכב מ-832 &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/2'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt; (כל אחת מסומנת בצבע אחר), המהוות את ה[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118828?report=fasta המבנה הראשוני] שלו ומשקלו המולקולארי 94 קילו דלתון. המבנה השניוני של החלבון מורכב &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;מסלילי אלפא&lt;/scene&gt; (המסומנים בורוד) &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;וממשטחי בטא&lt;/scene&gt; (המסומנים בצהוב). ניתן לראות שבטאק פולימראז יש יותר סלילי אלפא מאשר משטחי בטא. הוא מורכב מ&lt;scene name='70/701971/One_chain/1'&gt;שרשרת פוליפפטידית אחת&lt;/scene&gt;, כלומר ללא מבנה רבעוני (מסומנת בצבע חום). <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> <br /> לטאק דנ&quot;א פולימראז &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;שלושה מתחמים- דומיינים&lt;/scene&gt; (המסומנים כל אחד בצבע שונה) הנבדלים זה מזה בפעילותם הביולוגית:<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> 1) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע ורוד) בעל פעילות אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3 (מורכב מחומצות אמינו 1-290). בתוך המתחם הזה ישנם עשר חומצות אמינו שמורות בעלות שייר חומצי, והן: אספרטט בעמדה 18, 67, 119, 120, 142, 144, 188 ו-191 ; גלוטמט בעמדה 76 ו-117. העמדות 18, 119 ו-142 מהוות &lt;scene name='70/701971/Zn2/5'&gt;אתר קשירה ליון אבץ&lt;/scene&gt; (Zn+2) (אתר הקישור מסומן בירוק). העמדות 142, 144 מהוות &lt;scene name='70/701971/142144/3'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום &lt;/scene&gt;אחד (Mg+2) (אתר הקישור מסומן בסגול), והעמדות 116, 117 ו-120 מהוות &lt;scene name='70/701971/Mg_2/2'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום&lt;/scene&gt; שני (Mg+2) (אתר הקישור מסומן באדום). הקישור ליונים הללו נחוץ לפעילות תקינה של החלבון.<br /> <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> '''2)''' &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע ירוק) המורכב מחומצות אמינו 291-423. מתחם זה דומה במבנהו למתחם מקביל בדנ&quot;א פולימראז של החיידק אי-קולי. ההבדל בין שני המתחמים, הוא שאצל הראשון (טאק) חסרות מספר חומצות אמינו לעומת השני. הבדל זה כנראה הוא גם הסיבה לכך שלפולימראז של האי-קולי קיימת יכולת אקסונוקלאזית מ-'3 ל-'5, מה שכאמור לא קיים בטאק פולמיראז. כתוצאה מכך אין לו יכולת תיקון טעויות. בנוסף, טאק פולימראז מייצר טעויות בהחלפת בסיס בקצב של טעות אחת ל-9000 נוקלאוטידים שמסונתזים. לכן בצירוף שני הנתונים הללו אמינות השכפול שלו נחשבת נמוכה יחסית.<br /> <br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> 3) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם הפולימראז &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע כחול ומורכב מחומצות אמינו 424-832) האחראי להכניס נוקלאוטידים חדשים לתוך גדיל הדנ&quot;א הנבנה. צורתו המרחבית יוצרת מעין [http://proteopedia.org/wiki/images/6/6d/%D7%99%D7%93_%D7%A4%D7%AA%D7%95%D7%97%D7%94.jpg &quot;יד אדם פתוחה&quot;], הכוללת &quot;אגודל&quot;, &quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot;. ה&quot;אגודל&quot;, ה&quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot; יוצרים כיס שהדנ&quot;א יכול לזוז לאורכו. מולקולת הדנ&quot;א באה באינטראקציה עם מס' חומצות אמינו הממוקמות ב&lt;scene name='70/701971/Polymerase_domain/5'&gt;אזור &quot;כף היד&quot;&lt;/scene&gt; (&quot;כף היד&quot; מסומנת בסגול והדנ&quot;א בירוק). חומצות אמינו אלה הן שמורות ומהוות את &lt;scene name='70/701971/Palm_active_site/4'&gt;האתר הפעיל&lt;/scene&gt; (המסומן בצבע כתום) של מתחם הפולימראז. ה&quot;יד הפתוחה&quot; של הטאק פולימראז [http://mcdb3280colorado.pbworks.com/w/page/15225539/Taq%20Polymerase עוטפת את גדיל הדנ&quot;א], דבר שמביא בעקבותיו שינוי מרחבי ובעקבות כך הוספת בסיסים לגדיל הדנ&quot;א הנבנה. מתחם זה ממוקם ב&lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;קצה הקרבוקסילי&lt;/scene&gt; של האנזים (מסומן בצבע כחול), ומעניין לציין כי הוא קיימת זהות של 51% מחומצות האמינו למקטע המקביל שלו בדנ&quot;א פולימראז של האי-קולי.<br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> בהשוואה לדנ&quot;א פולימראז מהאי קולי, טאק פולימראז מכיל ארבעה [http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%A7%D7%A9%D7%A8%D7%99-%D7%9E%D7%99%D7%9E%D7%9F קשרי מימן] נוספים, שני גשרי מלח ([http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%9E%D7%94%D7%95-%D7%A7%D7%A9%D7%A8-%D7%99%D7%95%D7%A0%D7%99 קשרים יוניים]) הידרופוביים במקום הידרופוליים במקור. ייתכן, ומבנה שונה זה מקנה לטאק פולימראז את יכולת העמידות בטמפרטורת גבוהות.<br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;PCR-השימוש בחלבון ב &lt;/div&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Thermus aquaticus הוא חיידק שחי במעיינות חמים, ובהתאם אנזים השכפול שלו טאק פולימראז עמיד לתנאי ה[http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%93%D7%A0%D7%98%D7%95%D7%A8%D7%A6%D7%99%D7%94#.D7.93.D7.A0.D7.98.D7.95.D7.A8.D7.A6.D7.99.D7.94_.D7.A9.D7.9C_.D7.97.D7.95.D7.9E.D7.A6.D7.95.D7.AA_.D7.92.D7.A8.D7.A2.D7.99.D7.9F דנטורציה של הדנ&quot;א] (טמפרטורות גבוהות) שנדרשים במהלך ה-PCR. האנזים החליף את הדנ&quot;א פולימראז מהאי-קולי שהשתמשו בו במקור ב-PCR. הטמפרטורה המיטבית (אופטימאלית) עבור פעילות של טאק היא 72-75 מעלות צלזיוס, עם יכולת שכפול של 1000 נוקליאוטידים של דנ&quot;א בפחות מ-10 דקות ב-72 מעלות צלזיוס. טאק יציב בטמפרטורה של 95 מעלות צלזיוס, הטמפרטורה שנדרשת עבור דנטורציה של סליל דנ&quot;א (כלומר, ניתוק הקשרים בין 2 גדילי הדנ&quot;א ויצירת דנ&quot;א חד גדילי). משתמשים בטאק באופן נרחב ב-PCR (פרוצדורה של הגברת מקטעי דנ&quot;א), וזאת בשל העמידות שלו לחום. תכונה זו של האנזים מאפשרת להוסיפו רק פעם אחת בתחילת תהליך ה-PCR. לסיכום, טאק פולימראז הוא כלי בעל ערך בתחום הביולוגיה המולקולארית, בשל היותו מרכיב מפתח בתהליך ה-PCR.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> .