Proteopedia - User contributions [en]

Urease (Hebrew)

2017-07-11T20:43:56Z

Lilach Shoel:

==<center>'''אוראז'''</center>==
<applet load='1e9z' size='340' frame='true' side='left' caption='HELICOBACTER PYLORI UREASE (PDB code [[1e9z]])' scene=''>
__NOTOC__
==<center>מבוא</center>==


האנזים אוראז הוא חלבון מקבוצת [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%98%D7%90%D7%9C%D7%95%D7%A4%D7%A8%D7%95%D7%98%D7%90%D7%99%D7%9F המטאלופרוטאינים] ואחד האנזימים הבודדים הדורשים ניקל כדי לפעול. הניקל קשור לאוראז בקשר בעל אפיניות גבוהה מאוד, ורק דנטורציה או שימוש בחומצה חזקה יכולים לפרק את הקשר.
 
אוראז מזרז [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%94%D7%99%D7%93%D7%A8%D7%95%D7%9C%D7%99%D7%96%D7%94 הידרוליזה] של אוריאה כדי ליצור אמוניה ופחמן דו חמצני.
האוראז מיוצר על ידי צמחים, פטריות, ומספר חיידקים.
 
בצמחים, אוראז מורכב מחלבון בעל יחידה אחת, הוא נמצא בזרעי קטניות וככל הנראה בעל תפקיד בנביטה. אוראז שהופק משעועית זכה להיות האנזים הראשון שגובש והוגדר כחלבון[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ar960022j] (1926).

 

אחד החיידקים הידועים כבעלי אוראז הוא הליקובקטור פילורי, חיידק זה ידוע כמעורב ביצירת כיביים וסרטן הקיבה. אוראז בהליקובקטור פילורי בנוי משש יחידות כשכל יחידה בנויה משתי תת יחידות.
בהדמייה הראשית המציגה את האנזים אוראז, בהליקובקטור פילורי, בשלמותו, ניתן לראות את מורכבות החלבון, מספרן הרב של תת היחידות וגודלו הרב.
 
פעילותו של אנזים האוראז מווסתת על ידי חמישה חלבונים. ארבעה מתוכם מצויים באורגניזמים שונים ומסייעים בהכנסת יוני הניקל למולקולה. החלבון הנוסף, UreI הינו חלבון ייחודי לחיידק ההליקובקטור פילורי ואחראי על וויסות כניסת האוריאה לתא.



==<center>מבנה המולקולה</center>==

האוראז בהליקובקטור פילורי הוא חלבון גדול מאוד, ובנוי מיחידות רבות, 807 <scene name='76/761650/Amino_acids/2'>חומצות אמינו</scene> בכל יחידה (כל סוג חומצת אמינו מוצגת בצבע אחר), הבנויה מתת יחידות <scene name='76/761650/Alfa_amino_acids/1'>α</scene> ו- <scene name='76/761650/Beta_amino_acids/1'>β</scene>, המבנה הראשוני של כל תת יחידה מורכב מ[http://www.uniprot.org/uniprot/P14916.fasta 238] ח.א ו-[http://www.uniprot.org/uniprot/P69996.fasta 569] ח.א בהתאמה, ומסתם המולקולרית של שתי תת היחידות היא כ-550kDa.
<scene name='76/761650/Helix_sheets/3'>המבנה השניוני</scene> הוא סלילי α ומשטחי β.

<scene name='76/761650/Active_site/1'>האתר הפעיל</scene> בנוי מחומצות האמינו היסטידין 136, היסטידין 138, ליזין 219, היסטידין 248, היסטידין 274, ואספרטאט 362 המתקרבות [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%91%D7%A0%D7%94_%D7%A9%D7%9C%D7%99%D7%A9%D7%95%D7%A0%D7%99 במבנה השלישוני] בעקבות יצירת קשרים בין מולקולריים ובאות במגע ישיר עם שני <scene name='76/761650/Nickel_ion/2'>יוני ניקל</scene> (המוצגים בלבן).
 
