Proteopedia - User contributions [en]

Sand box groel

2011-03-03T19:39:39Z

Ronit Pais David:

==[[GROEL השפרון]]==
<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='left' caption=''/>
חלבון סוכך -שפרון -הוא חלבון המסייע למגוון רחב של חלבונים אחרים להתקפל למבנה מרחב (מבנה שניוני ומבנה שלישוני( תקין, כאשר הוא עצמו אינו חלק מהמבנה הסופי שלהם. השפרונים מאפשרים לחלבונים תנאים מתאימים לקיפול. לא מקובל להתייחס לחלבון סוכך כאל אנזים למרות שהוא זרז של פעולת קיפול החלבונים. חלבון סוכך מכונה גם חלבון לוויה או חלבון מלווה. ישנם סוגים שונים של שפרונים.
נתמקד בשפרון הנקרא
GROEL
<scene name='Sand_box_groel/Groel-groes/1'>GROEL-GROES COMPLEX</scene>

[[מדוע צריכים שפרונים?]]

1. לא כל החלבונים מתקפלים עצמאית

2. בתא יש ריכוז גבוהה של חלבונים שמפריע לקיפול ולא תמיד הרכב התמיסה בתא מתאים לכל חלבון .

[[מבנה החלבון]]

החלבון נוצר מ- 14 תת יחדות (מונומרים) מסודרות במבנה של 2 טבעות.
כל טבעת מורכבת מ- 7 מונומרים.
ה-GROEL יוצר חלל שהחלבון יכול להתקפל בו בתנאים אופטימלים.
יש חלבון נוסף המסייע הנקרא GROES הסוגר את החלל מהווה מעין מכסה ל"מבחנה".
כך בתוך החלל יכול ליצור את האינטראקציות האופטימליות מבלי שיעשה אינטראקציות עם מולקולות אחרות.

<scene name='Sand_box_groel/Groes/1'>GROES</scene>

<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='right' caption='' scene='Sand_box_groel/Groel-groes/1'/>

[[מנגנון הפעולה]] :

אלוסטריה ב- GROEL - שינויי קונפורמציה בעקבות קישור
1. ל-GROEL במצב R יש אפיניות גדולה ל- ATP .
2. ATP נקשר לטבעת אחת של GROEL והקונפורמציה של הטבעת עוברת ממצב R למצב T.
3. במצב T יש אפיניות גדולה יותר לפוליפפטידים. נקשר לאזורים הידרופוביים של החלבונים הלא מקופלים (או שמקופלים לא טוב).
ה-GROES נקשר ל-GROEL ומכסה את החלל. מקבלים מבנה שדומה למבחנה עם מכסה (שהחלבון לכוד בפנים). הGroES מבודד את החלבון מהסביבה ונותן לו סביבה הידרופובית. בשלב זה הטבעת השניה לא קושרת בהעדר קונפורמציה מתאימה.
4. החלבון מתקפל בתוך החלל וה-ATP מתפרק ל-ADP+P ואז חוזרים למצב R . החלבון המקופל יוצא החוצה וכמו כן ה- GROES , לא לפני שהטבעת השניה מתחילה לקשור ATP וחוזר חלילה.

<scene name='Sand_box_groel/Adp_in_active_ring/2'>ADP IN GROEL RING</scene>

[[לסיכום:]]

• קיימת התאמה בין 2 הטבעות. קואופרטיביות שלילת : כשהאחת קשרה ATP השניה לא יכולה לקשור.
• הקישור לחלבון תלוי במצב הטבעת T/R
• בחלבון לא מקופל / לא מקופל היטב, האזורים ההידרופובים חשופים ועשויים להתקשר לטבעת GroEL במצב T. במצב Rהחלבון המקופל מתנתק.
• GroEL אינו מראה ספציפיות רבה – כלומר נקשר לחלבונים רבים, שונים זה מזה. המוטיב המשותף היחיד לכל החלבונים הוא היותם פרושים, ולכן צפויים להמצא אזורים הידרופוביים החשופים לתמיסה החיצונית. לכן, האנטראקציה של GroEL עם החלבונים היא בעיקר באמצעות אנטראקציות הידרופוביות לא ספציפיות.

Sand box groel

2011-03-03T19:27:28Z

Ronit Pais David:

==[[GROEL השפרון]]==
<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='left' caption='Insert caption here'/>
חלבון סוכך -שפרון -הוא חלבון המסייע למגוון רחב של חלבונים אחרים להתקפל למבנה מרחב (מבנה שניוני ומבנה שלישוני( תקין, כאשר הוא עצמו אינו חלק מהמבנה הסופי שלהם. השפרונים מאפשרים לחלבונים תנאים מתאימים לקיפול. לא מקובל להתייחס לחלבון סוכך כאל אנזים למרות שהוא זרז של פעולת קיפול החלבונים. חלבון סוכך מכונה גם חלבון לוויה או חלבון מלווה. ישנם סוגים שונים של שפרונים.
נתמקד בשפרון הנקרא
GROEL
<scene name='Sand_box_groel/Groel-groes/1'>GROEL-GROES COMPLEX</scene>

[[מדוע צריכים שפרונים?]]

1. לא כל החלבונים מתקפלים עצמאית

2. בתא יש ריכוז גבוהה של חלבונים שמפריע לקיפול ולא תמיד הרכב התמיסה בתא מתאים לכל חלבון .