<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> <br /> <br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מקורות &lt;/div&gt;==<br /> [http://what-when-how.com/molecular-biology/taq-dna-polymerase-molecular-biology/ link title]<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2411323 2015-06-16T10:38:19Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>__NOTOC__<br /> ==&lt;center&gt;''' (טאק פולימראז) Taq DNA Polymerase '''&lt;/center&gt;==<br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;רקע &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq Polymerase (טאק פולימראז) הוא דנ&quot;א פולימראז שעמיד בחום, הנקרא על שם החיידק התרמופילי [http://he.wikipedia.org/wiki/Thermus_aquaticus Thermus aquaticus]. האנזים בודד לראשונה מהחיידק Thermus aquaticus על ידי Thomas D. Brock ב-1965. ב-[http://www.youtube.com/watch?v=0HCWmD7Mv8U PCR], שיטה המשמשת להגברת מקטעים קטנים של דנ&quot;א, משתמשים לעיתים קרובות בטאק פולימראז. <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;תפקוד החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> <br /> כהכנה לקראת חלוקת התא מתרחשת [http://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80 הכפלה של הדנ&quot;א]. תפקידו של הדנ&quot;א פולימראז הוא לאפשר את היצירה של מולקולות דנ&quot;א מנוקליאוטידים בודדים על בסיס תבנית דנ&quot;א קיים, ובאופן זה מתבצעת ההכפלה. תהליך זה הכרחי לכל היצורים החיים, ולכן כל היצורים החיים מכילים צורה כלשהי של דנ&quot;א פולימראז. קיימים מספר סוגים של דנ&quot;א פולימראז ולחלקם יש פעילות אקסונוקלאזית, כלומר הם יכולים לחתוך נוקלאוטידים מגדיל דנ&quot;א. דבר זה שימושי בתהליכי [http://www.youtube.com/watch?v=YcNhuYh34P4 תיקון טעויות (proofreading) ]במהלך הכפלת הדנ&quot;א. לטאק פולימראז אין פעילות של אקסונוקלאז מ-'3 ל-'5, אבל יש לו יכולת אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3, שמנוצלת עבור חיתוך תחלים של מקטעי אוקזאקי. <br /> <br /> &lt;/p&gt;<br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118828?report=fasta המבנה הראשוני]<br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מבנה החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption=' מבנה תלת מימדי של טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> טאק דנ&quot;א פולימראז הוא חלבון המורכב מ-832 &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/2'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt; (כל אחת מסומנת בצבע אחר), המהוות את ה[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118828?report=fasta המבנה הראשוני] שלו ומשקלו המולקולארי 94 קילו דלתון. המבנה השניוני של החלבון מורכב &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;מסלילי אלפא&lt;/scene&gt; (המסומנים בורוד) &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;וממשטחי בטא&lt;/scene&gt; (המסומנים בצהוב). ניתן לראות שבטאק פולימראז יש יותר סלילי אלפא מאשר משטחי בטא. הוא מורכב מ&lt;scene name='70/701971/One_chain/1'&gt;שרשרת פוליפפטידית אחת&lt;/scene&gt;, כלומר ללא מבנה רבעוני (מסומנת בצבע חום). <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> <br /> לטאק דנ&quot;א פולימראז &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;שלושה מתחמים- דומיינים&lt;/scene&gt; (המסומנים כל אחד בצבע שונה) הנבדלים זה מזה בפעילותם הביולוגית:<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> 1) מ&lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע ורוד) בעל פעילות אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3 (מורכב מחומצות אמינו 1-290). בתוך המתחם הזה ישנם עשר חומצות אמינו שמורות בעלות שייר חומצי, והן: אספרטט בעמדה 18, 67, 119, 120, 142, 144, 188 ו-191 ; גלוטמט בעמדה 76 ו-117. העמדות 18, 119 ו-142 מהוות &lt;scene name='70/701971/Zn2/5'&gt;אתר קשירה ליון אבץ&lt;/scene&gt; (Zn+2) (אתר הקישור מסומן בירוק). העמדות 142, 144 מהוות &lt;scene name='70/701971/142144/3'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום &lt;/scene&gt;אחד (Mg+2) (אתר הקישור מסומן בסגול), והעמדות 116, 117 ו-120 מהוות &lt;scene name='70/701971/Mg_2/2'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום&lt;/scene&gt; שני (Mg+2) (אתר הקישור מסומן באדום). הקישור ליונים הללו נחוץ לפעילות תקינה של החלבון.<br /> <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> '''2)''' &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע ירוק) המורכב מחומצות אמינו 291-423. מתחם זה דומה במבנהו למתחם מקביל בדנ&quot;א פולימראז של החיידק אי-קולי. ההבדל בין שני המתחמים, הוא שאצל הראשון (טאק) חסרות מספר חומצות אמינו לעומת השני. הבדל זה כנראה הוא גם הסיבה לכך שלפולימראז של האי-קולי קיימת יכולת אקסונוקלאזית מ-'3 ל-'5, מה שכאמור לא קיים בטאק פולמיראז. כתוצאה מכך אין לו יכולת תיקון טעויות. בנוסף, טאק פולימראז מייצר טעויות בהחלפת בסיס בקצב של טעות אחת ל-9000 נוקלאוטידים שמסונתזים. לכן בצירוף שני הנתונים הללו אמינות השכפול שלו נחשבת נמוכה יחסית.<br /> <br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> 3) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם הפולימראז &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע כחול ומורכב מחומצות אמינו 424-832) האחראי להכניס נוקלאוטידים חדשים לתוך גדיל הדנ&quot;א הנבנה. צורתו המרחבית יוצרת מעין [http://proteopedia.org/wiki/images/6/6d/%D7%99%D7%93_%D7%A4%D7%AA%D7%95%D7%97%D7%94.jpg &quot;יד אדם פתוחה&quot;], הכוללת &quot;אגודל&quot;, &quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot;. ה&quot;אגודל&quot;, ה&quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot; יוצרים כיס שהדנ&quot;א יכול לזוז לאורכו. מולקולת הדנ&quot;א באה באינטראקציה עם מס' חומצות אמינו הממוקמות ב&lt;scene name='70/701971/Polymerase_domain/5'&gt;אזור &quot;כף היד&quot;&lt;/scene&gt; (&quot;כף היד&quot; מסומנת בסגול והדנ&quot;א בירוק). חומצות אמינו אלה הן שמורות ומהוות את &lt;scene name='70/701971/Palm_active_site/4'&gt;האתר הפעיל&lt;/scene&gt; (המסומן בצבע כתום) של מתחם הפולימראז. ה&quot;יד הפתוחה&quot; של הטאק פולימראז [http://mcdb3280colorado.pbworks.com/w/page/15225539/Taq%20Polymerase עוטפת את גדיל הדנ&quot;א], דבר שמביא בעקבותיו שינוי מרחבי ובעקבות כך הוספת בסיסים לגדיל הדנ&quot;א הנבנה. מתחם זה ממוקם ב&lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;קצה הקרבוקסילי&lt;/scene&gt; של האנזים (מסומן בצבע כחול), ומעניין לציין כי הוא קיימת זהות של 51% מחומצות האמינו למקטע המקביל שלו בדנ&quot;א פולימראז של האי-קולי.<br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> בהשוואה לדנ&quot;א פולימראז מהאי קולי, טאק פולימראז מכיל ארבעה [http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%A7%D7%A9%D7%A8%D7%99-%D7%9E%D7%99%D7%9E%D7%9F קשרי מימן] נוספים, שני גשרי מלח ([http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%9E%D7%94%D7%95-%D7%A7%D7%A9%D7%A8-%D7%99%D7%95%D7%A0%D7%99 קשרים יוניים]) הידרופוביים במקום הידרופוליים במקור. ייתכן, ומבנה שונה זה מקנה לטאק פולימראז את יכולת העמידות בטמפרטורת גבוהות.