Sandbox- duaa2

= קולגן- מבנה ותפקיד (Collagen- structure and function) =

spinqualitylabelsall models קולגן Show:Asymmetric Unit Biological Assembly Drag the structure with the mouse to rotate   Export Animated Image   Print3D קולגן, מהו ואיפה הוא נמצא הוא חלבון מבני המצוי בכמות גדולה בגוף ומהווה יותר מאשר 1/3 מסך כל החלבונים בגוף וכ6% ממסת הגוף. לשם בנייתו של הקולגן הגוף זקוק לכמות מספקת של ויטמין c . קולגן משמש במערכת בניית הגוף ,הוא אחראי על התאחדות עצמות שנשברו, לריפוי פצעים ולצמיחת כלי דם חדשים. הוא מהווה את המרכיב העיקרי של הסיבים ברקמות חיבור, גידים, עור, עצמות, כלי דם, מעיים וסחוס באחוזים שונים.הקלוגן אינו גמיש אולם בעל חוזק מתיחה רב. בגידים שדורשים חוזק מכני נמצא כמות גדולה של קולגן ומעט אלסטין. לעומת זאת בעור נמצא כמות קטנה של קולגן וכמות גדולה של אלסטין. ישנם 26 סוגים שונים של קולגן. הסוגים השונים של הקולגן מאופיינים ע"י שוני ומורכבות ניכרת במבנה שלהם, נוכחות דומיינים לא-סליליים ובתפקודם.לדוגמא: מבנה קולגן שנמצא בריאות שונה ממבנה קולגן הנמצא בעצמות.לעומת זאת, סוג הקולגן הקיים בריאות זהה לסוג הקולגן הקיים בכבד. אנחנו נתמקד במבנה סוג אחד של קולגן, הידוע בשם 4clg לפי ה PDB Protein Data Bank מבנה הקולגן מבנה ראשוני של הקולגן קולגן מורכב בעיקר משתי חומצות אמיניות פרולין וגליצין והוא מאופיין עי רצף חוזר של (Gly-X-Y)n. בדרך כללX הוא פרולין, ו Yבדרך כלל 5- הידרוקסיפרולין( רצף זה חוזר על עצמו יותר מ300 פעם רצף חוזר של השיירים - Gly-Pro-Hyp. רואים בתמונה את הגליצין באדום, הפרולין בירוק ווהידרוקסיפרולין בצהוב. מבנה שניוני של הקולגן לקולגן יש מבנה שניוני left-handed helix אורך סיבוב אחד 10 אנגרוסרטום יש 3.3 3.3 שיירים בכל סיבוב. כל שרשרת מבין השלושה, היא שמאלית, בעת ששלושת השרשרות ביחד הן סליל ימני. בשונה מסליל רגיל שבו יש 3.6 שיירים בכל סיבוב , ואורך סיבוב אחד הוא 5.4 אנגסטרום, בקולגן יש דווקא פחות שיירים בכל סיבוב , ואורך הסיבוב גדול יותר מסליל רגיל. הדבר נובע מהימצאות הפרולין שמגביל את יכולת הפיתול של השרשרת, דבר שגורם לשרשרת להיות יותר מתוחה, או במלים מדוייקות יותר : פחות "מסולסלת" . מבנה רביעוני של הקולגן קולגן עשוי להיות מורכב משרשרת אחת, שתי שרשראות, שלוש, ארבע או חמש שרשראות שהן מקבילות מלופפות אחת סביב השנייה ליצור היליקס ימני. אנחנו נדגיש את השרשראת כשכל שרשרשת מופיעה בצבע אחר . TextToBeמבנה ממלא מרחב של השרשראות. שרשרות האלפא בקולגן מתכנסות סביב ציר מרכזי בדרך כזו שכל שיירי הגליצין ממוקמים במרכז ההילקס הבנוי משלושת השרשרות.לעומת זאת, קבוצות הצד של שאר חומצות האמינו פונות כלפי חוץ.