Sandbox K: Difference between revisions

From Proteopedia
Jump to navigationJump to search
← Older editNewer edit →
Student (talk | contribs)
students
33,923 edits
No edit summary
Student (talk | contribs)
students
33,923 edits
No edit summary
Line 46: Line 46:
<Structure load='3tnu' size='400' frame='true' align='left' caption='Insert caption here' name='Coiledcoil' scene='Insert optional scene name here' />
<Structure load='3tnu' size='400' frame='true' align='left' caption='Insert caption here' name='Coiledcoil' scene='Insert optional scene name here' />


שאלה מרכזית אחת לגבי מבנה רביעוני של אלפא קרטינים היא איזה סוג של קשר מחזיק את סלילי הקרטין ביחד במבנה מלופף. אפשרות אחת היא ששני סיבי קרטין נקשרים זה לזה בקשרים אלקרוסטטיים בין קבוצות R של שיירים בעלי מטען.  
שאלה מרכזית אחת לגבי מבנה רביעוני של קרטינים היא איזה סוג של קשר מחזיק את סלילי הקרטין ביחד במבנה מלופף. אפשרות אחת היא ששני סיבי קרטין נקשרים זה לזה בקשרים אלקרוסטטיים בין קבוצות R של שיירים בעלי מטען.  


קודם כל נתבונן במיקומם של שיירים בעלי מטען שלילי (Asp, Glu) במבנה של קרטין ע"י הפעלת הקישור של  
קודם כל נתבונן במיקומם של שיירים בעלי מטען שלילי (Asp, Glu) במבנה של קרטין ע"י הפעלת הקישור של  
<scene name='Sandbox_K/Acidic-residues/1' target='Coiledcoil' >TextToBeDisplayed</scene>
<scene name='Sandbox_K/Acidic-residues/1' target='Coiledcoil' >שיירים חומציים</scene>.
ניתן לראות כי שיירים חומציים אלה פונים מחוץ לציר המרכזי של הסליל.


עוד לפני שפענוח מבנה גבישי של אלפא קרטינים, על בסיס מודלים של מבנה מלופף coiled coil , חוקרים נבאו כי במבנה מלופף סלילי אלפא נקשרים זו לזה בעזרת קשרים הידרופוביים בין שיירים אפולריים. במבנה של סליל אלפא ישנם 3.6 שיירים בכל סיבוב של סליל. בגלל מחזוריות זו, ישנו גם מחזוריות בנקודות מגע בין שני סלילים מלופפים. מחזוריות זו נראה במיקומם של שיירים אפולריים במקומות A ו-D במחזור שנקרא Heptad repeat של שבעה שיירים שמיוצגים באותיות ABCDEFG.
כעת נתבונן במיקומם של שיירים בעלי מטען חיובי  (Arg, Lys) במבנה של קרטין ע"י הפעלת הקישור של
<ref>PMID:22705788</ref>
<scene name='Sandbox_K/Basic-residues/1' target='Coiledcoil'>שיירים בסיסיים</scene>
גם כאן ניתן כי שיירים בסיסיים פונים מחוץ לציר המרכזי של הסליל.  
 
כלומר, שיירים בעלי מטען, חומציים או בסיסיים אינם ממלאים את המרחב בין שני סיבים להוות איזה גורם שאחראי לקישור בין הסיבים.
 
לעומת שיירים בעלי מטען אלה כעת נתבונן בשיירים הידרופוביים במבנה של קרטין ע"י הפעלת הקישור של  
<scene name='Sandbox_K/Hydrophobic-residues/1' target='Coiledcoil'>שיירים הידרופוביים</scene>
 
כאן ניתן לראות כי שיירים הידרופוביים ממלאים את המרחב בין שתי מולקולות של קרטין ואכן הם אחראיים לקשר בין שתי המולקולות.


קביעת מבנה גבישי של קטעי 2B של קרטין חשפה כי רוב הקשרים בין שני הסלילים שיוצרים את הדימר המלופף
(coiled coil)הם קשרים הידרופוביים.


==מקורות==
==מקורות==
Retrieved from "https://proteopedia.org/Sandbox_K"