[[מבנה החלבון]]

החלבון נוצר מ- 14 תת יחדות (מונומרים) מסודרות במבנה של 2 טבעות.
כל טבעת מורכבת מ- 7 מונומרים.
ה-GROEL יוצר חלל שהחלבון יכול להתקפל בו בתנאים אופטימלים.
יש חלבון נוסף המסייע הנקרא GROES הסוגר את החלל מהווה מעין מכסה ל"מבחנה".
כך בתוך החלל יכול ליצור את האינטראקציות האופטימליות מבלי שיעשה אינטראקציות עם מולקולות אחרות.

<scene name='Sand_box_groel/Groes/1'>GROES</scene>

<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='Sand_box_groel/Groel-groes/1'/>

[[מנגנון הפעולה]] :

אלוסטריה ב- GROEL - שינויי קונפורמציה בעקבות קישור
1. ל-GROEL במצב R יש אפיניות גדולה ל- ATP .
2. ATP נקשר לטבעת אחת של GROEL והקונפורמציה של הטבעת עוברת ממצב R למצב T.
3. במצב T יש אפיניות גדולה יותר לפוליפפטידים. נקשר לאזורים הידרופוביים של החלבונים הלא מקופלים (או שמקופלים לא טוב).
ה-GROES נקשר ל-GROEL ומכסה את החלל. מקבלים מבנה שדומה למבחנה עם מכסה (שהחלבון לכוד בפנים). הGroES מבודד את החלבון מהסביבה ונותן לו סביבה הידרופובית. בשלב זה הטבעת השניה לא קושרת בהעדר קונפורמציה מתאימה.
4. החלבון מתקפל בתוך החלל וה-ATP מתפרק ל-ADP+P ואז חוזרים למצב R . החלבון המקופל יוצא החוצה וכמו כן ה- GROES , לא לפני שהטבעת השניה מתחילה לקשור ATP וחוזר חלילה.

<scene name='Sand_box_groel/Adp_in_active_ring/2'>ADP IN GROEL RING</scene>

[[לסיכום:]]

• קיימת התאמה בין 2 הטבעות. קואופרטיביות שלילת : כשהאחת קשרה ATP השניה לא יכולה לקשור.
• הקישור לחלבון תלוי במצב הטבעת T/R
• בחלבון לא מקופל / לא מקופל היטב, האזורים ההידרופובים חשופים ועשויים להתקשר לטבעת GroEL במצב T. במצב Rהחלבון המקופל מתנתק.
• GroEL אינו מראה ספציפיות רבה – כלומר נקשר לחלבונים רבים, שונים זה מזה. המוטיב המשותף היחיד לכל החלבונים הוא היותם פרושים, ולכן צפויים להמצא אזורים הידרופוביים החשופים לתמיסה החיצונית. לכן, האנטראקציה של GroEL עם החלבונים היא בעיקר באמצעות אנטראקציות הידרופוביות לא ספציפיות.

Sand box groel

2011-03-03T19:16:09Z

Ronit Pais David:

==[[GROEL השפרון]]==
<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='left' caption='Insert caption here'/>
חלבון סוכך -שפרון -הוא חלבון המסייע למגוון רחב של חלבונים אחרים להתקפל למבנה מרחב (מבנה שניוני ומבנה שלישוני( תקין, כאשר הוא עצמו אינו חלק מהמבנה הסופי שלהם. השפרונים מאפשרים לחלבונים תנאים מתאימים לקיפול. לא מקובל להתייחס לחלבון סוכך כאל אנזים למרות שהוא זרז של פעולת קיפול החלבונים. חלבון סוכך מכונה גם חלבון לוויה או חלבון מלווה. ישנם סוגים שונים של שפרונים.
נתמקד בשפרון הנקרא
GROEL
<scene name='Sand_box_groel/Groel-groes/1'>GROEL-GROES COMPLEX</scene>

[[מדוע צריכים שפרונים?]]

1. לא כל החלבונים מתקפלים עצמאית
2. בתא יש ריכוז גבוהה של חלבונים שמפריע לקיפול ולא תמיד הרכב התמיסה בתא מתאים לכל חלבון .

[[מבנה החלבון]]

החלבון נוצר מ- 14 תת יחדות (מונומרים) מסודרות במבנה של 2 טבעות.
כל טבעת מורכבת מ- 7 מונומרים.
ה-GROEL יוצר חלל שהחלבון יכול להתקפל בו בתנאים אופטימלים.
יש חלבון נוסף המסייע הנקרא GROES הסוגר את החלל מהווה מעין מכסה ל"מבחנה".
כך בתוך החלל יכול ליצור את האינטראקציות האופטימליות מבלי שיעשה אינטראקציות עם מולקולות אחרות.