ארגון זה מאפשר אריזה צפופה לאורך הציר המרכזי של המולקולה. נוכחות ההידרוקסיפרולין חיונית למען היווצרות אינטראקציות בין השרשרות, ותורמת ליציבות המבנה ההילקס. ניתן לראות בתמונה המצורפת מטה, את קשרי המימן הוצרים בין השרשרות: בין מימן חשוף מאלקטרונים בגליצין (מימן שקשור חלנקן) בשרשרת אחת, וזוג אלקטרונים לא קושר של החמצן בקרבוניל בפרולין בשרשרת שנייה N-H(Gly)...O=C(Pro) . תיאור קישרי המימן בין שלושת השרשרות שמרכיבות את הקולגן , גרף רמצ'נדראן מצורף פה גרף רמצ'נדראן של החלבון אשר מראה זוג הזויות הדהדרליות Phi, Psi. כל נקודה בגרף מייצגת מצב מסוים של זויות דהדרליות בקולגן גרף רמצ'נדראן ניתן לראות שקיימים שני סוגים של מבנים שניוניים לקולגן : משטחי ביתא וסלילי אלפא. ניתן לראות שמשטחי ביתא יש להם זוויות "מותרות" רבות יותר מאשר לסלילי אלפא. הדבר נובע מהימצאות הפרולין בתדירות גבוהה במבנה הקולגן, דבר שמגביל את אפשרויות הסיבוב של השרשרות . מצורפת תמונה של גרף רמצ'נדראן המתארת את כלל חומצות האמינו כפי שהן בצמוד לפרולין ברצף הראשוני של חלבונים שונים. ניתן לראות את הדמיון בין שני הגרפים המתוארים : נוכחות של פרולין מקטינה את מרחב הקונפורמציות של חומצות אמיניות שנמצאות לידה בשרשרת. נתונים 4 גרפים של רמצ'נדראן שמתארים את הקונפורמציות האפשריות לחומצות אמינו באופן כללי בחלבונים שונים, לגליצין, לפרולין, לחומצות אמינו לפני פרולין ברצף הראשוני בחלבונים שונים , קולגן וקוסמטיקה קולגן הוא מרכיב עיקרי בחלק מקרמי הלחות. קןלגן הוא קרם "אנטי אייג'ינג" המטשטש קמטים וממצק את העור. קולגן אינו יכול לחדור לעור מבחוץ.מזריקים אותו לעור כדי למלא קמטים, לעצב שפתיים ועוד. אבל מריחת קולגן בקרם לא יכולה לגרום לחדירתו לתוך העור, כיוון שהוא מולקולת ענק שפשוט אינה חודרת לעור. משתמשים בקולגן בקרם לחות כיוון שהוא גורם לחות טוב עם יכולת טובה להחזיק מים. הדבר נובע מיכולתו של החלבון הבנוי מחומצות אמינו ליצור קשרי מימן עם מולקולת המים. ניתן לקרוא מאמאר בנושא https://www.rnatural.co.il/articles/dry_skin.html מחקרים סביב הקולגן בשנת 2006 הצליחו המדענים לסנתז קולגן מלאכותי במעבדה - שדומה לקולגן האנושי. המדענים התקדמו צעד נוסף במסלול מחקר זה ויצרו סוג קולגן חזק במיוחד שיוכל בעתיד לסייע למיליוני אנשים. החוקר הראשי אומר כי קולגן מלאכותי טומן בתוכו הבטחה לשמש כטיפול במצבים רפואיים כגון דלקת פרקיים, הנגרמת בשל התפרקותו של הקולגן הטבעי בגוף האדם.מחלה המשפיעה על קרוב לחמישים מיליוני אמריקאים.למרות שהקולגן המלאכותי מורכב ברובו מחומצות אמינו שאינן קיימות בטבע, קריסטלוגרפיה בקרני-רנטגן מאששת כי המבנה התלת-מימדי של החלבון המלאכותי בלתי-נבדל מהמבנה של מקבילו הטבעי. רפרנסים https://www.proteopedia.org/wiki/index.php/Collagen https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A7%D7%95%D7%9C%D7%92%D7%9F https://www.rnatural.co.il/articles/dry_skin.html https://www.hayadan.org.il/uw-madison-scientists-create-super-strong-collagen-2001102/