<br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;PCR-השימוש בחלבון ב &lt;/div&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Thermus aquaticus הוא חיידק שחי במעיינות חמים, ובהתאם אנזים השכפול שלו טאק פולימראז עמיד לתנאי ה[http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%93%D7%A0%D7%98%D7%95%D7%A8%D7%A6%D7%99%D7%94#.D7.93.D7.A0.D7.98.D7.95.D7.A8.D7.A6.D7.99.D7.94_.D7.A9.D7.9C_.D7.97.D7.95.D7.9E.D7.A6.D7.95.D7.AA_.D7.92.D7.A8.D7.A2.D7.99.D7.9F דנטורציה של הדנ&quot;א] (טמפרטורות גבוהות) שנדרשים במהלך ה-PCR. האנזים החליף את הדנ&quot;א פולימראז מהאי-קולי שהשתמשו בו במקור ב-PCR. הטמפרטורה המיטבית (אופטימאלית) עבור פעילות של טאק היא 72-75 מעלות צלזיוס, עם יכולת שכפול של 1000 נוקליאוטידים של דנ&quot;א בפחות מ-10 דקות ב-72 מעלות צלזיוס. טאק יציב בטמפרטורה של 95 מעלות צלזיוס, הטמפרטורה שנדרשת עבור דנטורציה של סליל דנ&quot;א (כלומר, ניתוק הקשרים בין 2 גדילי הדנ&quot;א ויצירת דנ&quot;א חד גדילי). משתמשים בטאק באופן נרחב ב-PCR (פרוצדורה של הגברת מקטעי דנ&quot;א), וזאת בשל העמידות שלו לחום. תכונה זו של האנזים מאפשרת להוסיפו רק פעם אחת בתחילת תהליך ה-PCR. לסיכום, טאק פולימראז הוא כלי בעל ערך בתחום הביולוגיה המולקולארית, בשל היותו מרכיב מפתח בתהליך ה-PCR.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> .<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> <br /> <br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מקורות &lt;/div&gt;==<br /> [http://what-when-how.com/molecular-biology/taq-dna-polymerase-molecular-biology/ link title]<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2411322 2015-06-16T10:37:31Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>__NOTOC__<br /> ==&lt;center&gt;''' (טאק פולימראז) Taq DNA Polymerase '''&lt;/center&gt;==<br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;רקע &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq Polymerase (טאק פולימראז) הוא דנ&quot;א פולימראז שעמיד בחום, הנקרא על שם החיידק התרמופילי [http://he.wikipedia.org/wiki/Thermus_aquaticus Thermus aquaticus]. האנזים בודד לראשונה מהחיידק Thermus aquaticus על ידי Thomas D. Brock ב-1965. ב-[http://www.youtube.com/watch?v=0HCWmD7Mv8U PCR], שיטה המשמשת להגברת מקטעים קטנים של דנ&quot;א, משתמשים לעיתים קרובות בטאק פולימראז. <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;תפקוד החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> <br /> כהכנה לקראת חלוקת התא מתרחשת [http://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80 הכפלה של הדנ&quot;א]. תפקידו של הדנ&quot;א פולימראז הוא לאפשר את היצירה של מולקולות דנ&quot;א מנוקליאוטידים בודדים על בסיס תבנית דנ&quot;א קיים, ובאופן זה מתבצעת ההכפלה. תהליך זה הכרחי לכל היצורים החיים, ולכן כל היצורים החיים מכילים צורה כלשהי של דנ&quot;א פולימראז. קיימים מספר סוגים של דנ&quot;א פולימראז ולחלקם יש פעילות אקסונוקלאזית, כלומר הם יכולים לחתוך נוקלאוטידים מגדיל דנ&quot;א. דבר זה שימושי בתהליכי [http://www.youtube.com/watch?v=YcNhuYh34P4 תיקון טעויות (proofreading) ]במהלך הכפלת הדנ&quot;א. לטאק פולימראז אין פעילות של אקסונוקלאז מ-'3 ל-'5, אבל יש לו יכולת אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3, שמנוצלת עבור חיתוך תחלים של מקטעי אוקזאקי. <br /> <br /> &lt;/p&gt;<br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118828?report=fasta המבנה הראשוני]<br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מבנה החלבון &lt;/div&gt;==<br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption=' מבנה תלת מימדי של טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> טאק דנ&quot;א פולימראז הוא חלבון המורכב מ-832 &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/2'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt; (כל אחת מסומנת בצבע אחר), המהוות את ה[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118828?report=fasta המבנה הראשוני] שלו ומשקלו המולקולארי 94 קילו דלתון. המבנה השניוני של החלבון מורכב &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;מסלילי אלפא&lt;/scene&gt; (המסומנים בורוד) &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/3'&gt;וממשטחי בטא&lt;/scene&gt; (המסומנים בצהוב). ניתן לראות שבטאק פולימראז יש יותר סלילי אלפא מאשר משטחי בטא. הוא מורכב מ&lt;scene name='70/701971/One_chain/1'&gt;שרשרת פוליפפטידית אחת&lt;/scene&gt;, כלומר ללא מבנה רבעוני (מסומנת בצבע חום). <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> <br /> לטאק דנ&quot;א פולימראז &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;שלושה מתחמים- דומיינים&lt;/scene&gt; (המסומנים כל אחד בצבע שונה) הנבדלים זה מזה בפעילותם הביולוגית:<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> 1) מתחם בעל פעילות אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3 (מורכב מחומצות אמינו 1-290). בתוך המתחם הזה ישנם עשר חומצות אמינו שמורות בעלות שייר חומצי, והן: אספרטט בעמדה 18, 67, 119, 120, 142, 144, 188 ו-191 ; גלוטמט בעמדה 76 ו-117. העמדות 18, 119 ו-142 מהוות &lt;scene name='70/701971/Zn2/5'&gt;אתר קשירה ליון אבץ&lt;/scene&gt; (Zn+2) (אתר הקישור מסומן בירוק). העמדות 142, 144 מהוות &lt;scene name='70/701971/142144/3'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום &lt;/scene&gt;אחד (Mg+2) (אתר הקישור מסומן בסגול), והעמדות 116, 117 ו-120 מהוות &lt;scene name='70/701971/Mg_2/2'&gt;אתר קשירה ליון מגנזיום&lt;/scene&gt; שני (Mg+2) (אתר הקישור מסומן באדום). הקישור ליונים הללו נחוץ לפעילות תקינה של החלבון.<br /> <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> '''2)''' &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע ירוק) המורכב מחומצות אמינו 291-423. מתחם זה דומה במבנהו למתחם מקביל בדנ&quot;א פולימראז של החיידק אי-קולי. ההבדל בין שני המתחמים, הוא שאצל הראשון (טאק) חסרות מספר חומצות אמינו לעומת השני. הבדל זה כנראה הוא גם הסיבה לכך שלפולימראז של האי-קולי קיימת יכולת אקסונוקלאזית מ-'3 ל-'5, מה שכאמור לא קיים בטאק פולמיראז. כתוצאה מכך אין לו יכולת תיקון טעויות. בנוסף, טאק פולימראז מייצר טעויות בהחלפת בסיס בקצב של טעות אחת ל-9000 נוקלאוטידים שמסונתזים. לכן בצירוף שני הנתונים הללו אמינות השכפול שלו נחשבת נמוכה יחסית.