<scene name='Sand_box_groel/Groes/1'>GROES</scene>

<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='Sand_box_groel/Groel-groes/1'/>

[[מנגנון הפעולה]] :

אלוסטריה ב- GROEL - שינויי קונפורמציה בעקבות קישור
1. ל-GROEL במצב R יש אפיניות גדולה ל- ATP .
2. ATP נקשר לטבעת אחת של GROEL והקונפורמציה של הטבעת עוברת ממצב R למצב T.
3. במצב T יש אפיניות גדולה יותר לפוליפפטידים. נקשר לאזורים הידרופוביים של החלבונים הלא מקופלים (או שמקופלים לא טוב).
ה-GROES נקשר ל-GROEL ומכסה את החלל. מקבלים מבנה שדומה למבחנה עם מכסה (שהחלבון לכוד בפנים). הGroES מבודד את החלבון מהסביבה ונותן לו סביבה הידרופובית. בשלב זה הטבעת השניה לא קושרת בהעדר קונפורמציה מתאימה.
4. החלבון מתקפל בתוך החלל וה-ATP מתפרק ל-ADP+P ואז חוזרים למצב R . החלבון המקופל יוצא החוצה וכמו כן ה- GROES , לא לפני שהטבעת השניה מתחילה לקשור ATP וחוזר חלילה.

<scene name='Sand_box_groel/Adp_in_active_ring/2'>ADP IN GROEL RING</scene>

[[לסיכום:]]

• קיימת התאמה בין 2 הטבעות. קואופרטיביות שלילת : כשהאחת קשרה ATP השניה לא יכולה לקשור.
• הקישור לחלבון תלוי במצב הטבעת T/R
• בחלבון לא מקופל / לא מקופל היטב, האזורים ההידרופובים חשופים ועשויים להתקשר לטבעת GroEL במצב T. במצב Rהחלבון המקופל מתנתק.
• GroEL אינו מראה ספציפיות רבה – כלומר נקשר לחלבונים רבים, שונים זה מזה. המוטיב המשותף היחיד לכל החלבונים הוא היותם פרושים, ולכן צפויים להמצא אזורים הידרופוביים החשופים לתמיסה החיצונית. לכן, האנטראקציה של GroEL עם החלבונים היא בעיקר באמצעות אנטראקציות הידרופוביות לא ספציפיות.

Sand box groel

2011-03-03T19:13:10Z

Ronit Pais David:

==Your Heading Here (maybe something like 'Structure')==<StructureSection load='1dq8' size='500' side='right' caption='Structure of HMG-CoA reductase (PDB entry [[1dq8]])' scene=''>GROEL-GROES COMPLEX</StructureSection>==[[GROEL השפרון]]==
<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='left' caption='Insert caption here'/>
חלבון סוכך -שפרון -הוא חלבון המסייע למגוון רחב של חלבונים אחרים להתקפל למבנה מרחב (מבנה שניוני ומבנה שלישוני( תקין, כאשר הוא עצמו אינו חלק מהמבנה הסופי שלהם. השפרונים מאפשרים לחלבונים תנאים מתאימים לקיפול. לא מקובל להתייחס לחלבון סוכך כאל אנזים למרות שהוא זרז של פעולת קיפול החלבונים. חלבון סוכך מכונה גם חלבון לוויה או חלבון מלווה. ישנם סוגים שונים של שפרונים.
נתמקד בשפרון הנקרא
GROEL
<scene name='Sand_box_groel/Groel-groes/1'>GROEL-GROES COMPLEX</scene>

[[מדוע צריכים שפרונים?]]

1. לא כל החלבונים מתקפלים עצמאית
2. בתא יש ריכוז גבוהה של חלבונים שמפריע לקיפול ולא תמיד הרכב התמיסה בתא מתאים לכל חלבון .

[[מבנה החלבון]]

החלבון נוצר מ- 14 תת יחדות (מונומרים) מסודרות במבנה של 2 טבעות.
כל טבעת מורכבת מ- 7 מונומרים.
ה-GROEL יוצר חלל שהחלבון יכול להתקפל בו בתנאים אופטימלים.
יש חלבון נוסף המסייע הנקרא GROES הסוגר את החלל מהווה מעין מכסה ל"מבחנה".
כך בתוך החלל יכול ליצור את האינטראקציות האופטימליות מבלי שיעשה אינטראקציות עם מולקולות אחרות.

<scene name='Sand_box_groel/Groes/1'>GROES</scene>

<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='Sand_box_groel/Groel-groes/1'/>

[[מנגנון הפעולה]] :

אלוסטריה ב- GROEL - שינויי קונפורמציה בעקבות קישור
1. ל-GROEL במצב R יש אפיניות גדולה ל- ATP .
2. ATP נקשר לטבעת אחת של GROEL והקונפורמציה של הטבעת עוברת ממצב R למצב T.
3. במצב T יש אפיניות גדולה יותר לפוליפפטידים. נקשר לאזורים הידרופוביים של החלבונים הלא מקופלים (או שמקופלים לא טוב).
ה-GROES נקשר ל-GROEL ומכסה את החלל. מקבלים מבנה שדומה למבחנה עם מכסה (שהחלבון לכוד בפנים). הGroES מבודד את החלבון מהסביבה ונותן לו סביבה הידרופובית. בשלב זה הטבעת השניה לא קושרת בהעדר קונפורמציה מתאימה.
4. החלבון מתקפל בתוך החלל וה-ATP מתפרק ל-ADP+P ואז חוזרים למצב R . החלבון המקופל יוצא החוצה וכמו כן ה- GROES , לא לפני שהטבעת השניה מתחילה לקשור ATP וחוזר חלילה.