היסטידין 221 והיסטידין 322 הסמוכים לאתר הפעיל יוצרים קשר עם האוריאה והמים לזרוז תהליך הפיכת האוריאה לאמוניה, האתר הפעיל של האנזים נמצא בתת יחידה β.
להליקובקטר שישה עותקים לכל אחת משתי תת היחידות, <scene name='76/761650/A_unit/5'>α</scene> ו- <scene name='76/761650/B_unit/4'>β</scene>, ולכן שישה אתרים פעילים למולקולת האנזים הטעונה במלואה.
 
למרות ההבדל בין מבנה האוראז בחיידק ובצמח האתר הפעיל דומה בשניהם.
במיקרוסקופ אלקטרונים אוראז נראה במבנה[https://drive.google.com/open?id=0B0r4OgEiZ5e_bnJCQW91Nmw4b0U כדורי חלול במרכז], האנזים בעל קוטר של 13 ננומטר ובעל סימטריה סיבובית.



==<center>תגובה אנזימתית</center>==

האוראז מזרז הידרוליזה של אוריאה לקבלת התוצרים אמוניה ופחמן דו חמצני:

 
[[Image:Enz reacation.png]]
 
בתמיסות מימיות, מולקולות האמוניה גורמות ל- pH להיות בסיסי יותר.
 
 
 
[[Image:Enzyme reaction with exp.png]]


==<center>גנטיקה</center>==

צבר של שבעה גנים הנמצאים ברצף כעותק יחיד על הכרומוזום מקודדים ליצור האנזים אוראז ולוויסות פעולתו. הגנים UreA ו-UreB מקודדים את היחידות α וβ בעלות המסה המולקולרית של כ- 26.5kDa ו-60.3kDa בהתאמה. שישה עותקים של כל תת יחידה מתחברים עצמאית באופן ספונטני ליצירת האנזים הפעיל.
הגנים ureE, ureF, ureG, and ureH מקודדים לחלבונים UreE, UreF, UreG, and UreH, שמסייעים בהכנסתו של יון הניקל לאנזים, הימצאותם של יוני הניקל הכרחיים לפעילותו.
הגן ureI הוא גן מווסת המיועד לקידוד תעלות אוריאה ספציפיות בממברנה שנפתחות כאשר הpH נמוך על מנת לאפשר מעבר של אוריאה, ונסגרות כאשר הpH גבוה בכדי למנוע גישה של הסובסטרט לאוראז הציטופלסמתי.
 
<center>[[Image:גנים_לאוראז.jpg]]</center>



==<center>מחלות</center>==


הליקובקטר פילורי הינו חיידק [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A6%D7%91%D7%99%D7%A2%D7%AA_%D7%92%D7%A8%D7%90%D7%9D גראם שלילי], שביכולתו לפתח מושבות על דפנות הקיבה ועל התריסריון. הליקובקטר פילורי עמיד בפני החומציות הגבוהה שבקיבה וזאת משום יכולתו לייצר סביבה בסיסית, שבתוכה הוא מסתתר ונשאר מוגן. החיידק המתיישב בקיבה עשוי לגרום לתהליך [http://www.disease.co.il/disease/helicobacter-pylori דלקתי כרוני]. זיהום בחיידק זה עלול לגרום להתפתחות [http://www.wikirefua.org.il/index.php/%D7%94%D7%9C%D7%99%D7%A7%D7%95%D7%91%D7%A7%D7%98%D7%A8_%D7%A4%D7%99%D7%9C%D7%95%D7%A8%D7%99_-_Helicobacter_pylori כיב דלקתי] של רירית הקיבה או שאתות (גידולים) בקיבה. כאשר [https://gastro.sheba.co.il/%D7%AA%D7%91%D7%97%D7%99%D7%9F_%D7%A0%D7%A9%D7%99%D7%A4%D7%94_%D7%9C%D7%94%D7%9C%D7%99%D7%A7%D7%95%D7%91%D7%A7%D7%98%D7%A8_%D7%A4%D7%99%D7%9C%D7%95%D7%A8%D7%99 מאובחנות] מחלות אלו יש לאתר את מקור הזיהום ולספק טיפול תרופתי במידת הצורך.