<br /> <br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> 3) &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;מתחם הפולימראז &lt;/scene&gt; (מסומן בצבע כחול ומורכב מחומצות אמינו 424-832) האחראי להכניס נוקלאוטידים חדשים לתוך גדיל הדנ&quot;א הנבנה. צורתו המרחבית יוצרת מעין [http://proteopedia.org/wiki/images/6/6d/%D7%99%D7%93_%D7%A4%D7%AA%D7%95%D7%97%D7%94.jpg &quot;יד אדם פתוחה&quot;], הכוללת &quot;אגודל&quot;, &quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot;. ה&quot;אגודל&quot;, ה&quot;אצבעות&quot; ו&quot;כף היד&quot; יוצרים כיס שהדנ&quot;א יכול לזוז לאורכו. מולקולת הדנ&quot;א באה באינטראקציה עם מס' חומצות אמינו הממוקמות ב&lt;scene name='70/701971/Polymerase_domain/5'&gt;אזור &quot;כף היד&quot;&lt;/scene&gt; (&quot;כף היד&quot; מסומנת בסגול והדנ&quot;א בירוק). חומצות אמינו אלה הן שמורות ומהוות את &lt;scene name='70/701971/Palm_active_site/4'&gt;האתר הפעיל&lt;/scene&gt; (המסומן בצבע כתום) של מתחם הפולימראז. ה&quot;יד הפתוחה&quot; של הטאק פולימראז [http://mcdb3280colorado.pbworks.com/w/page/15225539/Taq%20Polymerase עוטפת את גדיל הדנ&quot;א], דבר שמביא בעקבותיו שינוי מרחבי ובעקבות כך הוספת בסיסים לגדיל הדנ&quot;א הנבנה. מתחם זה ממוקם ב&lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/3'&gt;קצה הקרבוקסילי&lt;/scene&gt; של האנזים (מסומן בצבע כחול), ומעניין לציין כי הוא קיימת זהות של 51% מחומצות האמינו למקטע המקביל שלו בדנ&quot;א פולימראז של האי-קולי.<br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> <br /> בהשוואה לדנ&quot;א פולימראז מהאי קולי, טאק פולימראז מכיל ארבעה [http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%A7%D7%A9%D7%A8%D7%99-%D7%9E%D7%99%D7%9E%D7%9F קשרי מימן] נוספים, שני גשרי מלח ([http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/chemistry/%D7%9E%D7%94%D7%95-%D7%A7%D7%A9%D7%A8-%D7%99%D7%95%D7%A0%D7%99 קשרים יוניים]) הידרופוביים במקום הידרופוליים במקור. ייתכן, ומבנה שונה זה מקנה לטאק פולימראז את יכולת העמידות בטמפרטורת גבוהות.<br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;PCR-השימוש בחלבון ב &lt;/div&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Thermus aquaticus הוא חיידק שחי במעיינות חמים, ובהתאם אנזים השכפול שלו טאק פולימראז עמיד לתנאי ה[http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%93%D7%A0%D7%98%D7%95%D7%A8%D7%A6%D7%99%D7%94#.D7.93.D7.A0.D7.98.D7.95.D7.A8.D7.A6.D7.99.D7.94_.D7.A9.D7.9C_.D7.97.D7.95.D7.9E.D7.A6.D7.95.D7.AA_.D7.92.D7.A8.D7.A2.D7.99.D7.9F דנטורציה של הדנ&quot;א] (טמפרטורות גבוהות) שנדרשים במהלך ה-PCR. האנזים החליף את הדנ&quot;א פולימראז מהאי-קולי שהשתמשו בו במקור ב-PCR. הטמפרטורה המיטבית (אופטימאלית) עבור פעילות של טאק היא 72-75 מעלות צלזיוס, עם יכולת שכפול של 1000 נוקליאוטידים של דנ&quot;א בפחות מ-10 דקות ב-72 מעלות צלזיוס. טאק יציב בטמפרטורה של 95 מעלות צלזיוס, הטמפרטורה שנדרשת עבור דנטורציה של סליל דנ&quot;א (כלומר, ניתוק הקשרים בין 2 גדילי הדנ&quot;א ויצירת דנ&quot;א חד גדילי). משתמשים בטאק באופן נרחב ב-PCR (פרוצדורה של הגברת מקטעי דנ&quot;א), וזאת בשל העמידות שלו לחום. תכונה זו של האנזים מאפשרת להוסיפו רק פעם אחת בתחילת תהליך ה-PCR. לסיכום, טאק פולימראז הוא כלי בעל ערך בתחום הביולוגיה המולקולארית, בשל היותו מרכיב מפתח בתהליך ה-PCR.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> .<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> <br /> <br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> ==&lt;div style=&quot;text-align: right;&quot;&gt;מקורות &lt;/div&gt;==<br /> [http://what-when-how.com/molecular-biology/taq-dna-polymerase-molecular-biology/ link title]<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2409350 2015-06-09T11:34:19Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>=&lt;center&gt;''' רקע '''&lt;/center&gt;=<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq Polymerase (טאק פולימראז) הוא דנ&quot;א פולימראז שעמיד בחום, הנקרא על שם החיידק התרמופילי [http://he.wikipedia.org/wiki/Thermus_aquaticus Thermus aquaticus]. האנזים בודד לראשונה מהחיידק Thermus aquaticus על ידי Thomas D. Brock ב-1965. ב-[http://www.youtube.com/watch?v=0HCWmD7Mv8U PCR], שיטה המשמשת להגברת מקטעים קטנים של דנ&quot;א, משתמשים לעיתים קרובות בטאק פולימראז. <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> =&lt;center&gt;''' תפקוד החלבון'''&lt;/center&gt;=<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> <br /> כהכנה לקראת חלוקת התא מתרחשת [http://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80 הכפלה של הדנ&quot;א]. תפקידו של הדנ&quot;א פולימראז הוא לאפשר את היצירה של מולקולות דנ&quot;א מנוקליאוטידים בודדים על בסיס תבנית דנ&quot;א קיים, ובאופן זה מתבצעת ההכפלה. תהליך זה הכרחי לכל היצורים החיים, ולכן כל היצורים החיים מכילים צורה כלשהי של דנ&quot;א פולימראז. קיימים מספר סוגים של דנ&quot;א פולימראז ולחלקם יש פעילות אקסונוקלאזית, כלומר הם יכולים לחתוך נוקלאוטידים מגדיל דנ&quot;א. דבר זה שימושי בתהליכי [http://www.youtube.com/watch?v=YcNhuYh34P4 תיקון טעויות (proofreading) ]במהלך הכפלת הדנ&quot;א. לטאק פולימראז אין פעילות של אקסונוקלאז מ-'3 ל-'5, אבל יש לו יכולת אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3, שמנוצלת עבור חיתוך תחלים של מקטעי אוקזאקי. <br /> <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> =&lt;center&gt;''' מבנה החלבון'''&lt;/center&gt;=<br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption=' מבנה תלת מימדי של טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> טאק דנ&quot;א פולימראז מורכב מ-832 &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt; (כל אחת מסומנת בצבע אחר) ומשקלו המולקולארי 94 קילו דלתון. המבנה השניוני של החלבון מורכב מ&lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;סלילי אלפא&lt;/scene&gt; (המסומנים בורוד) ומ&lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;משטחי בטא&lt;/scene&gt; (המסומנים בצהוב). ניתן לראות שבטאק פולימראז יש יותר סלילי אלפא מאשר משטחי בטא. הוא מורכב משרשרת פוליפפטידית אחת, כלומר ללא מבנה רבעוני (מסומנת בצבע חום). <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> <br /> לטאק דנ&quot;א פולימראז &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;שלושה מתחמים (דומיינים)&lt;/scene&gt; הנבדלים זה מזה בפעילותם הביולוגית:<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> '''1)''' מתחם בעל פעילות אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3 (מורכב מחומצות אמינו 1-290). בתוך המתחם הזה ישנן עשר חומצות אמינו שמורות בעלות שייר חומצי, והן: אספרטט בעמדות 18, 67, 119, 120, 142, 144, 188 ו-191 ; גלוטמט בעמדות 76 ו-117. העמדות 18, 119 ו-142 מהוות &lt;scene name='70/701971/Zn_binding/6'&gt;אתר קשירה ליון אבץ&lt;/scene&gt; (Zn+2) (אתר הקישור מסומן בירוק). העמדות 142, 144 מהוות אתר קשירה ליון מגנזיום אחד (Mg+2), והעמדות 116, 117 ו-120 מהוות אתר קשירה ליון מגנזיום שני (Mg+2). הקישור ליונים הללו נחוץ לפעילות תקינה של החלבון.