<scene name='Sand_box_groel/Adp_in_active_ring/2'>ADP IN GROEL RING</scene>

[[לסיכום:]]

• קיימת התאמה בין 2 הטבעות. קואופרטיביות שלילת : כשהאחת קשרה ATP השניה לא יכולה לקשור.
• הקישור לחלבון תלוי במצב הטבעת T/R
• בחלבון לא מקופל / לא מקופל היטב, האזורים ההידרופובים חשופים ועשויים להתקשר לטבעת GroEL במצב T. במצב Rהחלבון המקופל מתנתק.
• GroEL אינו מראה ספציפיות רבה – כלומר נקשר לחלבונים רבים, שונים זה מזה. המוטיב המשותף היחיד לכל החלבונים הוא היותם פרושים, ולכן צפויים להמצא אזורים הידרופוביים החשופים לתמיסה החיצונית. לכן, האנטראקציה של GroEL עם החלבונים היא בעיקר באמצעות אנטראקציות הידרופוביות לא ספציפיות.

Sand box groel

2011-03-03T19:11:17Z

Ronit Pais David:

==[[GROEL השפרון]]==
<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='left' caption='Insert caption here'/>
חלבון סוכך -שפרון -הוא חלבון המסייע למגוון רחב של חלבונים אחרים להתקפל למבנה מרחב (מבנה שניוני ומבנה שלישוני( תקין, כאשר הוא עצמו אינו חלק מהמבנה הסופי שלהם. השפרונים מאפשרים לחלבונים תנאים מתאימים לקיפול. לא מקובל להתייחס לחלבון סוכך כאל אנזים למרות שהוא זרז של פעולת קיפול החלבונים. חלבון סוכך מכונה גם חלבון לוויה או חלבון מלווה. ישנם סוגים שונים של שפרונים.
נתמקד בשפרון הנקרא
GROEL
<scene name='Sand_box_groel/Groel-groes/1'>GROEL-GROES COMPLEX</scene>

[[מדוע צריכים שפרונים?]]

1. לא כל החלבונים מתקפלים עצמאית
2. בתא יש ריכוז גבוהה של חלבונים שמפריע לקיפול ולא תמיד הרכב התמיסה בתא מתאים לכל חלבון .

[[מבנה החלבון]]

החלבון נוצר מ- 14 תת יחדות (מונומרים) מסודרות במבנה של 2 טבעות.
כל טבעת מורכבת מ- 7 מונומרים.
ה-GROEL יוצר חלל שהחלבון יכול להתקפל בו בתנאים אופטימלים.
יש חלבון נוסף המסייע הנקרא GROES הסוגר את החלל מהווה מעין מכסה ל"מבחנה".
כך בתוך החלל יכול ליצור את האינטראקציות האופטימליות מבלי שיעשה אינטראקציות עם מולקולות אחרות.

<scene name='Sand_box_groel/Groes/1'>GROES</scene>

<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='Sand_box_groel/Groel-groes/1'/>

[[מנגנון הפעולה]] :

אלוסטריה ב- GROEL - שינויי קונפורמציה בעקבות קישור
1. ל-GROEL במצב R יש אפיניות גדולה ל- ATP .
2. ATP נקשר לטבעת אחת של GROEL והקונפורמציה של הטבעת עוברת ממצב R למצב T.
3. במצב T יש אפיניות גדולה יותר לפוליפפטידים. נקשר לאזורים הידרופוביים של החלבונים הלא מקופלים (או שמקופלים לא טוב).
ה-GROES נקשר ל-GROEL ומכסה את החלל. מקבלים מבנה שדומה למבחנה עם מכסה (שהחלבון לכוד בפנים). הGroES מבודד את החלבון מהסביבה ונותן לו סביבה הידרופובית. בשלב זה הטבעת השניה לא קושרת בהעדר קונפורמציה מתאימה.
4. החלבון מתקפל בתוך החלל וה-ATP מתפרק ל-ADP+P ואז חוזרים למצב R . החלבון המקופל יוצא החוצה וכמו כן ה- GROES , לא לפני שהטבעת השניה מתחילה לקשור ATP וחוזר חלילה.

<scene name='Sand_box_groel/Adp_in_active_ring/2'>ADP IN GROEL RING</scene>

[[לסיכום:]]

• קיימת התאמה בין 2 הטבעות. קואופרטיביות שלילת : כשהאחת קשרה ATP השניה לא יכולה לקשור.
• הקישור לחלבון תלוי במצב הטבעת T/R
• בחלבון לא מקופל / לא מקופל היטב, האזורים ההידרופובים חשופים ועשויים להתקשר לטבעת GroEL במצב T. במצב Rהחלבון המקופל מתנתק.
• GroEL אינו מראה ספציפיות רבה – כלומר נקשר לחלבונים רבים, שונים זה מזה. המוטיב המשותף היחיד לכל החלבונים הוא היותם פרושים, ולכן צפויים להמצא אזורים הידרופוביים החשופים לתמיסה החיצונית. לכן, האנטראקציה של GroEL עם החלבונים היא בעיקר באמצעות אנטראקציות הידרופוביות לא ספציפיות.

