Proteopedia - User contributions [en]

User:Urs Leisinger/Seite001

2013-11-07T00:25:26Z

Urs Leisinger:

==1. Wasserstoffbrücken in organischen Molekülen==
Lange Zeit war es nur über komplizierte indirekte Schlüsse möglich, sich ein Bild vom Arrangement der Atome in Molekülen zu machen. Viele Naturwissenschaftler bezweifelten denn auch, dass es Atome und Moleküle in der Realität wirklich gebe.
Zu Beginn des 20. Jahrhunderts lernte man, wie man sich mit Hilfe von Röntgenstrahlen ein Bild von der Anordnung der Atome in Kristallen machen konnte ([http://de.wikipedia.org/wiki/R%C3%B6ntgenstrukturanalyse Kristallstrukturanalyse]). Dadurch wurde es u.a. möglich, die Auswirkungen der zwischenmolekularen Wechselwirkungen in solchen Kristallen zu studieren.

----
===Maleinsäure===
<StructureSection load='MaleinSaure.pdb' size='300' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='55/559112/Maleinsaureseitlich/1'>

Als erstes, einfaches Beispiel soll [http://de.wikipedia.org/wiki/Maleins%C3%A4ure Maleinsäure] untersucht werden. Maleinsäuremoleküle kristallisieren in flachen Schichten. Durch anklicken der grünen Links kann wahlweise nur <scene name='56/566525/Maleinsaureeineebene/2'>eine Kristallebene</scene>, oder dann wieder der <scene name='56/566525/Maleinsaureseitlich/1'>ganze Ausschnitt des Kristalls </scene> angezeigt werden.
Mit der Maus lässt sich die Abbildung bearbeiten:
* Molekül drehen: linke Maustaste anklicken
* Zoom: scroll wheel = Rädchen in der Mitte der Maus oder shift+linke Maustaste
* Verschieben: ctrl + rechte Maustaste
Probiere auch die Buttons unter der Abbildung aus.

Suche nun Wasserstoffbrücken in diesem Kristall. Markiere dabei jede gefundene Brücke mit dem Distanzmessungs-Tool:
* Distanzen messen: Erstes Atom doppelklicken, zweites Atom doppelklicken
# Gibt es von einer Molekülebene zur nächsten Wasserstoffbrücken?
# Wie viele verschiedenartige Wasserstoffbrücken gibt es innerhalb einer Molekülebene?
# Welche Wechselwirkungen halten einen Maleinsäurekristall zusammen?
</StructureSection>

===2. Harnstoff===
<StructureSection load='Harnstoff_SuS_Gross.pdb‎‎' size='300' frame='true' align='right' caption='Harnstoff-Kristall'>
# Welche Bindungswinkel würde man am N-Atom erwarten und welche treten tatsächlich auf?
* Winkel messen: erstes Atom doppelklicken, zweites Atom einfach anklicken, drittes Atom doppelklicken.
# Liegen die H-Atome genau in derselben Ebene wie die C-, N- und O-Atome?
* Torsionswinkel (Diederwinkel) messen: erstes Atom doppelklicken, zweites und drittes Atom einfach anklicken, viertes Atom doppelklicken.

<jmol>
jmolRadio( "select all", "", false );
</script>
) containing sample scripts (right column). These evoke particular
renderings of the molecules displayed in the left frame. If you are
new to Jmol scripting, it is suggested that you spend time going through
the exhibit in its entirety, reading the scripts to see how they can
be employed in your own web pages.
<a href="#top" target="_self">return
to beginning of the exhibit</a> <a href="#intro" target="_self"><a name="II" id="II"></a></a>
</jmol>
</StructureSection>
<StructureSection load='Harnstoff_SuS_Gross.pdb‎‎' size='300' frame='true' align='right' caption='Harnstoff-Kristall'>
</StructureSection>

User:Urs Leisinger/Seite001

2013-11-04T22:09:15Z

Urs Leisinger:

==1. Wasserstoffbrücken in organischen Molekülen==
Lange Zeit war es nur über komplizierte indirekte Schlüsse möglich, sich ein Bild vom Arrangement der Atome in Molekülen zu machen. Viele Naturwissenschaftler bezweifelten denn auch, dass es Atome und Moleküle in der Realität wirklich gebe.
Zu Beginn des 20. Jahrhunderts lernte man, wie man sich mit Hilfe von Röntgenstrahlen ein Bild von der Anordnung der Atome in Kristallen machen konnte ([http://de.wikipedia.org/wiki/R%C3%B6ntgenstrukturanalyse Kristallstrukturanalyse]). Dadurch wurde es u.a. möglich, die Auswirkungen der zwischenmolekularen Wechselwirkungen in solchen Kristallen zu studieren.