==<center>דף עבודה לתלמיד</center>==

[http://proteopedia.org/wiki/images/6/64/%D7%93%D7%A3_%D7%A2%D7%91%D7%95%D7%93%D7%94_%D7%9C%D7%AA%D7%9C%D7%9E%D7%99%D7%93.doc דף עבודה לתלמיד]

==<center>מקורות מידע</center>==
<references/>
1. http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ar960022j
 
2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK2417/
 
3.http://meyda.education.gov.il/files/Mazkirut_Pedagogit/biology/haydakim_ungifim_ora_kahana.pdf (31-33)
 
4.http://www.maccabi4u.co.il/7813-he/Maccabi.aspx?TabId=7815_7816_7817

File:דף עבודה לתלמיד.doc

2017-07-11T20:43:13Z

Lilach Shoel:

File:דף העבודה לערך אוראז סופי.doc

2017-07-11T20:41:00Z

Lilach Shoel: uploaded a new version of "Image:דף העבודה לערך אוראז סופי.doc"

File:דף העבודה לערך אוראז סופי.doc

2017-07-11T20:37:30Z

Lilach Shoel: uploaded a new version of "Image:דף העבודה לערך אוראז סופי.doc"

Urease (Hebrew)

2017-07-11T20:34:04Z

Lilach Shoel:

==<center>'''אוראז'''</center>==
<applet load='1e9z' size='340' frame='true' side='left' caption='HELICOBACTER PYLORI UREASE (PDB code [[1e9z]])' scene=''>
__NOTOC__
==<center>מבוא</center>==


האנזים אוראז הוא חלבון מקבוצת [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%98%D7%90%D7%9C%D7%95%D7%A4%D7%A8%D7%95%D7%98%D7%90%D7%99%D7%9F המטאלופרוטאינים] ואחד האנזימים הבודדים הדורשים ניקל כדי לפעול. הניקל קשור לאוראז בקשר בעל אפיניות גבוהה מאוד, ורק דנטורציה או שימוש בחומצה חזקה יכולים לפרק את הקשר.
 
אוראז מזרז [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%94%D7%99%D7%93%D7%A8%D7%95%D7%9C%D7%99%D7%96%D7%94 הידרוליזה] של אוריאה כדי ליצור אמוניה ופחמן דו חמצני.
האוראז מיוצר על ידי צמחים, פטריות, ומספר חיידקים.
 
בצמחים, אוראז מורכב מחלבון בעל יחידה אחת, הוא נמצא בזרעי קטניות וככל הנראה בעל תפקיד בנביטה. אוראז שהופק משעועית זכה להיות האנזים הראשון שגובש והוגדר כחלבון[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ar960022j] (1926).

 

אחד החיידקים הידועים כבעלי אוראז הוא הליקובקטור פילורי, חיידק זה ידוע כמעורב ביצירת כיביים וסרטן הקיבה. אוראז בהליקובקטור פילורי בנוי משש יחידות כשכל יחידה בנויה משתי תת יחידות.
בהדמייה הראשית המציגה את האנזים אוראז, בהליקובקטור פילורי, בשלמותו, ניתן לראות את מורכבות החלבון, מספרן הרב של תת היחידות וגודלו הרב.
 
פעילותו של אנזים האוראז מווסתת על ידי חמישה חלבונים. ארבעה מתוכם מצויים באורגניזמים שונים ומסייעים בהכנסת יוני הניקל למולקולה. החלבון הנוסף, UreI הינו חלבון ייחודי לחיידק ההליקובקטור פילורי ואחראי על וויסות כניסת האוריאה לתא.