<br /> <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> '''2)''' המתחם מורכב מחומצות אמינו 291-423. מתחם זה דומה במבנהו למתחם מקביל בדנ&quot;א פולימראז של החיידק אי-קולי. ההבדל בין שני המתחמים, הוא שאצל הראשון (טאק) חסרות מספר חומצות אמינו לעומת השני. הבדל זה כנראה הוא גם הסיבה לכך שלפולימראז של האי-קולי קיימת יכולת אקסונוקלאזית מ-'3 ל-'5, מה שכאמור לא קיים בטאק פולמיראז. כתוצאה מכך אין לו יכולת תיקון טעויות. בנוסף, טאק פולימראז מייצר טעויות בהחלפת בסיס בקצב של טעות אחת ל-9000 נוקלאוטידים שמסונתזים. לכן בצירוף שני הנתונים הללו אמינות השכפול שלו נחשבת נמוכה יחסית.<br /> <br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> '''3)''' מתחם פולימראז (מורכב מחומצות אמינו 424-832) האחראי להכניס נוקלאוטידים חדשים לתוך גדיל הדנ&quot;א הנבנה. צורתו היא מעין &quot;יד פתוחה&quot; כאשר ה&quot;אצבעות&quot; מסוגלות לזהות את ארבעת הבסיסים של הדנ&quot;א. ה&quot;יד הפתוחה&quot; של הטאק פולימראז עוטפת את גדיל הדנ&quot;א, דבר שמביא בעקבותיו שינוי מרחבי ובעקבות כך הוספת בסיסים לגדיל הדנ&quot;א הנבנה. מתחם זה ממוקם בקצה הקרבוקסילי של האנזים, ומעניין לציין כי הוא כמעט זהה למקטע המקביל שלו בדנ&quot;א פולימראז של האי-קולי.<br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> בהשוואה לדנ&quot;א פולימראז מהאי קולי, טאק פולימראז מכיל ארבעה קשרי מימן נוספים, שני גשרי מלח הידרופוביים במקום הידרופוליים במקור. ייתכן, ומבנה שונה זה מקנה לטאק פולימראז את יכולת העמידות בטמפרטורת גבוהות.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> =&lt;center&gt;'''PCR-השימוש בחלבון ב ''' &lt;/center&gt;=<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Thermus aquaticus הוא חיידק שחי במעיינות חמים, ובהתאם אנזים השכפול שלו טאק פולימראז עמיד לתנאי הדנטורציה של הדנ&quot;א (טמפרטורות גבוהות) שנדרשים במהלך ה-PCR. האנזים החליף את הדנ&quot;א פולימראז מהאי-קולי שהשתמשו בו במקור ב-PCR. הטמפרטורה המיטבית (אופטימאלית) עבור פעילות של טאק היא 72-75 מעלות צלזיוס, עם יכולת שכפול של 1000 נוקליאוטידים של דנ&quot;א בפחות מ-10 דקות ב-72 מעלות צלזיוס. טאק יציב בטמפרטורה של 95 מעלות צלזיוס, הטמפרטורה שנדרשת עבור דנטורציה של סליל דנ&quot;א (כלומר, ניתוק הקשרים בין 2 גדילי הדנ&quot;א ויצירת דנ&quot;א חד גדילי). משתמשים בטאק באופן נרחב ב-PCR (פרוצדורה של הגברת מקטעי דנ&quot;א), וזאת בשל העמידות שלו לחום. תכונה זו של האנזים מאפשרת להוסיפו רק פעם אחת בתחילת תהליך ה-PCR. לסיכום, טאק פולימראז הוא כלי בעל ערך בתחום הביולוגיה המולקולארית, בשל היותו מרכיב מפתח בתהליך ה-PCR.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> .<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> &lt;scene name='70/701971/142144/1'&gt;TextToBeDisplayed&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/5'&gt;איזור קושר דנ&quot;א&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Zn_binding/6'&gt;אזור קושר אבץ&lt;/scene&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2409341 2015-06-09T11:03:03Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>=&lt;center&gt;''' רקע '''&lt;/center&gt;=<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq Polymerase (טאק פולימראז) הוא דנ&quot;א פולימראז שעמיד בחום, הנקרא על שם החיידק התרמופילי [http://he.wikipedia.org/wiki/Thermus_aquaticus Thermus aquaticus]. האנזים בודד לראשונה מהחיידק Thermus aquaticus על ידי Thomas D. Brock ב-1965. ב-[http://www.youtube.com/watch?v=0HCWmD7Mv8U PCR], שיטה המשמשת להגברת מקטעים קטנים של דנ&quot;א, משתמשים לעיתים קרובות בטאק פולימראז. <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> =&lt;center&gt;''' תפקוד החלבון'''&lt;/center&gt;=<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> <br /> כהכנה לקראת חלוקת התא מתרחשת [http://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80 הכפלה של הדנ&quot;א]. תפקידו של הדנ&quot;א פולימראז הוא לאפשר את היצירה של מולקולות דנ&quot;א מנוקליאוטידים בודדים על בסיס תבנית דנ&quot;א קיים, ובאופן זה מתבצעת ההכפלה. תהליך זה הכרחי לכל היצורים החיים, ולכן כל היצורים החיים מכילים צורה כלשהי של דנ&quot;א פולימראז. קיימים מספר סוגים של דנ&quot;א פולימראז ולחלקם יש פעילות אקסונוקלאזית, כלומר הם יכולים לחתוך נוקלאוטידים מגדיל דנ&quot;א. דבר זה שימושי בתהליכי [http://www.youtube.com/watch?v=YcNhuYh34P4 תיקון טעויות (proofreading) ]במהלך הכפלת הדנ&quot;א. לטאק פולימראז אין פעילות של אקסונוקלאז מ-'3 ל-'5, אבל יש לו יכולת אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3, שמנוצלת עבור חיתוך תחלים של מקטעי אוקזאקי. <br /> <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> =&lt;center&gt;''' מבנה החלבון'''&lt;/center&gt;=<br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption=' מבנה תלת מימדי של טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> טאק דנ&quot;א פולימראז מורכב מ-832 &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt; (כל אחת מסומנת בצבע אחר) ומשקלו המולקולארי 94 קילו דלתון. המבנה השניוני של החלבון מורכב מ&lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;סלילי אלפא&lt;/scene&gt; (המסומנים בורוד) ומ&lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;משטחי בטא&lt;/scene&gt; (המסומנים בצהוב). ניתן לראות שבטאק פולימראז יש יותר סלילי אלפא מאשר משטחי בטא. הוא מורכב משרשרת פוליפפטידית אחת, כלומר ללא מבנה רבעוני (מסומנת בצבע חום). <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> <br /> לטאק דנ&quot;א פולימראז &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;שלושה מתחמים (דומיינים)&lt;/scene&gt; הנבדלים זה מזה בפעילותם הביולוגית:<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> '''1)''' מתחם בעל פעילות אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3 (מורכב מחומצות אמינו 1-290). בתוך המתחם הזה ישנן עשר חומצות אמינו שמורות בעלות שייר חומצי, והן: אספרטט בעמדות 18, 67, 119, 120, 142, 144, 188 ו-191 ; גלוטמט בעמדות 76 ו-117. העמדות 18, 119 ו-142 מהוות &lt;scene name='70/701971/Zn_binding/6'&gt;אתר קשירה ליון אבץ&lt;/scene&gt; (Zn+2) (אתר הקישור מסומן בירוק). העמדות 142, 144 מהוות אתר קשירה ליון מגנזיום אחד (Mg+2), והעמדות 116, 117 ו-120 מהוות אתר קשירה ליון מגנזיום שני (Mg+2). הקישור ליונים הללו נחוץ לפעילות תקינה של החלבון.<br /> <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> '''2)''' המתחם מורכב מחומצות אמינו 291-423. מתחם זה דומה במבנהו למתחם מקביל בדנ&quot;א פולימראז של החיידק אי-קולי. ההבדל בין שני המתחמים, הוא שאצל הראשון (טאק) חסרות מספר חומצות אמינו לעומת השני. הבדל זה כנראה הוא גם הסיבה לכך שלפולימראז של האי-קולי קיימת יכולת אקסונוקלאזית מ-'3 ל-'5, מה שכאמור לא קיים בטאק פולמיראז. כתוצאה מכך אין לו יכולת תיקון טעויות. בנוסף, טאק פולימראז מייצר טעויות בהחלפת בסיס בקצב של טעות אחת ל-9000 נוקלאוטידים שמסונתזים. לכן בצירוף שני הנתונים הללו אמינות השכפול שלו נחשבת נמוכה יחסית.