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===Maleinsäure===
<StructureSection load='MaleinSaure.pdb' size='300' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='55/559112/Maleinsaureseitlich/1'>

Als erstes, einfaches Beispiel soll [http://de.wikipedia.org/wiki/Maleins%C3%A4ure Maleinsäure] untersucht werden. Maleinsäuremoleküle kristallisieren in flachen Schichten. Durch anklicken der grünen Links kann wahlweise nur <scene name='56/566525/Maleinsaureeineebene/2'>eine Kristallebene</scene>, oder dann wieder der <scene name='56/566525/Maleinsaureseitlich/1'>ganze Ausschnitt des Kristalls </scene> angezeigt werden.
Mit der Maus lässt sich die Abbildung bearbeiten:
* Molekül drehen: linke Maustaste anklicken
* Zoom: scroll wheel = Rädchen in der Mitte der Maus oder shift+linke Maustaste
* Verschieben: ctrl + rechte Maustaste
Probiere auch die Buttons unter der Abbildung aus.

Suche nun Wasserstoffbrücken in diesem Kristall. Markiere dabei jede gefundene Brücke mit dem Distanzmessungs-Tool:
* Distanzen messen: Erstes Atom doppelklicken, zweites Atom doppelklicken
# Gibt es von einer Molekülebene zur nächsten Wasserstoffbrücken?
# Wie viele verschiedenartige Wasserstoffbrücken gibt es innerhalb einer Molekülebene?
# Welche Wechselwirkungen halten einen Maleinsäurekristall zusammen?
</StructureSection>

===2. Harnstoff===
<StructureSection load='Harnstoff_SuS_Gross.pdb‎‎' size='300' frame='true' align='right' caption='Harnstoff-Kristall'>
# Welche Bindungswinkel würde man am N-Atom erwarten und welche treten tatsächlich auf?
* Winkel messen: erstes Atom doppelklicken, zweites Atom einfach anklicken, drittes Atom doppelklicken.
# Liegen die H-Atome genau in derselben Ebene wie die C-, N- und O-Atome?
* Torsionswinkel (Diederwinkel) messen: erstes Atom doppelklicken, zweites und drittes Atom einfach anklicken, viertes Atom doppelklicken.
</StructureSection>

<StructureSection load='Harnstoff_SuS_Gross.pdb‎‎' size='300' frame='true' align='right' caption='Harnstoff-Kristall'>
</StructureSection>

File:Harnstoff SuS Gross.pdb

2013-11-04T22:03:07Z

Urs Leisinger:

File:TRNA mod.pdb

2013-11-03T19:32:18Z

Urs Leisinger:

File:Trna ohneEinMg.pdb

2013-11-03T19:31:58Z

Urs Leisinger:

File:DNA A bio28.pdb

2013-11-03T16:02:25Z

Urs Leisinger:

File:ATP incl H.pdb

2013-11-03T16:02:08Z

Urs Leisinger:

File:2HY9.pdb

2013-11-01T13:43:46Z

Urs Leisinger:

File:Trna.pdb

2013-11-01T13:35:34Z

Urs Leisinger:

File:B DNA .pdb

2013-10-31T13:20:26Z

Urs Leisinger:

User:Urs Leisinger/Seite001

2013-10-30T09:31:22Z

Urs Leisinger:

==1. Wasserstoffbrücken in organischen Molekülen==
Lange Zeit war es nur über komplizierte indirekte Schlüsse möglich, sich ein Bild vom Arrangement der Atome in Molekülen zu machen. Viele Naturwissenschaftler bezweifelten denn auch, dass es Atome und Moleküle in der Realität wirklich gebe.
Zu Beginn des 20. Jahrhunderts lernte man, wie man sich mit Hilfe von Röntgenstrahlen ein Bild von der Anordnung der Atome in Kristallen machen konnte ([http://de.wikipedia.org/wiki/R%C3%B6ntgenstrukturanalyse Kristallstrukturanalyse]). Dadurch wurde es u.a. möglich, die Auswirkungen der zwischenmolekularen Wechselwirkungen in solchen Kristallen zu studieren.

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===Maleinsäure===
<StructureSection load='MaleinSaure.pdb' size='300' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='55/559112/Maleinsaureseitlich/1'>

Als erstes, einfaches Beispiel soll [http://de.wikipedia.org/wiki/Maleins%C3%A4ure Maleinsäure] untersucht werden. Maleinsäuremoleküle kristallisieren in flachen Schichten. Durch anklicken der grünen Links kann wahlweise nur <scene name='56/566525/Maleinsaureeineebene/2'>eine Kristallebene</scene>, oder dann wieder der <scene name='56/566525/Maleinsaureseitlich/1'>ganze Ausschnitt des Kristalls </scene> angezeigt werden.
Mit der Maus lässt sich die Abbildung bearbeiten:
* Molekül drehen: linke Maustaste anklicken
* Zoom: scroll wheel = Rädchen in der Mitte der Maus oder shift+linke Maustaste
* Verschieben: ctrl + rechte Maustaste
Probiere auch die Buttons unter der Abbildung aus.