==<center>מבנה המולקולה</center>==

האוראז בהליקובקטור פילורי הוא חלבון גדול מאוד, ובנוי מיחידות רבות, 807 <scene name='76/761650/Amino_acids/2'>חומצות אמינו</scene> בכל יחידה (כל סוג חומצת אמינו מוצגת בצבע אחר), הבנויה מתת יחידות <scene name='76/761650/Alfa_amino_acids/1'>α</scene> ו- <scene name='76/761650/Beta_amino_acids/1'>β</scene>, המבנה הראשוני של כל תת יחידה מורכב מ[http://www.uniprot.org/uniprot/P14916.fasta 238] ח.א ו-[http://www.uniprot.org/uniprot/P69996.fasta 569] ח.א בהתאמה, ומסתם המולקולרית של שתי תת היחידות היא כ-550kDa.
<scene name='76/761650/Helix_sheets/3'>המבנה השניוני</scene> הוא סלילי α ומשטחי β.

<scene name='76/761650/Active_site/1'>האתר הפעיל</scene> בנוי מחומצות האמינו היסטידין 136, היסטידין 138, ליזין 219, היסטידין 248, היסטידין 274, ואספרטאט 362 המתקרבות [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%91%D7%A0%D7%94_%D7%A9%D7%9C%D7%99%D7%A9%D7%95%D7%A0%D7%99 במבנה השלישוני] בעקבות יצירת קשרים בין מולקולריים ובאות במגע ישיר עם שני <scene name='76/761650/Nickel_ion/2'>יוני ניקל</scene> (המוצגים בלבן).
 
היסטידין 221 והיסטידין 322 הסמוכים לאתר הפעיל יוצרים קשר עם האוריאה והמים לזרוז תהליך הפיכת האוריאה לאמוניה, האתר הפעיל של האנזים נמצא בתת יחידה β.
להליקובקטר שישה עותקים לכל אחת משתי תת היחידות, <scene name='76/761650/A_unit/5'>α</scene> ו- <scene name='76/761650/B_unit/4'>β</scene>, ולכן שישה אתרים פעילים למולקולת האנזים הטעונה במלואה.
 
למרות ההבדל בין מבנה האוראז בחיידק ובצמח האתר הפעיל דומה בשניהם.
במיקרוסקופ אלקטרונים אוראז נראה במבנה[https://drive.google.com/open?id=0B0r4OgEiZ5e_bnJCQW91Nmw4b0U כדורי חלול במרכז], האנזים בעל קוטר של 13 ננומטר ובעל סימטריה סיבובית.



==<center>תגובה אנזימתית</center>==

האוראז מזרז הידרוליזה של אוריאה לקבלת התוצרים אמוניה ופחמן דו חמצני:

 
[[Image:Enz reacation.png]]
 
בתמיסות מימיות, מולקולות האמוניה גורמות ל- pH להיות בסיסי יותר.
 
 
 
[[Image:Enzyme reaction with exp.png]]


==<center>גנטיקה</center>==

צבר של שבעה גנים הנמצאים ברצף כעותק יחיד על הכרומוזום מקודדים ליצור האנזים אוראז ולוויסות פעולתו. הגנים UreA ו-UreB מקודדים את היחידות α וβ בעלות המסה המולקולרית של כ- 26.5kDa ו-60.3kDa בהתאמה. שישה עותקים של כל תת יחידה מתחברים עצמאית באופן ספונטני ליצירת האנזים הפעיל.
הגנים ureE, ureF, ureG, and ureH מקודדים לחלבונים UreE, UreF, UreG, and UreH, שמסייעים בהכנסתו של יון הניקל לאנזים, הימצאותם של יוני הניקל הכרחיים לפעילותו.
הגן ureI הוא גן מווסת המיועד לקידוד תעלות אוריאה ספציפיות בממברנה שנפתחות כאשר הpH נמוך על מנת לאפשר מעבר של אוריאה, ונסגרות כאשר הpH גבוה בכדי למנוע גישה של הסובסטרט לאוראז הציטופלסמתי.
 