Sand box groel

2011-03-03T19:07:47Z

Ronit Pais David:

==GROEL השפרון==
<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='left' caption='Insert caption here'/>
חלבון סוכך -שפרון -הוא חלבון המסייע למגוון רחב של חלבונים אחרים להתקפל למבנה מרחב (מבנה שניוני ומבנה שלישוני( תקין, כאשר הוא עצמו אינו חלק מהמבנה הסופי שלהם. השפרונים מאפשרים לחלבונים תנאים מתאימים לקיפול. לא מקובל להתייחס לחלבון סוכך כאל אנזים למרות שהוא זרז של פעולת קיפול החלבונים. חלבון סוכך מכונה גם חלבון לוויה או חלבון מלווה. ישנם סוגים שונים של שפרונים.
נתמקד בשפרון הנקרא
GROEL
<scene name='Sand_box_groel/Groel-groes/1'>GROEL-GROES COMPLEX</scene>

[[מדוע צריכים שפרונים?]]

1. לא כל החלבונים מתקפלים עצמאית
2. בתא יש ריכוז גבוהה של חלבונים שמפריע לקיפול ולא תמיד הרכב התמיסה בתא מתאים לכל חלבון .

[[מבנה החלבון]]

החלבון נוצר מ- 14 תת יחדות (מונומרים) מסודרות במבנה של 2 טבעות.
כל טבעת מורכבת מ- 7 מונומרים.
ה-GROEL יוצר חלל שהחלבון יכול להתקפל בו בתנאים אופטימלים.
יש חלבון נוסף המסייע הנקרא GROES הסוגר את החלל מהווה מעין מכסה ל"מבחנה".
כך בתוך החלל יכול ליצור את האינטראקציות האופטימליות מבלי שיעשה אינטראקציות עם מולקולות אחרות.

<scene name='Sand_box_groel/Groes/1'>GROES</scene>

<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='Sand_box_groel/Groel-groes/1'/>

[[מנגנון הפעולה]] :

אלוסטריה ב- GROEL - שינויי קונפורמציה בעקבות קישור
1. ל-GROEL במצב R יש אפיניות גדולה ל- ATP .
2. ATP נקשר לטבעת אחת של GROEL והקונפורמציה של הטבעת עוברת ממצב R למצב T.
3. במצב T יש אפיניות גדולה יותר לפוליפפטידים. נקשר לאזורים הידרופוביים של החלבונים הלא מקופלים (או שמקופלים לא טוב).
ה-GROES נקשר ל-GROEL ומכסה את החלל. מקבלים מבנה שדומה למבחנה עם מכסה (שהחלבון לכוד בפנים). הGroES מבודד את החלבון מהסביבה ונותן לו סביבה הידרופובית. בשלב זה הטבעת השניה לא קושרת בהעדר קונפורמציה מתאימה.
4. החלבון מתקפל בתוך החלל וה-ATP מתפרק ל-ADP+P ואז חוזרים למצב R . החלבון המקופל יוצא החוצה וכמו כן ה- GROES , לא לפני שהטבעת השניה מתחילה לקשור ATP וחוזר חלילה.

<scene name='Sand_box_groel/Adp_in_active_ring/2'>ADP IN GROEL RING</scene>

[[לסיכום:]]

• קיימת התאמה בין 2 הטבעות. קואופרטיביות שלילת : כשהאחת קשרה ATP השניה לא יכולה לקשור.
• הקישור לחלבון תלוי במצב הטבעת T/R
• בחלבון לא מקופל / לא מקופל היטב, האזורים ההידרופובים חשופים ועשויים להתקשר לטבעת GroEL במצב T. במצב Rהחלבון המקופל מתנתק.
• GroEL אינו מראה ספציפיות רבה – כלומר נקשר לחלבונים רבים, שונים זה מזה. המוטיב המשותף היחיד לכל החלבונים הוא היותם פרושים, ולכן צפויים להמצא אזורים הידרופוביים החשופים לתמיסה החיצונית. לכן, האנטראקציה של GroEL עם החלבונים היא בעיקר באמצעות אנטראקציות הידרופוביות לא ספציפיות.

Sand box groel

2011-03-03T19:04:44Z

Ronit Pais David:

==GROEL השפרון==
<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='left' caption='Insert caption here'/>
חלבון סוכך -שפרון -הוא חלבון המסייע למגוון רחב של חלבונים אחרים להתקפל למבנה מרחב (מבנה שניוני ומבנה שלישוני( תקין, כאשר הוא עצמו אינו חלק מהמבנה הסופי שלהם. השפרונים מאפשרים לחלבונים תנאים מתאימים לקיפול. לא מקובל להתייחס לחלבון סוכך כאל אנזים למרות שהוא זרז של פעולת קיפול החלבונים. חלבון סוכך מכונה גם חלבון לוויה או חלבון מלווה. ישנם סוגים שונים של שפרונים.
נתמקד בשפרון הנקרא
GROEL
<scene name='Sand_box_groel/Groel-groes/1'>GROEL-GROES COMPLEX</scene>

[[מדוע צריכים שפרונים?]]

1. לא כל החלבונים מתקפלים עצמאית
2. בתא יש ריכוז גבוהה של חלבונים שמפריע לקיפול ולא תמיד הרכב התמיסה בתא מתאים לכל חלבון .