<br /> <br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> '''3)''' מתחם פולימראז (מורכב מחומצות אמינו 424-832) האחראי להכניס נוקלאוטידים חדשים לתוך גדיל הדנ&quot;א הנבנה. צורתו היא מעין &quot;יד פתוחה&quot; כאשר ה&quot;אצבעות&quot; מסוגלות לזהות את ארבעת הבסיסים של הדנ&quot;א. ה&quot;יד הפתוחה&quot; של הטאק פולימראז עוטפת את גדיל הדנ&quot;א, דבר שמביא בעקבותיו שינוי מרחבי ובעקבות כך הוספת בסיסים לגדיל הדנ&quot;א הנבנה. מתחם זה ממוקם בקצה הקרבוקסילי של האנזים, ומעניין לציין כי הוא כמעט זהה למקטע המקביל שלו בדנ&quot;א פולימראז של האי-קולי.<br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> בהשוואה לדנ&quot;א פולימראז מהאי קולי, טאק פולימראז מכיל ארבעה קשרי מימן נוספים, שני גשרי מלח הידרופוביים במקום הידרופוליים במקור. ייתכן, ומבנה שונה זה מקנה לטאק פולימראז את יכולת העמידות בטמפרטורת גבוהות.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> =&lt;center&gt;'''PCR-השימוש בחלבון ב ''' &lt;/center&gt;=<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Thermus aquaticus הוא חיידק שחי במעיינות חמים, ובהתאם אנזים השכפול שלו טאק פולימראז עמיד לתנאי הדנטורציה של הדנ&quot;א (טמפרטורות גבוהות) שנדרשים במהלך ה-PCR. האנזים החליף את הדנ&quot;א פולימראז מהאי-קולי שהשתמשו בו במקור ב-PCR. הטמפרטורה המיטבית (אופטימאלית) עבור פעילות של טאק היא 72-75 מעלות צלזיוס, עם יכולת שכפול של 1000 נוקליאוטידים של דנ&quot;א בפחות מ-10 דקות ב-72 מעלות צלזיוס. טאק יציב בטמפרטורה של 95 מעלות צלזיוס, הטמפרטורה שנדרשת עבור דנטורציה של סליל דנ&quot;א (כלומר, ניתוק הקשרים בין 2 גדילי הדנ&quot;א ויצירת דנ&quot;א חד גדילי). משתמשים בטאק באופן נרחב ב-PCR (פרוצדורה של הגברת מקטעי דנ&quot;א), וזאת בשל העמידות שלו לחום. תכונה זו של האנזים מאפשרת להוסיפו רק פעם אחת בתחילת תהליך ה-PCR. לסיכום, טאק פולימראז הוא כלי בעל ערך בתחום הביולוגיה המולקולארית, בשל היותו מרכיב מפתח בתהליך ה-PCR.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> .<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/5'&gt;איזור קושר דנ&quot;א&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Zn_binding/6'&gt;אזור קושר אבץ&lt;/scene&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2409336 2015-06-09T10:54:28Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>=&lt;center&gt;''' רקע '''&lt;/center&gt;=<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq Polymerase (טאק פולימראז) הוא דנ&quot;א פולימראז שעמיד בחום, הנקרא על שם החיידק התרמופילי [http://he.wikipedia.org/wiki/Thermus_aquaticus Thermus aquaticus]. האנזים בודד לראשונה מהחיידק Thermus aquaticus על ידי Thomas D. Brock ב-1965. ב-[http://www.youtube.com/watch?v=0HCWmD7Mv8U PCR], שיטה המשמשת להגברת מקטעים קטנים של דנ&quot;א, משתמשים לעיתים קרובות בטאק פולימראז. <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> =&lt;center&gt;''' תפקוד החלבון'''&lt;/center&gt;=<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> <br /> כהכנה לקראת חלוקת התא מתרחשת [http://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80 הכפלה של הדנ&quot;א]. תפקידו של הדנ&quot;א פולימראז הוא לאפשר את היצירה של מולקולות דנ&quot;א מנוקליאוטידים בודדים על בסיס תבנית דנ&quot;א קיים, ובאופן זה מתבצעת ההכפלה. תהליך זה הכרחי לכל היצורים החיים, ולכן כל היצורים החיים מכילים צורה כלשהי של דנ&quot;א פולימראז. קיימים מספר סוגים של דנ&quot;א פולימראז ולחלקם יש פעילות אקסונוקלאזית, כלומר הם יכולים לחתוך נוקלאוטידים מגדיל דנ&quot;א. דבר זה שימושי בתהליכי [http://www.youtube.com/watch?v=YcNhuYh34P4 תיקון טעויות (proofreading) ]במהלך הכפלת הדנ&quot;א. לטאק פולימראז אין פעילות של אקסונוקלאז מ-'3 ל-'5, אבל יש לו יכולת אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3, שמנוצלת עבור חיתוך תחלים של מקטעי אוקזאקי. <br /> <br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> =&lt;center&gt;''' מבנה החלבון'''&lt;/center&gt;=<br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption=' מבנה תלת מימדי של טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> טאק דנ&quot;א פולימראז מורכב מ-832 &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt; (כל אחת מסומנת בצבע אחר) ומשקלו המולקולארי 94 קילו דלתון. המבנה השניוני של החלבון מורכב מ&lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;סלילי אלפא&lt;/scene&gt; (המסומנים בורוד) ומ&lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;משטחי בטא&lt;/scene&gt; (המסומנים בצהוב). ניתן לראות שבטאק פולימראז יש יותר סלילי אלפא מאשר משטחי בטא. הוא מורכב משרשרת פוליפפטידית אחת, כלומר ללא מבנה רבעוני (מסומנת בצבע חום). <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> <br /> לטאק דנ&quot;א פולימראז &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;שלושה מתחמים (דומיינים)&lt;/scene&gt; הנבדלים זה מזה בפעילותם הביולוגית:<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> '''1)''' מתחם בעל פעילות אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3 (מורכב מחומצות אמינו 1-290). בתוך המתחם הזה ישנן עשר חומצות אמינו שמורות בעלות שייר חומצי, והן: אספרטט בעמדות 18, 67, 119, 120, 142, 144, 188 ו-191 ; גלוטמט בעמדות 76 ו-117. העמדות 18, 119 ו-142 מהוות &lt;scene name='70/701971/Zn_binding/6'&gt;אתר קשירה ליון אבץ&lt;/scene&gt; (Zn+2) (אתר הקישור מסומן בירוק). העמדות 142, 144 מהוות אתר קשירה ליון מגנזיום אחד (Mg+2), והעמדות 116, 117 ו-120 מהוות אתר קשירה ליון מגנזיום שני (Mg+2). הקישור ליונים הללו נחוץ לפעילות תקינה של החלבון.<br /> <br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt; <br /> <br /> '''2)''' המתחם מורכב מחומצות אמינו 291-423. מתחם זה דומה במבנהו למתחם מקביל בדנ&quot;א פולימראז של החיידק אי-קולי. ההבדל בין שני המתחמים, הוא שאצל הראשון (טאק) חסרות מספר חומצות אמינו לעומת השני. הבדל זה כנראה הוא גם הסיבה לכך שלפולימראז של האי-קולי קיימת יכולת אקסונוקלאזית מ-'3 ל-'5, מה שכאמור לא קיים בטאק פולמיראז. כתוצאה מכך אין לו יכולת תיקון טעויות. בנוסף, טאק פולימראז מייצר טעויות בהחלפת בסיס בקצב של טעות אחת ל-9000 נוקלאוטידים שמסונתזים. לכן בצירוף שני הנתונים הללו אמינות השכפול שלו נחשבת נמוכה יחסית.<br /> <br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> '''3)''' מתחם פולימראז (מורכב מחומצות אמינו 424-832) האחראי להכניס נוקלאוטידים חדשים לתוך גדיל הדנ&quot;א הנבנה. צורתו היא מעין &quot;יד פתוחה&quot; כאשר ה&quot;אצבעות&quot; מסוגלות לזהות את ארבעת הבסיסים של הדנ&quot;א. ה&quot;יד הפתוחה&quot; של הטאק פולימראז עוטפת את גדיל הדנ&quot;א, דבר שמביא בעקבותיו שינוי מרחבי ובעקבות כך הוספת בסיסים לגדיל הדנ&quot;א הנבנה. מתחם זה ממוקם בקצה הקרבוקסילי של האנזים, ומעניין לציין כי הוא כמעט זהה למקטע המקביל שלו בדנ&quot;א פולימראז של האי-קולי.