Sandbox K: Difference between revisions
From Proteopedia
Jump to navigationJump to search
| Line 45: | Line 45: | ||
<Structure load='3tnu' size='400' frame='true' align='left' caption='Insert caption here' name='Coiledcoil' scene='Insert optional scene name here' /> | <Structure load='3tnu' size='400' frame='true' align='left' caption='Insert caption here' name='Coiledcoil' scene='Insert optional scene name here' /> | ||
שאלה מרכזית אחת לגבי מבנה רביעוני של קרטינים היא איזה סוג של קשר מחזיק את סלילי הקרטין ביחד במבנה מלופף. אפשרות אחת היא ששני סיבי קרטין נקשרים זה לזה בקשרים אלקרוסטטיים בין קבוצות R של שיירים בעלי מטען. | שאלה מרכזית אחת לגבי מבנה רביעוני של קרטינים היא איזה סוג של קשר מחזיק את סלילי הקרטין ביחד במבנה מלופף. אפשרות אחת היא ששני סיבי קרטין נקשרים זה לזה בקשרים אלקרוסטטיים בין קבוצות R של שיירים בעלי מטען. | ||
קודם כל נתבונן במיקומם של שיירים בעלי מטען שלילי (Asp, Glu) במבנה של קרטין ע"י הפעלת הקישור של | קודם כל נתבונן במיקומם של שיירים בעלי מטען שלילי (Asp, Glu) במבנה של קרטין ע"י הפעלת הקישור של | ||
<scene name='Sandbox_K/Acidic-residues/1' target='Coiledcoil'>שיירים חומציים</scene>. | <scene name='Sandbox_K/Acidic-residues/1' target='Coiledcoil' >שיירים חומציים</scene>. | ||
ניתן לראות כי שיירים חומציים אלה פונים מחוץ לציר המרכזי של הסליל. | ניתן לראות כי שיירים חומציים אלה פונים מחוץ לציר המרכזי של הסליל. | ||
| Line 62: | Line 61: | ||
כאן ניתן לראות כי שיירים הידרופוביים ממלאים את המרחב בין שתי מולקולות של קרטין ואכן הם אחראיים לקשר בין שתי המולקולות. | כאן ניתן לראות כי שיירים הידרופוביים ממלאים את המרחב בין שתי מולקולות של קרטין ואכן הם אחראיים לקשר בין שתי המולקולות. | ||
עוד לפני שפענוח מבנה גבישי של אלפא קרטינים, על בסיס מודלים של מבנה מלופף coiled coil , חוקרים נבאו כי במבנה מלופף סלילי אלפא נקשרים זו לזה בעזרת קשרים הידרופוביים בין שיירים אפולריים. במבנה של סליל אלפא ישנם 3.6 שיירים בכל סיבוב של סליל. בגלל מחזוריות זו, ישנו גם מחזוריות בנקודות מגע בין שני סלילים מלופפים. | |||
<ref>PMID:22705788</ref> | |||
מחזוריות זו נראה במיקומם של שיירים אפולריים במקומות A ו-D במחזור שנקרא Heptad repeat של שבעה שיירים שמיוצגים באותיות ABCDEFG. | |||
===מדוע קשרים בין סיבי קרטין הם קשרים הידרופוביים=== | |||
פילמנטים בינוניים נמצאים בתוך הציטופלסמה בסביבה עשירה ביונים - אם הקשרים בין הסיבים היו בעיקר קשרים אלקטרוסטטיים, אז היונים בסביבת החלבונים היו יכולים להשפיע על הקשר באזורים החשופים של חלבונים אלה ובכך לגרום לפירוק הקשר בין הסיבים ולשינוי המבנה. דווקא נוכחותם של קשרים הידרופוביים מאפשרת לחלבונים אלה להיקשר זה לזה גם בסביבה עשירה ביונים. | |||
קצוות אמינו וקרבוקסי של קרטין אלפא, עשירים בחומצות אמינו מסוג Cys. תפקידם של קצוות אלה בקשרים בתוך הסיבים אינו ידוע, אבל ייתכן כי Cys אלו משתתפים ביצירה של קשרי דיסולפיד בין חלבונים ובכך מחזק את מבנה הסיב. | |||
==מקורות== | ==מקורות== | ||