[[מבנה החלבון]]

החלבון נוצר מ- 14 תת יחדות (מונומרים) מסודרות במבנה של 2 טבעות.
כל טבעת מורכבת מ- 7 מונומרים.
ה-GROEL יוצר חלל שהחלבון יכול להתקפל בו בתנאים אופטימלים.
יש חלבון נוסף המסייע הנקרא GROES הסוגר את החלל מהווה מעין מכסה ל"מבחנה".
כך בתוך החלל יכול ליצור את האינטראקציות האופטימליות מבלי שיעשה אינטראקציות עם מולקולות אחרות.
<scene name='Sand_box_groel/Groes/1'>GROES</scene>

<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='Sand_box_groel/Groel-groes/1'/>

[[מנגנון הפעולה]] :

אלוסטריה ב- GROEL - שינויי קונפורמציה בעקבות קישור
1. ל-GROEL במצב R יש אפיניות גדולה ל- ATP .
2. ATP נקשר לטבעת אחת של GROEL והקונפורמציה של הטבעת עוברת ממצב R למצב T.
3. במצב T יש אפיניות גדולה יותר לפוליפפטידים. נקשר לאזורים הידרופוביים של החלבונים הלא מקופלים (או שמקופלים לא טוב).
ה-GROES נקשר ל-GROEL ומכסה את החלל. מקבלים מבנה שדומה למבחנה עם מכסה (שהחלבון לכוד בפנים). הGroES מבודד את החלבון מהסביבה ונותן לו סביבה הידרופובית. בשלב זה הטבעת השניה לא קושרת בהעדר קונפורמציה מתאימה.
4. החלבון מתקפל בתוך החלל וה-ATP מתפרק ל-ADP+P ואז חוזרים למצב R . החלבון המקופל יוצא החוצה וכמו כן ה- GROES , לא לפני שהטבעת השניה מתחילה לקשור ATP וחוזר חלילה.

<scene name='Sand_box_groel/Adp_in_active_ring/2'>ADP IN GROEL RING</scene>

[[לסיכום:]]

• קיימת התאמה בין 2 הטבעות. קואופרטיביות שלילת : כשהאחת קשרה ATP השניה לא יכולה לקשור.
• הקישור לחלבון תלוי במצב הטבעת T/R
• בחלבון לא מקופל / לא מקופל היטב, האזורים ההידרופובים חשופים ועשויים להתקשר לטבעת GroEL במצב T. במצב Rהחלבון המקופל מתנתק.
• GroEL אינו מראה ספציפיות רבה – כלומר נקשר לחלבונים רבים, שונים זה מזה. המוטיב המשותף היחיד לכל החלבונים הוא היותם פרושים, ולכן צפויים להמצא אזורים הידרופוביים החשופים לתמיסה החיצונית. לכן, האנטראקציה של GroEL עם החלבונים היא בעיקר באמצעות אנטראקציות הידרופוביות לא ספציפיות.

Sand box groel

2011-03-03T19:03:22Z

Ronit Pais David:

==GROEL השפרון==
<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='left' caption='Insert caption here'/>
חלבון סוכך -שפרון -הוא חלבון המסייע למגוון רחב של חלבונים אחרים להתקפל למבנה מרחב (מבנה שניוני ומבנה שלישוני( תקין, כאשר הוא עצמו אינו חלק מהמבנה הסופי שלהם. השפרונים מאפשרים לחלבונים תנאים מתאימים לקיפול. לא מקובל להתייחס לחלבון סוכך כאל אנזים למרות שהוא זרז של פעולת קיפול החלבונים. חלבון סוכך מכונה גם חלבון לוויה או חלבון מלווה. ישנם סוגים שונים של שפרונים.
נתמקד בשפרון הנקרא
GROEL
<scene name='Sand_box_groel/Groel-groes/1'>GROEL-GROES COMPLEX</scene>

[[מדוע צריכים שפרונים?]]

1. לא כל החלבונים מתקפלים עצמאית
2. בתא יש ריכוז גבוהה של חלבונים שמפריע לקיפול ולא תמיד הרכב התמיסה בתא מתאים לכל חלבון .

[[מבנה החלבון]]

החלבון נוצר מ- 14 תת יחדות (מונומרים) מסודרות במבנה של 2 טבעות.
כל טבעת מורכבת מ- 7 מונומרים.
ה-GROEL יוצר חלל שהחלבון יכול להתקפל בו בתנאים אופטימלים.
יש חלבון נוסף המסייע הנקרא GROES הסוגר את החלל מהווה מעין מכסה ל"מבחנה".
כך בתוך החלל יכול ליצור את האינטראקציות האופטימליות מבלי שיעשה אינטראקציות עם מולקולות אחרות.
<scene name='Sand_box_groel/Groes/1'>GROES</scene>

<Structure load='1AON' size='400' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='Sand_box_groel/Groel-groes/1'/>

[[מנגנון הפעולה]] :

אלוסטריה ב- GROEL - שינויי קונפורמציה בעקבות קישור
1. ל-GROEL במצב R יש אפיניות גדולה ל- ATP .
2. ATP נקשר לטבעת אחת של GROEL והקונפורמציה של הטבעת עוברת ממצב R למצב T.
3. במצב T יש אפיניות גדולה יותר לפוליפפטידים. נקשר לאזורים הידרופוביים של החלבונים הלא מקופלים (או שמקופלים לא טוב).
ה-GROES נקשר ל-GROEL ומכסה את החלל. מקבלים מבנה שדומה למבחנה עם מכסה (שהחלבון לכוד בפנים). הGroES מבודד את החלבון מהסביבה ונותן לו סביבה הידרופובית. בשלב זה הטבעת השניה לא קושרת בהעדר קונפורמציה מתאימה.
4. החלבון מתקפל בתוך החלל וה-ATP מתפרק ל-ADP+P ואז חוזרים למצב R . החלבון המקופל יוצא החוצה וכמו כן ה- GROES , לא לפני שהטבעת השניה מתחילה לקשור ATP וחוזר חלילה.