Suche nun Wasserstoffbrücken in diesem Kristall. Markiere dabei jede gefundene Brücke mit dem Distanzmessungs-Tool:
* Distanzen messen: Erstes Atom doppelklicken, zweites Atom doppelklicken
# Gibt es von einer Molekülebene zur nächsten Wasserstoffbrücken?
# Wie viele verschiedenartige Wasserstoffbrücken gibt es innerhalb einer Molekülebene?
# Welche Wechselwirkungen halten einen Maleinsäurekristall zusammen?
</StructureSection>

===2. Harnstoff===

<StructureSection load='MaleinSaure.pdb' size='300' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='55/559112/Maleinsaureseitlich/1'>
# Welche Bindungswinkel würde man am N-Atom erwarten und welche treten tatsächlich auf?
* Winkel messen: erstes Atom doppelklicken, zweites Atom einfach anklicken, drittes Atom doppelklicken.
# Liegen die H-Atome genau in derselben Ebene wie die C-, N- und O-Atome?
* Torsionswinkel (Diederwinkel) messen: erstes Atom doppelklicken, zweites und drittes Atom einfach anklicken, viertes Atom doppelklicken.
</StructureSection>

User:Urs Leisinger/Seite001

2013-10-30T09:30:39Z

Urs Leisinger:

==1. Wasserstoffbrücken in organischen Molekülen==
Lange Zeit war es nur über komplizierte indirekte Schlüsse möglich, sich ein Bild vom Arrangement der Atome in Molekülen zu machen. Viele Naturwissenschaftler bezweifelten denn auch, dass es Atome und Moleküle in der Realität wirklich gebe.
Zu Beginn des 20. Jahrhunderts lernte man, wie man sich mit Hilfe von Röntgenstrahlen ein Bild von der Anordnung der Atome in Kristallen machen konnte ([http://de.wikipedia.org/wiki/R%C3%B6ntgenstrukturanalyse Kristallstrukturanalyse]). Dadurch wurde es u.a. möglich, die Auswirkungen der zwischenmolekularen Wechselwirkungen in solchen Kristallen zu studieren.

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===Maleinsäure===
<StructureSection load='MaleinSaure.pdb' size='300' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='55/559112/Maleinsaureseitlich/1'>

Als erstes, einfaches Beispiel soll [http://de.wikipedia.org/wiki/Maleins%C3%A4ure Maleinsäure] untersucht werden. Maleinsäuremoleküle kristallisieren in flachen Schichten. Durch anklicken der grünen Links kann wahlweise nur <scene name='56/566525/Maleinsaureeineebene/2'>eine Kristallebene</scene>, oder dann wieder der <scene name='56/566525/Maleinsaureseitlich/1'>ganze Ausschnitt des Kristalls </scene> angezeigt werden.
Mit der Maus lässt sich die Abbildung bearbeiten:
* Molekül drehen: linke Maustaste anklicken
* Zoom: scroll wheel = Rädchen in der Mitte der Maus oder shift+linke Maustaste
* Verschieben: ctrl + rechte Maustaste
Probiere auch die Buttons unter der Abbildung aus.

Suche nun Wasserstoffbrücken in diesem Kristall. Markiere dabei jede gefundene Brücke mit dem Distanzmessungs-Tool:
* Distanzen messen: Erstes Atom doppelklicken, zweites Atom doppelklicken
# Gibt es von einer Molekülebene zur nächsten Wasserstoffbrücken?
# Wie viele verschiedenartige Wasserstoffbrücken gibt es innerhalb einer Molekülebene?
# Welche Wechselwirkungen halten einen Maleinsäurekristall zusammen?
</StructureSection>

===2. Harnstoff===

<StructureSection load='MaleinSaure.pdb' size='300' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='55/559112/Maleinsaureseitlich/1'>
# Welche Bindungswinkel würde man am N-Atom erwarten und welche treten tatsächlich auf?
* Winkel messen: erstes Atom doppelklicken, zweites Atom einfach anklicken, drittes Atom doppelklicken.
# Liegen die H-Atome genau in derselben Ebene wie die C-, N- und O-Atome?
Werkzeuge zur Messung von Winkeln und Torsionswinkeln (Diederwinkeln):
* Torsionswinkel (Diederwinkel) messen: erstes Atom doppelklicken, zweites und drittes Atom einfach anklicken, viertes Atom doppelklicken.
</StructureSection>