<center>[[Image:גנים_לאוראז.jpg]]</center>



==<center>מחלות</center>==


הליקובקטר פילורי הינו חיידק [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A6%D7%91%D7%99%D7%A2%D7%AA_%D7%92%D7%A8%D7%90%D7%9D גראם שלילי], שביכולתו לפתח מושבות על דפנות הקיבה ועל התריסריון. הליקובקטר פילורי עמיד בפני החומציות הגבוהה שבקיבה וזאת משום יכולתו לייצר סביבה בסיסית, שבתוכה הוא מסתתר ונשאר מוגן. החיידק המתיישב בקיבה עשוי לגרום לתהליך [http://www.disease.co.il/disease/helicobacter-pylori דלקתי כרוני]. זיהום בחיידק זה עלול לגרום להתפתחות [http://www.wikirefua.org.il/index.php/%D7%94%D7%9C%D7%99%D7%A7%D7%95%D7%91%D7%A7%D7%98%D7%A8_%D7%A4%D7%99%D7%9C%D7%95%D7%A8%D7%99_-_Helicobacter_pylori כיב דלקתי] של רירית הקיבה או שאתות (גידולים) בקיבה. כאשר [https://gastro.sheba.co.il/%D7%AA%D7%91%D7%97%D7%99%D7%9F_%D7%A0%D7%A9%D7%99%D7%A4%D7%94_%D7%9C%D7%94%D7%9C%D7%99%D7%A7%D7%95%D7%91%D7%A7%D7%98%D7%A8_%D7%A4%D7%99%D7%9C%D7%95%D7%A8%D7%99 מאובחנות] מחלות אלו יש לאתר את מקור הזיהום ולספק טיפול תרופתי במידת הצורך.


==<center>דף עבודה לתלמיד</center>==

[http://proteopedia.org/wiki/images/9/97/%D7%93%D7%A3_%D7%94%D7%A2%D7%91%D7%95%D7%93%D7%94_%D7%9C%D7%A2%D7%A8%D7%9A_%D7%90%D7%95%D7%A8%D7%90%D7%96_%D7%A1%D7%95%D7%A4%D7%99.doc דף עבודה לתלמיד]

==<center>מקורות מידע</center>==
<references/>
1. http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ar960022j
 
2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK2417/
 
3.http://meyda.education.gov.il/files/Mazkirut_Pedagogit/biology/haydakim_ungifim_ora_kahana.pdf (31-33)
 
4.http://www.maccabi4u.co.il/7813-he/Maccabi.aspx?TabId=7815_7816_7817

2017-07-06T11:59:17Z

Lilach Shoel: uploaded a new version of "Image:Reaction with exp.jpg": Reverted to version as of 10:56, 6 July 2017

2017-06-26T11:03:49Z

Lilach Shoel:

Urease (Hebrew)

2017-06-26T11:00:51Z

Lilach Shoel:

==<center>'''אוראז'''</center>==
<applet load='1e9z' size='340' frame='true' side='left' caption='HELICOBACTER PYLORI UREASE (PDB code [[1e9z]])' scene=''>

==<center>מבוא</center>==


האנזים אוראז הוא חלבון מקבוצת [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%98%D7%90%D7%9C%D7%95%D7%A4%D7%A8%D7%95%D7%98%D7%90%D7%99%D7%9F המטאלופרוטאינים] הקשור ליוני המתכת ניקל הדרושים לפעילותו. הוא מיוצר על ידי צמחים, פטריות, ומספר חיידקים.
 
אוראז שהופק משעועית זכה להיות האנזים הראשון שגובש והוגדר כחלבון[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ar960022j] (1926).

 

אוראז מזרז [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%94%D7%99%D7%93%D7%A8%D7%95%D7%9C%D7%99%D7%96%D7%94 הידרוליזה] של אוריאה כדי ליצור אמוניה וחומצה פחמתית.
אוראז הוא אחד האנזימים הבודדים הדורשים ניקל כדי לפעול . הניקל קשור לאוראז בקשר בעל אפיניות גבוהה מאד ורק דנטורציה או שימוש בחומצה חזקה יכולים לפרק את הקשר.
 
אנזים האוראז מווסת ע"י חלבונים נוספים.
 