<scene name='Sand_box_groel/Adp_in_active_ring/2'>ADP IN GROEL RING</scene>

[[לסיכום:]]
• קיימת התאמה בין 2 הטבעות. קואופרטיביות שלילת : כשהאחת קשרה ATP השניה לא יכולה לקשור.
• הקישור לחלבון תלוי במצב הטבעת T/R
• בחלבון לא מקופל / לא מקופל היטב, האזורים ההידרופובים חשופים ועשויים להתקשר לטבעת GroEL במצב T. במצב Rהחלבון המקופל מתנתק.
• GroEL אינו מראה ספציפיות רבה – כלומר נקשר לחלבונים רבים, שונים זה מזה. המוטיב המשותף היחיד לכל החלבונים הוא היותם פרושים, ולכן צפויים להמצא אזורים הידרופוביים החשופים לתמיסה החיצונית. לכן, האנטראקציה של GroEL עם החלבונים היא בעיקר באמצעות אנטראקציות הידרופוביות לא ספציפיות.

Sand box groel

2011-03-01T10:30:44Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T10:29:39Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T10:26:56Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T10:26:30Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T10:25:34Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T10:24:04Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T09:38:52Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T09:37:33Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T09:17:32Z

Ronit Pais David:

<Structure load='1AON' size='500' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='שפרון GROEL' />==GROEL השפרון==
חלבון סוכך -שפרון -הוא חלבון המסייע למגוון רחב של חלבונים אחרים להתקפל למבנה מרחב (מבנה שניוני ומבנה שלישוני( תקין, כאשר הוא עצמו אינו חלק מהמבנה הסופי שלהם. השפרונים מאפשרים לחלבונים תנאים מתאימים לקיפול. לא מקובל להתייחס לחלבון סוכך כאל אנזים למרות שהוא זרז של פעולת קיפול החלבונים. חלבון סוכך מכונה גם חלבון לוויה או חלבון מלווה. ישנם סוגים שונים של שפרונים.
נתמקד בשפרון הנקרא
GROEL
<scene name='Sand_box_groel/Groel-groes/1'>TextToBeDisplayed</scene>

מדוע צריכים שפרונים?

1. לא כל החלבונים מתקפלים עצמאית
2. בתא יש ריכוז גבוהה של חלבונים שמפריע לקיפול ולא תמיד הרכב התמיסה בתא מתאים לכל חלבון .

מבנה השפירון GROEL:
החלבון נוצר מ- 14 תת יחדות (מונומרים), 2 טבעות שכל טבעת מורכבת מ- 7 מונומרים.
ה-GROEL יוצר חלל שהחלבון יכול להתקפל בו בתנאים אופטימלים.
יש חלבון נוסף המסייע הנקרא GROES הסוגר את החלל ואז בתוך החלל יכול ליצור את האינטראקציות האופטימליות מבלי שיעשה אינטראקציות עם מולקולות אחרות.
מנגנון הפעולה :
אלוסטריה ב- GROEL - שינויי קונפורמציה בעקבות קישור
1. ל-GROEL במצב R יש אפיניות גדולה ל- ATP .
2. ATP נקשר לטבעת אחת של GROEL והקונפורמציה של הטבעת עוברת ממצב R למצב T.
3. במצב T יש אפיניות גדולה יותר לפוליפפטידים. נקשר לאזורים הידרופוביים של החלבונים הלא מקופלים (או שמקופלים לא טוב).
ה-GROES נקשר ל-GROEL ומכסה את החלל. מקבלים מבנה שדומה למבחנה עם מכסה (שהחלבון לכוד בפנים). הGroES מבודד את החלבון מהסביבה ונותן לו סביבה הידרופובית. בשלב זה הטבעת השניה לא קושרת בהעדר קונפורמציה מתאימה.
4. החלבון מתקפל בתוך החלל וה-ATP מתפרק ל-ADP+P ואז חוזרים למצב R . החלבון המקופל יוצא החוצה וכמו כן ה- GROES , לא לפני שהטבעת השניה מתחילה לקשור ATP וחוזר חלילה.

לסיכום:
• קיימת התאמה בין 2 הטבעות. קואופרטיביות שלילת : כשהאחת קשרה ATP השניה לא יכולה לקשור.
• הקישור לחלבון תלוי במצב הטבעת T/R
• בחלבון לא מקופל / לא מקופל היטב, האזורים ההידרופובים חשופים ועשויים להתקשר לטבעת GroEL במצב T. במצב Rהחלבון המקופל מתנתק.
• GroEL אינו מראה ספציפיות רבה – כלומר נקשר לחלבונים רבים, שונים זה מזה. המוטיב המשותף היחיד לכל החלבונים הוא היותם פרושים, ולכן צפויים להמצא אזורים הידרופוביים החשופים לתמיסה החיצונית. לכן, האנטראקציה של GroEL עם החלבונים היא בעיקר באמצעות אנטראקציות הידרופוביות לא ספציפיות.

Sand box groel

2011-03-01T09:14:28Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T08:57:33Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T08:57:06Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T08:55:55Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T08:48:34Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T08:48:05Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T08:47:03Z

Ronit Pais David:

Sand box groel

2011-03-01T08:40:06Z

Ronit Pais David:

<Structure load='1AON' size='500' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='שפרון GROEL' />==GROEL השפרון==
השפרון GROEL
חלבון סוכך (שפרון, Chaperone (הוא חלבון המסייע למגוון רחב של חלבונים אחרים להתקפל למבנה מרחב (מבנה שניוני ומבנה שלישוני( תקין, כאשר הוא עצמו אינו חלק מהמבנה הסופי שלהם. השפרונים מאפשרים לחלבונים תנאים מתאימים לקיפול. לא מקובל להתייחס לחלבון סוכך כאל אנזים למרות שהוא זרז של פעולת קיפול החלבונים. חלבון סוכך מכונה גם חלבון לוויה או חלבון מלווה. ישנם סוגים שונים של שפרונים. נתמקד בשפרון הנקרא GROEL
מדוע צריכים שפרונים?
1. לא כל החלבונים מתקפלים עצמאית
2. בתא יש ריכוז גבוהה של חלבונים שמפריע לקיפול ולא תמיד הרכב התמיסה בתא מתאים לכל חלבון .
מבנה השפירון GROEL:
החלבון נוצר מ- 14 תת יחדות (מונומרים), 2 טבעות שכל טבעת מורכבת מ- 7 מונומרים.
ה-GROEL יוצר חלל שהחלבון יכול להתקפל בו בתנאים אופטימלים.
יש חלבון נוסף המסייע הנקרא GROES הסוגר את החלל ואז בתוך החלל יכול ליצור את האינטראקציות האופטימליות מבלי שיעשה אינטראקציות עם מולקולות אחרות.
מנגנון הפעולה :
אלוסטריה ב- GROEL - שינויי קונפורמציה בעקבות קישור
1. ל-GROEL במצב R יש אפיניות גדולה ל- ATP .
2. ATP נקשר לטבעת אחת של GROEL והקונפורמציה של הטבעת עוברת ממצב R למצב T.
3. במצב T יש אפיניות גדולה יותר לפוליפפטידים. נקשר לאזורים הידרופוביים של החלבונים הלא מקופלים (או שמקופלים לא טוב).
ה-GROES נקשר ל-GROEL ומכסה את החלל. מקבלים מבנה שדומה למבחנה עם מכסה (שהחלבון לכוד בפנים). הGroES מבודד את החלבון מהסביבה ונותן לו סביבה הידרופובית. בשלב זה הטבעת השניה לא קושרת בהעדר קונפורמציה מתאימה.
4. החלבון מתקפל בתוך החלל וה-ATP מתפרק ל-ADP+P ואז חוזרים למצב R . החלבון המקופל יוצא החוצה וכמו כן ה- GROES , לא לפני שהטבעת השניה מתחילה לקשור ATP וחוזר חלילה.

לסיכום:
• קיימת התאמה בין 2 הטבעות. קואופרטיביות שלילת : כשהאחת קשרה ATP השניה לא יכולה לקשור.
• הקישור לחלבון תלוי במצב הטבעת T/R
• בחלבון לא מקופל / לא מקופל היטב, האזורים ההידרופובים חשופים ועשויים להתקשר לטבעת GroEL במצב T. במצב Rהחלבון המקופל מתנתק.
• GroEL אינו מראה ספציפיות רבה – כלומר נקשר לחלבונים רבים, שונים זה מזה. המוטיב המשותף היחיד לכל החלבונים הוא היותם פרושים, ולכן צפויים להמצא אזורים הידרופוביים החשופים לתמיסה החיצונית. לכן, האנטראקציה של GroEL עם החלבונים היא בעיקר באמצעות אנטראקציות הידרופוביות לא ספציפיות.

Sand box groel

2011-03-01T08:35:47Z

Ronit Pais David:

<Structure load='1AON' size='500' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='שפרון GROEL' />==שפרון GROEL==
This is a placeholder text to help you get started in
placing a Jmol applet on your page. At any time, click
"Show Preview" at the bottom of this page to see how it goes.

Replace the PDB id (use lowercase!) after the STRUCTURE_ and after PDB= to load
and display another structure.

{{STRUCTURE_3cin | PDB=3cin | SCENE= }}

Sand box groel

2011-03-01T08:34:11Z

Ronit Pais David:

<Structure load='1AON' size='500' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='שפרון GROEL' />==This is a placeholder==
This is a placeholder text to help you get started in
placing a Jmol applet on your page. At any time, click
"Show Preview" at the bottom of this page to see how it goes.

Replace the PDB id (use lowercase!) after the STRUCTURE_ and after PDB= to load
and display another structure.

{{STRUCTURE_3cin | PDB=3cin | SCENE= }}

Sand box groel

2011-03-01T08:25:37Z

Ronit Pais David: New page: <Structure load='1AON' size='500' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='Insert optional scene name here' />==This is a placeholder== This is a placeholder text to...

<Structure load='1AON' size='500' frame='true' align='right' caption='Insert caption here' scene='Insert optional scene name here' />==This is a placeholder==
This is a placeholder text to help you get started in
placing a Jmol applet on your page. At any time, click
"Show Preview" at the bottom of this page to see how it goes.

Replace the PDB id (use lowercase!) after the STRUCTURE_ and after PDB= to load
and display another structure.

{{STRUCTURE_3cin | PDB=3cin | SCENE= }}