<br /> &lt;br /&gt; &lt;br /&gt; <br /> בהשוואה לדנ&quot;א פולימראז מהאי קולי, טאק פולימראז מכיל ארבעה קשרי מימן נוספים, שני גשרי מלח הידרופוביים במקום הידרופוליים במקור. ייתכן, ומבנה שונה זה מקנה לטאק פולימראז את יכולת העמידות בטמפרטורת גבוהות.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;&lt;br /&gt;&lt;br /&gt;<br /> ==&lt;center&gt;'''PCR-השימוש בחלבון ב ''' &lt;/center&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Thermus aquaticus הוא חיידק שחי במעיינות חמים, ובהתאם אנזים השכפול שלו טאק פולימראז עמיד לתנאי הדנטורציה של הדנ&quot;א (טמפרטורות גבוהות) שנדרשים במהלך ה-PCR. האנזים החליף את הדנ&quot;א פולימראז מהאי-קולי שהשתמשו בו במקור ב-PCR. הטמפרטורה המיטבית (אופטימאלית) עבור פעילות של טאק היא 72-75 מעלות צלזיוס, עם יכולת שכפול של 1000 נוקליאוטידים של דנ&quot;א בפחות מ-10 דקות ב-72 מעלות צלזיוס. טאק יציב בטמפרטורה של 95 מעלות צלזיוס, הטמפרטורה שנדרשת עבור דנטורציה של סליל דנ&quot;א (כלומר, ניתוק הקשרים בין 2 גדילי הדנ&quot;א ויצירת דנ&quot;א חד גדילי). משתמשים בטאק באופן נרחב ב-PCR (פרוצדורה של הגברת מקטעי דנ&quot;א), וזאת בשל העמידות שלו לחום. תכונה זו של האנזים מאפשרת להוסיפו רק פעם אחת בתחילת תהליך ה-PCR. לסיכום, טאק פולימראז הוא כלי בעל ערך בתחום הביולוגיה המולקולארית, בשל היותו מרכיב מפתח בתהליך ה-PCR.<br /> &lt;/p&gt;<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> .<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/5'&gt;איזור קושר דנ&quot;א&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Zn_binding/6'&gt;אזור קושר אבץ&lt;/scene&gt;<br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> <br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2405925 2015-05-26T11:33:11Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>=&lt;center&gt;'' דנ&quot;א פולימראז Taq''&lt;/center&gt;=<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq פולימראז הוא דנ&quot;א פולימראז שעמיד בחום, הנקרא על שם החיידק התרמופילי Thermus aquaticus. האנזים בודד לראשונה מהחיידק Thermus aquaticus על ידי Thomas D. Brock ב-1965. ב-PCR, שיטה המשמשת להגברת מקטעים קטנים של דנ&quot;א, משתמשים לעיתים קרובות ב-Taq פולימראז. <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> Taq פולימראז ב-PCR<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> Thermus aquaticus הוא חיידק שחי במעיינות חמים ו-Taq פולימראז זוהה כאנזים שעמיד לתנאי הדנטורציה של החלבון (טמפרטורות גבוהות) שנדרשים במהלך ה-PCR. לכן הוא החליף את הדנ&quot;א פולימראז מהאי-קולי שהשתמשו בו במקור ב-PCR. הטמפרטורה המיטבית (אופטימאלית) עבור פעילות של Taq היא 70-85 מעלות צלזיוס, עם זמן מחצית חיים של מעל שעתיים ב-92.5 מעלות צלזיוס ויכול לשכפל 1000 בסיסים מצומדים של גדיל דנ&quot;א בפחות מ-10 דקות ב-72 מעלות צלזיוס.<br /> אחד מהחסרונות של Taq הוא שאין לו תהליכי תיקון טעויות, וכתוצאה מכך אמינות השכפול שלו נמוכה יחסית. קצב הטעויות שלו נמדד בטעות אחת ב-9000 בסיסים.<br /> &lt;br /&gt;<br /> <br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption='מבנה תלת מימדי של אלבומין' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> הדנ&quot;א פולימראז מה-This is a default text for your page '''Taq DNA polymerase (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &amp;lt; and &amp;gt; signs.<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/5'&gt;איזור קושר דנ&quot;א&lt;/scene&gt;<br /> <br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> <br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2405918 2015-05-26T10:56:52Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>==&lt;center&gt;'' דנ&quot;א פולימראז Taq''&lt;/center&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq פולימראז הוא דנ&quot;א פולימראז מחיידק Thermus aquaticus, המפורסם בגלל השימוש בו ב-PCR, הוא הומולוג לדנ&quot;א פולימראז 1 מהחיידק אי קולי. כמו דנ&quot;א פולימראז 1, ל-Taq פולימראז דומיין (מתחם) בקצה האמיני (&lt;scene name='70/701971/1-290_aa/2'&gt;חומצות אמינו 1-290&lt;/scene&gt;) בעל פעילות נוקלאזית ודומיין בקצה הקרבוקסילי המזרז את הפעילות הפולימראזית. <br /> ל-Taq פולימראז 3 דומיינים פונקציונליים:<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> הדנ&quot;א פולימראז מה-This is a default text for your page '''Taq DNA polymerase (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &amp;lt; and &amp;gt; signs.<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/5'&gt;איזור קושר דנ&quot;א&lt;/scene&gt;<br /> <br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption='טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2405916 2015-05-26T10:54:07Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>==&lt;center&gt;'' דנ&quot;א פולימראז Taq''&lt;/center&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq פולימראז הוא דנ&quot;א פולימראז מחיידק Thermus aquaticus, המפורסם בגלל השימוש בו ב-PCR, הוא הומולוג לדנ&quot;א פולימראז 1 מהחיידק אי קולי. כמו דנ&quot;א פולימראז 1, ל-Taq פולימראז דומיין (מתחם) בקצה האמיני (&lt;scene name='70/701971/1-290_aa/2'&gt;חומצות אמינו 1-290&lt;/scene&gt;) בעל פעילות נוקלאזית ודומיין בקצה הקרבוקסילי המזרז את הפעילות הפולימראזית. <br /> ל-Taq פולימראז 3 דומיינים פונקציונליים:<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> הדנ&quot;א פולימראז מה-This is a default text for your page '''Taq DNA polymerase (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &amp;lt; and &amp;gt; signs.<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/3'&gt;איזור קושר דנא&lt;/scene&gt;<br /> <br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption='טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2404336 2015-05-19T11:40:03Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>==&lt;center&gt;'' דנ&quot;א פולימראז Taq''&lt;/center&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq פולימראז הוא דנ&quot;א פולימראז מחיידק Thermus aquaticus, המפורסם בגלל השימוש בו ב-PCR, הוא הומולוג לדנ&quot;א פולימראז 1 מהחיידק אי קולי. כמו דנ&quot;א פולימראז 1, ל-Taq פולימראז דומיין (מתחם) בקצה האמיני (&lt;scene name='70/701971/1-290_aa/2'&gt;חומצות אמינו 1-290&lt;/scene&gt;) בעל פעילות נוקלאזית ודומיין בקצה הקרבוקסילי המזרז את הפעילות הפולימראזית. <br /> ל-Taq פולימראז 3 דומיינים פונקציונליים:<br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> הדנ&quot;א פולימראז מה-This is a default text for your page '''Taq DNA polymerase (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &amp;lt; and &amp;gt; signs.