אחד החיידקים הידועים כבעלי אוראז הוא הליקובקטר פילורי, חיידק זה ידוע כמעורב ביצירת כיביים ובסרטן הקיבה.
 
האוראז נמצא בזרעי קטניות וכנראה בעל תפקיד בנביטה. בצמחים אוריאז מורכב מפפטיד בעל יחידה אחת



==<center>מבנה המולקולה</center>==

מבנה האוראז בהליקובקטור פילורי גדול מאוד והוא בנוי מתת יחידות [http://www.uniprot.org/uniprot/P14916.fasta α] ו [http://www.uniprot.org/uniprot/P69996.fasta β], המבנה הראשוני מורכב מ-807 <scene name='76/761650/Amino_acids/2'>חומצות אמינו</scene> ומסתו המולקולרית היא כ-550kDa.
<scene name='76/761650/Helix_sheets/2'>המבנה השניוני</scene> הוא סלילי α ומשטחי β.

האתר הפעיל בנוי מחומצות האמינו היסטידין 136, היסטידין 138, ליזין 219, היסטידין 248, היסטידין 274, ואספרטאט 362 המתקרבות [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%91%D7%A0%D7%94_%D7%A9%D7%9C%D7%99%D7%A9%D7%95%D7%A0%D7%99 במבנה השלישוני] בעקבות יצירת קשרים בין מולקולריים ובאות במגע במגע ישיר עם שני <scene name='76/761650/Nickel_ion/1'>יוני ניקל</scene>, היסטידין 221 והיסטידין 322 הסמוכים לאתר הפעיל יוצרים קשר עם האוריאה והמים לזרוז תהליך הפיכת האוריאה לאמוניה, האתר הפעיל של האנזים נמצא בתת יחידה β.
להליקובקטר שישה עותקים לכל אחת משתי תת היחידות, <scene name='76/761650/A_unit/2'>α</scene> ו <scene name='76/761650/B_unit/1'>β</scene>, ולכן שישה אתרים פעילים למולקולת האנזים הטעונה במלואה.
 
למרות ההבדל בין מבנה האוראז בחיידק ובצמח האתר הפעיל דומה בשניהם.
במיקרוסקופ אלקטרונים אוראז נראה במבנה[https://drive.google.com/open?id=0B0r4OgEiZ5e_bnJCQW91Nmw4b0U כדורי חלול במרכז], האנזים בעל קוטר של 13 ננומטר ובעל סימטריה סיבובית.



==<center>תגובה אנזימתית</center>==

האוראז מזרז הידרוליזה של אוריאה לקבלת התוצר אמוניה וקרבמאט (תוצר ביניים). קרבמאט מתפרקת באופן ספונטני למולקולה נוספת של אמוניה וחומצה פחמתית:

 
[[Image:תגובה_ראשונה_אוראז.jpg]]
 
בתמיסות מימיות, החומצה הפחמתית המשוחררת ושתי המולקולות של אמוניה נמצאות בשיווי משקל בין שתי צורותיהן (המיוננת והלא מיוננת), מה שמעלה את ה- pH לבסיסי יותר.

 
[[Image:תגובה_שנייה_אוראז_שיווי_משקל.jpg]]



==<center>גנטיקה</center>==

צבר של שבעה גנים הנמצאים ברצף כעותק יחיד על הכרומוזום מקודדים ליצור האנזים אוראז ולוויסות פעולתו. הגנים UreA ו-UreB מקודדים את היחידות בעלות המסה המולקולרית של כ- 26.5kDa ו-60.3kDa בהתאמה. שישה עותקים של כל תת יחידה מתחברים עצמאית באופן ספונטני ליצירת האנזים הפעיל.
הגנים ureE, ureF, ureG, and ureH מקודדים לחלבונים UreE, UreF, UreG, and UreH, שמסייעים בהכנסתו של יון הניקל לאנזים, הימצאותם של יוני הניקל הכרחיים לפעילותו.
הגן ureI הוא גן מווסת המיועד לקידוד תעלות אוריאה ספציפיות בממברנה שנפתחות כאשר הpH נמוך על מנת לאפשר מעבר של אוריאה, ונסגרות כאשר הpH גבוה בכדי למנוע גישה של הסובסטרט לאוראז הציטופלסמתי.
יחידת המשנה של UreA של הליקובקטר היא יוצאת דופן במקצת בגלל רצף חומצות האמינו שלה המקודדות על ידי גן יחיד ureA, ואילו בכל מיני חיידקים אחרים הן תמיד מקודדות על ידי שני גנים נפרדים. ההשערה העולה היא ששני גנים קטנים יותר של מינים שונים התמזגו כדי ליצור את האוראז בהליקובקטר פילורי.[[Image:גנים_לאוראז.jpg]]