User:Urs Leisinger/Seite001

2013-10-30T09:19:52Z

Urs Leisinger:

User:Urs Leisinger/Seite001

2013-10-30T09:17:44Z

Urs Leisinger:

User:Urs Leisinger/Seite001

2013-10-30T08:52:55Z

Urs Leisinger:

==Wasserstoffbrücken in organischen Molekülen==
Lange Zeit war es nur über komplizierte indirekte Schlüsse möglich, sich ein Bild vom Arrangement der Atome in Molekülen zu machen. Viele Naturwissenschaftler bezweifelten denn auch, dass es Atome und Moleküle in der Realität wirklich gebe.
Zu Beginn des 20. Jahrhunderts lernte man, wie man sich mit Hilfe von Röntgenstrahlen ein Bild von der Anordnung der Atome in Kristallen machen konnte. Das Verfahren heisst Röntgen-Kristallstrukturanalyse. Dadurch wurde es u.a. möglich, die Auswirkungen der zwischenmolekularen Wechselwirkungen in solchen Kristallen zu studieren.

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===Untersuchung eines Maleinsäure-Kristalls===

<StructureSection load='MaleinSaure.pdb' size='300' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='55/559112/Maleinsaureseitlich/1'>

<scene name='56/566525/Maleinsaureeineebene/2'>Eine Kristallebene</scene>

Ursprüngliche <scene name='56/566525/Maleinsaureseitlich/1'>Ansicht</scene>
</StructureSection>

User:Urs Leisinger/Seite001

2013-10-28T22:46:35Z

Urs Leisinger: New page: ==Untersuchung eines Maleinsäure-Kristalls== <StructureSection load='MaleinSaure.pdb' size='300' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='55/559112/Maleinsaurese...

==Untersuchung eines Maleinsäure-Kristalls==

<StructureSection load='MaleinSaure.pdb' size='300' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='55/559112/Maleinsaureseitlich/1'>

<scene name='56/566525/Maleinsaureeineebene/2'>Eine Kristallebene</scene>

Ursprüngliche <scene name='56/566525/Maleinsaureseitlich/1'>Ansicht</scene>
</StructureSection>

Elizeu/sandbox/citocromo c

2013-10-28T22:24:04Z

Urs Leisinger:

== Sample Sandbox Pages ==
1) Green Fluorescent Protein (GFP) at [[Proteopedia.org/wiki/index.php/User:Joel L. Sussman/GFP Test Page]]

Elizeu/sandbox/citocromo c

2013-10-28T22:16:26Z

Urs Leisinger:

== Sample Sandbox Pages ==
1) Green Fluorescent Protein (GFP) at [[Proteopedia.org/wiki/index.php/User:Joel L. Sussman/GFP Test Page]]

==Untersuchung eines Maleinsäure-Kristalls==

<Structure load='MaleinSaure.pdb' size='300' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='55/559112/Maleinsaureseitlich/1' />

<scene name='55/559112/Maleinsaureeineebene/1'>Eine Ebene</scene>

Ursprüngliche <scene name='55/559112/Maleinsaureseitlich/1'>Ansicht</scene>.

Elizeu/sandbox/citocromo c

2013-10-28T22:12:13Z

Urs Leisinger:

== Sample Sandbox Pages ==
1) Green Fluorescent Protein (GFP) at [[Proteopedia.org/wiki/index.php/User:Joel L. Sussman/GFP Test Page]]

==Untersuchung eines Maleinsäure-Kristalls==

<Structure load='MaleinSaure.pdb' size='300' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='55/559112/Maleinsaureseitlich/1' />

<scene name='55/559112/MaleinsaureEineEbene/1'>Ursprüngliche Ansicht</scene>

<scene name='55/559112/Maleinsaureseitlich/1'>Ursprüngliche Ansicht</scene>

Elizeu/sandbox/citocromo c

2013-10-28T22:02:02Z

Urs Leisinger:

Elizeu/sandbox/citocromo c

2013-10-28T21:40:17Z

Urs Leisinger:

Elizeu/sandbox/citocromo c

2013-10-28T21:39:43Z

Urs Leisinger:

Elizeu/sandbox/citocromo c

2013-10-28T21:36:28Z

Urs Leisinger:

== Sample Sandbox Pages ==
1) Green Fluorescent Protein (GFP) at [[Proteopedia.org/wiki/index.php/User:Joel L. Sussman/GFP Test Page]]

<Structure load='MaleinSaure.pdb' size='500' frame='true' align='right' caption='Maleinsäure-Kristall' scene='Insert optional scene name here' />

File:MaleinSaure.pdb

2013-10-28T21:08:38Z

Urs Leisinger: