Talk:Header of PDB file: Difference between revisions

From Proteopedia
Jump to navigationJump to search
Wayne Decatur (talk | contribs)
No edit summary
Wayne Decatur (talk | contribs)
recent issue moved to subpage archive
Line 1: Line 1:
== RESOLVED: first record line not always being first line beginning MODEL or ATOM ==
[Original discussion thread follows]


Currently the page says, "The header section is everything before the first record (line) beginning with MODEL or ATOM."<br>
However, this doesn't seem to hold in the case of `4dqo`.
The transition under discussion in 4dqo:
<pre>
CISPEP  3 TYR L  140    PRO L  141          0        1.32                   
CRYST1  81.054  207.561  87.617  90.00  90.00  90.00 C 2 2 21      8         
ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                       
ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                       
ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                       
SCALE1      0.012337  0.000000  0.000000        0.00000                       
SCALE2      0.000000  0.004818  0.000000        0.00000                       
SCALE3      0.000000  0.000000  0.011413        0.00000                       
HETATM    1  N  PCA H  1      44.170 -71.086  5.548  1.00 97.78          N 
ANISOU    1  N  PCA H  1    10580  13233  13340  2173  -2005  1071      N 
HETATM    2  CA  PCA H  1      44.225 -69.663  5.234  1.00 89.46          C 
ANISOU    2  CA  PCA H  1    9354  12326  12309  1894  -2018  1072      C 
HETATM    3  CB  PCA H  1      45.463 -69.346  4.405  1.00 98.69          C 
ANISOU    3  CB  PCA H  1    10039  13689  13769  1971  -1880  1197      C 
HETATM    4  CG  PCA H  1      45.903 -70.666  3.805  1.00107.40          C 
ANISOU    4  CG  PCA H  1    11077  14738  14994  2346  -1635  1206      C 
HETATM    5  CD  PCA H  1      45.177 -71.668  4.659  1.00109.20          C 
ANISOU    5  CD  PCA H  1    11683  14759  15048  2454  -1782  1160      C 
HETATM    6  OE  PCA H  1      45.443 -72.868  4.613  1.00118.27          O 
ANISOU    6  OE  PCA H  1    12892  15781  16265  2715  -1696  1171      O 
HETATM    7  C  PCA H  1      42.988 -69.278  4.442  1.00 75.35          C 
ANISOU    7  C  PCA H  1    7847  10483  10298  1784  -1737    854      C 
HETATM    8  O  PCA H  1      43.060 -68.512  3.484  1.00 74.93          O 
ANISOU    8  O  PCA H  1    7620  10553  10298  1710  -1543    836      O 
HETATM    9  HA  PCA H  1      44.257 -69.149  6.067  1.00107.35          H 
HETATM  10  HB2 PCA H  1      45.249 -68.686  3.713  1.00118.43          H 
HETATM  11  HB3 PCA H  1      46.170 -68.982  4.978  1.00118.43          H 
HETATM  12  HG2 PCA H  1      45.652 -70.726  2.859  1.00128.89          H 
HETATM  13  HG3 PCA H  1      46.872 -70.781  3.894  1.00128.89          H 
ATOM    14  N  GLU H  2      41.849 -69.824  4.855  1.00 66.07          N 
ANISOU  14  N  GLU H  2    7099  9123  8881  1769  -1722    709      N 
</pre>
Should there at least be a footnote that there are some other possibilities?<br>
Or add qualifier of `Typically,`? <br>
Or change to after the `CRYST1`/`ORIGX`/`SCALE` section?<br>
[[User:Wayne Decatur|Wayne Decatur]] 17:24, 23 January 2025 (UTC)
<strong>Resolved:</strong> After this was posted, the article was edited to include that `HETATM` can signal the start of coordinate record section.

Revision as of 21:00, 23 January 2025

Proteopedia Page Contributors and Editors (what is this?)

Wayne Decatur