== Function ==

== Disease ==

== Relevance ==

== Structural highlights ==

This is a sample scene created with SAT to <scene name="/12/3456/Sample/1">color</scene> by Group, and another to make <scene name="/12/3456/Sample/2">a transparent representation</scene> of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.

</StructureSection>
== References ==
<references/>
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ar960022j

Devesa SS, Blot WJ, Fraumeni JF. Changing patterns in the incidence of esophageal and gastric carcinoma in the United State. J. Cancer . 1998;83:2049–2053. [PubMed]

Urease (Hebrew)

2017-06-26T10:48:13Z

Lilach Shoel:

==<center>'''אוראז'''</center>==
<applet load='1e9z' size='340' frame='true' side='left' caption='HELICOBACTER PYLORI UREASE (PDB code [[1e9z]])' scene=''>

==<center>מבוא</center>==


האנזים אוראז הוא חלבון מקבוצת [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%98%D7%90%D7%9C%D7%95%D7%A4%D7%A8%D7%95%D7%98%D7%90%D7%99%D7%9F המטאלופרוטאינים] הקשור ליוני המתכת ניקל הדרושים לפעילותו. הוא מיוצר על ידי צמחים, פטריות, ומספר חיידקים.
 
אוראז שהופק משעועית זכה להיות האנזים הראשון שגובש והוגדר כחלבון[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ar960022j] (1926).

 

אוראז מזרז [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%94%D7%99%D7%93%D7%A8%D7%95%D7%9C%D7%99%D7%96%D7%94 הידרוליזה] של אוריאה כדי ליצור אמוניה וחומצה פחמתית.
אוראז הוא אחד האנזימים הבודדים הדורשים ניקל כדי לפעול . הניקל קשור לאוראז בקשר בעל אפיניות גבוהה מאד ורק דנטורציה או שימוש בחומצה חזקה יכולים לפרק את הקשר.
 
אנזים האוראז מווסת ע"י חלבונים נוספים.
 
אחד החיידקים הידועים כבעלי אוראז הוא הליקובקטר פילורי, חיידק זה ידוע כמעורב ביצירת כיביים ובסרטן הקיבה.
 
האוראז נמצא בזרעי קטניות וכנראה בעל תפקיד בנביטה. בצמחים אוריאז מורכב מפפטיד בעל יחידה אחת



==<center>תגובה אנזימתית</center>==

האוראז מזרז הידרוליזה של אוריאה לקבלת התוצר אמוניה וקרבמאט (תוצר ביניים). קרבמאט מתפרקת באופן ספונטני למולקולה נוספת של אמוניה וחומצה פחמתית:

 
[[Image:תגובה_ראשונה_אוראז.jpg]]
 
בתמיסות מימיות, החומצה הפחמתית המשוחררת ושתי המולקולות של אמוניה נמצאות בשיווי משקל בין שתי צורותיהן (המיוננת והלא מיוננת), מה שמעלה את ה- pH לבסיסי יותר.