<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/2'&gt;איזור קושר דנא&lt;/scene&gt;<br /> <br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption='טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2404335 2015-05-19T11:33:13Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>==&lt;center&gt;'''טאק דנ&quot;א פולימראז'''&lt;/center&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq polymerase הוא דנ&quot;א פולימראז מחיידק Thermus aquaticus, המפורסם בגלל השימוש בו ב-PCR, הוא הומולוג לדנ&quot;א פולימראז 1 מהחיידק אי קולי. כמו דנ&quot;א פולימראז 1, ל-Taq polymerase דומיין (מתחם) בקצה האמיני (&lt;scene name='70/701971/1-290_aa/2'&gt;חומצות אמינו 1-290&lt;/scene&gt;) בעל פעילות נוקלאזית ודומיין בקצה הקרבוקסילי המזרז את הפעילות הפולימראזית. <br /> <br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> הדנ&quot;א פולימראז מה-This is a default text for your page '''Taq DNA polymerase (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &amp;lt; and &amp;gt; signs.<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/2'&gt;איזור קושר דנא&lt;/scene&gt;<br /> <br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption='טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2404333 2015-05-19T11:26:48Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>==&lt;center&gt;'''טאק דנ&quot;א פולימראז'''&lt;/center&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq polymerase הוא דנ&quot;א פולימראז מחיידק Thermus aquaticus, המפורסם בגלל השימוש בו ב-PCR, הוא הומולוג לדנ&quot;א פולימראז 1 מהחיידק אי קולי. כמו דנ&quot;א פולימראז 1, ל-Taq polymerase דומיין (מתחם) בקצה האמיני (&lt;scene name='70/701971/1-290_aa/2'&gt;חומצות אמינו 1-290&lt;/scene&gt;) <br /> <br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> הדנ&quot;א פולימראז מה-This is a default text for your page '''Taq DNA polymerase (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &amp;lt; and &amp;gt; signs.<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/2'&gt;איזור קושר דנא&lt;/scene&gt;<br /> <br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption='טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2404332 2015-05-19T11:25:03Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>==&lt;center&gt;'''טאק דנ&quot;א פולימראז'''&lt;/center&gt;==<br /> <br /> &lt;p dir='rtl'&gt;<br /> Taq polymerase הוא דנ&quot;א פולימראז מחיידק Thermus aquaticus, המפורסם בגלל השימוש בו ב-PCR, הוא הומולוג לדנ&quot;א פולימראז 1 מהחיידק אי קולי. כמו דנ&quot;א פולימראז 1, ל-Taq polymerase דומיין (מתחם) בקצה האמיני ( <br /> <br /> <br /> <br /> &lt;br /&gt;<br /> הדנ&quot;א פולימראז מה-This is a default text for your page '''Taq DNA polymerase (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &amp;lt; and &amp;gt; signs.<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/2'&gt;איזור קושר דנא&lt;/scene&gt;<br /> <br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption='טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2404329 2015-05-19T11:00:37Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>==&lt;center&gt;'''טאק דנ&quot;א פולימראז'''&lt;/center&gt;==<br /> <br /> הדנ&quot;א פולימראז מה-This is a default text for your page '''Taq DNA polymerase (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &amp;lt; and &amp;gt; signs.<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/2'&gt;איזור קושר דנא&lt;/scene&gt;<br /> <br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption='טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2404328 2015-05-19T10:59:20Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>==&lt;center&gt;'''טאק דנ&quot;א פולימראז'''&lt;/center&gt;==<br /> <br /> הדנ&quot;א פולימראז מה-Thermus aquaticus (Taq Polymerase)This is a default text for your page '''Taq DNA polymerase (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &amp;lt; and &amp;gt; signs.<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/2'&gt;איזור קושר דנא&lt;/scene&gt;<br /> <br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption='טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2404327 2015-05-19T10:45:44Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>==&lt;center&gt;'''טאק דנ&quot;א פולימראז'''&lt;/center&gt;==<br /> <br /> This is a default text for your page '''Taq DNA polymerase (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &amp;lt; and &amp;gt; signs.<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Binding_to_dna/2'&gt;איזור קושר דנא&lt;/scene&gt;<br /> <br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption='טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser https://proteopedia.org/index.php?title=Taq_DNA_polymerase_(Hebrew)&diff=2404324 2015-05-19T10:30:10Z

<p>Amir Wasser: </p> <hr /> <div>==&lt;center&gt;'''טאק דנ&quot;א פולימראז'''&lt;/center&gt;==<br /> <br /> This is a default text for your page '''Taq DNA polymerase (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &amp;lt; and &amp;gt; signs.<br /> You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia &lt;ref&gt;DOI 10.1002/ijch.201300024&lt;/ref&gt; or to the article describing Jmol &lt;ref&gt;PMID:21638687&lt;/ref&gt; to the rescue.<br /> <br /> &lt;scene name='70/701971/832_amino_acid/1'&gt;חומצות אמינו&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'&gt;מבנה שניוני&lt;/scene&gt;<br /> &lt;scene name='70/701971/3_functional_domains/2'&gt;המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים&lt;/scene&gt;<br /> <br /> == Function ==<br /> <br /> == Disease ==<br /> <br /> == Relevance ==<br /> <br /> == Structural highlights ==<br /> <br /> &lt;Structure load='1taq' size='500' frame='true' align='left' caption='טאק דנ&quot;א פולימראז' scene='Insert optional scene name here' /&gt;<br /> This is a sample scene created with SAT to &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/1&quot;&gt;color&lt;/scene&gt; by Group, and another to make &lt;scene name=&quot;/12/3456/Sample/2&quot;&gt;a transparent representation&lt;/scene&gt; of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> &lt;references/&gt;</div>

Amir Wasser