 
[[Image:תגובה_שנייה_אוראז_שיווי_משקל.jpg]]


==<center>מבנה המולקולה</center>==

מבנה האוראז בהליקובקטור פילורי גדול מאוד והוא בנוי מתת יחידות [http://www.uniprot.org/uniprot/P14916.fasta α] ו [http://www.uniprot.org/uniprot/P69996.fasta β], המבנה הראשוני מורכב מ-807 <scene name='76/761650/Amino_acids/2'>חומצות אמינו</scene> ומסתו המולקולרית היא כ-550kDa.
<scene name='76/761650/Helix_sheets/2'>המבנה השניוני</scene> הוא סלילי α ומשטחי β.

האתר הפעיל בנוי מחומצות האמינו היסטידין 136, היסטידין 138, ליזין 219, היסטידין 248, היסטידין 274, ואספרטאט 362 המתקרבות [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%91%D7%A0%D7%94_%D7%A9%D7%9C%D7%99%D7%A9%D7%95%D7%A0%D7%99 במבנה השלישוני] בעקבות יצירת קשרים בין מולקולריים ובאות במגע במגע ישיר עם שני <scene name='76/761650/Nickel_ion/1'>יוני ניקל</scene>, היסטידין 221 והיסטידין 322 הסמוכים לאתר הפעיל יוצרים קשר עם האוריאה והמים לזרוז תהליך הפיכת האוריאה לאמוניה, האתר הפעיל של האנזים נמצא בתת יחידה β.
להליקובקטר שישה עותקים לכל אחת משתי תת היחידות, <scene name='76/761650/A_unit/2'>α</scene> ו <scene name='76/761650/B_unit/1'>β</scene>, ולכן שישה אתרים פעילים למולקולת האנזים הטעונה במלואה.
 
למרות ההבדל בין מבנה האוראז בחיידק ובצמח האתר הפעיל דומה בשניהם.
במיקרוסקופ אלקטרונים אוראז נראה במבנה[https://drive.google.com/open?id=0B0r4OgEiZ5e_bnJCQW91Nmw4b0U כדורי חלול במרכז], האנזים בעל קוטר של 13 ננומטר ובעל סימטריה סיבובית.


==<center>גנטיקה</center>==

צבר של שבעה גנים הנמצאים ברצף כעותק יחיד על הכרומוזום מקודדים ליצור האנזים אוראז ולוויסות פעולתו. הגנים UreA ו-UreB מקודדים את היחידות בעלות המסה המולקולרית של כ- 26.5kDa ו-60.3kDa בהתאמה. שישה עותקים של כל תת יחידה מתחברים עצמאית באופן ספונטני ליצירת האנזים הפעיל.
הגנים ureE, ureF, ureG, and ureH מקודדים לחלבונים UreE, UreF, UreG, and UreH, שמסייעים בהכנסתו של יון הניקל לאנזים, הימצאותם של יוני הניקל הכרחיים לפעילותו.
הגן ureI הוא גן מווסת המיועד לקידוד תעלות אוריאה ספציפיות בממברנה שנפתחות כאשר הpH נמוך על מנת לאפשר מעבר של אוריאה, ונסגרות כאשר הpH גבוה בכדי למנוע גישה של הסובסטרט לאוראז הציטופלסמתי.
יחידת המשנה של UreA של הליקובקטר היא יוצאת דופן במקצת בגלל רצף חומצות האמינו שלה המקודדות על ידי גן יחיד ureA, ואילו בכל מיני חיידקים אחרים הן תמיד מקודדות על ידי שני גנים נפרדים. ההשערה העולה היא ששני גנים קטנים יותר של מינים שונים התמזגו כדי ליצור את האוראז בהליקובקטר פילורי.[[Image:גנים_לאוראז.jpg]]



== Function ==

== Disease ==

== Relevance ==

== Structural highlights ==

This is a sample scene created with SAT to <scene name="/12/3456/Sample/1">color</scene> by Group, and another to make <scene name="/12/3456/Sample/2">a transparent representation</scene> of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.

</StructureSection>
== References ==
<references/>
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ar960022j

Devesa SS, Blot WJ, Fraumeni JF. Changing patterns in the incidence of esophageal and gastric carcinoma in the United State. J. Cancer . 1998;83:2049–2053. [PubMed]