# Jmol state version 14.32.64  2022-07-24 20:37;
  # fullName = "jmolApplet0__172671703926288__";
  # documentBase = "file:///Users/emartz/DOSFiles/D-disk/ERICS1WS/jmol/fgij/fg.htm?mol=1sva";
  # codeBase = "file:///Users/emartz/DOSFiles/D-disk/ERICS1WS/jmol/fgij/jsmol/j2s/";


function _setWindowState() {
# width 560;
# height 513;
  stateVersion = 1432064;
  background [xffffff];
  axis1Color = "[xff0000]";
  axis2Color = "[x008000]";
  axis3Color = "[x0000ff]";
  set ambientPercent 30;
  set diffusePercent 84;
  set specular true;
  set specularPercent 22;
  set specularPower 100;
  set specularExponent 4;
  set celShading false;
  set celShadingPower 10;
  set zShadePower 3;
}

function _setFileState() {

  set allowEmbeddedScripts false;
  set appendNew true;
  set appletProxy "";
  set applySymmetryToBonds false;
  set autoBond true;
  set bondRadiusMilliAngstroms 150;
  set bondTolerance 0.45;
  set defaultLattice {0 0 0};
  set defaultLoadFilter "";
  set defaultLoadScript "";
  set defaultStructureDssp true;
  set defaultVDW Auto;
  set forceAutoBond false;
  #set defaultDirectory "";
  #set loadFormat "https://files.rcsb.org/download/%FILE.pdb";
  #set loadLigandFormat "https://files.rcsb.org/ligands/download/%FILE.cif";
  #set smilesUrlFormat "https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/%FILE/file?format=sdf&get3d=true";
  #set nihResolverFormat "https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure";
  #set pubChemFormat "https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/%FILE/SDF?record_type=3d";
  set bondingVersion 0;
  set legacyAutoBonding false;
  set legacyAutoBonding false;
  set legacyHAddition false;
  set legacyJavaFloat false;
  set minBondDistance 0.4;
  set minimizationCriterion  0.001;
  set minimizationSteps  100;
  set multipleBondBananas false;
  set pdbAddHydrogens false;
  set pdbGetHeader false;
  set pdbSequential false;
  set percentVdwAtom 23;
  set smallMoleculeMaxAtoms 40000;
  set smartAromatic true;
  load "/wiki/images/2/29/1sva-revdat2009.pdb.gz" FILTER "*.CA;biomolecule 1;bmchains;/=5";

}

function _setParameterState() {

   set defaultanglelabel "%VALUE %UNITS";
   set defaultcolorscheme "jmol";
   set defaultdistancelabel "%VALUE %UNITS";
   set defaultdrawarrowscale 0.5;
   set defaultlabelpdb "%m%r";
   set defaultlabelxyz "%a";
   set defaultlattice "{0 0 0}";
   set defaultloadfilter "";
   set defaultloadscript "";
   set defaulttorsionlabel "%VALUE %UNITS";
   set defaulttranslucent 0.5;
   set defaultvdw "Auto";
  set allowembeddedscripts true;
  set allowmoveatoms false;
  set allowrotateselected false;
  set animationmode "once";
  set appletproxy "";
  set applysymmetrytobonds false;
  set atomtypes "";
  set autobond true;
  set autofps false;
  set axes window;
  set axesmode 0;
  set axesoffset 0.0;
  set axesscale 2.0;
  set bondmodeor false;
  set bondradiusmilliangstroms 150;
  set bondtolerance 0.45;
  set cartoonbaseedges false;
  set cartoonblockheight 0.5;
  set cartoonblocks false;
  set cartoonfancy false;
  set cartoonladders false;
  set cartoonrockets false;
  set cartoonsteps false;
  set chaincasesensitive false;
  set dataseparator "~~~";
  set defaultstructuredssp true;
  set delaymaximumms 0;
  set dipolescale 1.0;
  set disablepopupmenu false;
  set displaycellparameters true;
  set dotdensity 3;
  set dotscale 1;
  set dotsselectedonly false;
  set dotsurface true;
  set doubleprecision false;
  set dragselected false;
  set drawfontsize 16.0;
  set drawhover false;
  set dsspcalculatehydrogenalways true;
  set ellipsoidarcs false;
  set ellipsoidarrows false;
  set ellipsoidaxes false;
  set ellipsoidaxisdiameter 0.02;
  set ellipsoidball true;
  set ellipsoiddotcount 200;
  set ellipsoiddots false;
  set ellipsoidfill false;
  set energyunits "kJ";
  set forceautobond false;
  set gestureswipefactor 1.0;
  set greyscalerendering false;
  set hbondhxdistancemaximum 2.5;
  set hbondsbackbone false;
  set hbondsrasmol true;
  set hbondssolid false;
  set helixstep 1;
  set helppath "https://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/index.htm";
  set hermitelevel 0;
  set hiddenlinesdashed false;
  set hidenameinpopup false;
  set hidenavigationpoint false;
  set highresolution false;
  set hoverdelay 0.3;
  set infofontsize 20;
  set isosurfacekey false;
  set isosurfacepropertysmoothing true;
  set isosurfacepropertysmoothingpower 7;
  set jmolinjspecview true;
  set justifymeasurements false;
  set labelpointerwidth 2;
  set loadatomdatatolerance 0.01;
  set measureallmodels false;
  set measurementlabels true;
  set meshscale 1;
  set messagestylechime false;
  set minbonddistance 0.4;
  set minimizationcriterion 0.001;
  set minimizationrefresh true;
  set minimizationsilent false;
  set minimizationsteps 100;
  set minpixelselradius 6;
  set modulationscale 1.0;
  set monitorenergy false;
  set multiplebondbananas false;
  set multiplebondradiusfactor 0.0;
  set multiplebondspacing -1.0;
  set navigationperiodic false;
  set navigationspeed 5.0;
  set nbocharges true;
  set nmrpredictformat "https://www.nmrdb.org/service/predictor?POST?molfile=";
  set nmrurlformat "https://www.nmrdb.org/new_predictor?POST?molfile=";
  set partialdots false;
  set particleradius 20.0;
  set pdbaddhydrogens false;
  set pdbgetheader false;
  set pdbsequential false;
  set percentvdwatom 23;
  set pickingspinrate 10;
  set pointgroupdistancetolerance 0.2;
  set pointgrouplineartolerance 8.0;
  set propertyatomnumbercolumncount 0;
  set propertyatomnumberfield 0;
  set propertycolorscheme "roygb";
  set propertydatacolumncount 0;
  set propertydatafield 0;
  set quaternionframe "p";
  set rangeselected false;
  set ribbonaspectratio 16;
  set ribbonborder false;
  set rocketbarrels false;
  set sheetsmoothing 1.0;
  set showhiddenselectionhalos false;
  set showhydrogens true;
  set showmeasurements true;
  set showmodulationvectors false;
  set showmultiplebonds true;
  set shownavigationpointalways false;
  set showunitcelldetails true;
  set slabbyatom false;
  set slabbymolecule false;
  set smallmoleculemaxatoms 40000;
  set smartaromatic true;
  set solventprobe false;
  set solventproberadius 1.2;
  set ssbondsbackbone false;
  set starwidth 0.05;
  set stereodegrees -5;
  set strandcountformeshribbon 7;
  set strandcountforstrands 5;
  set strutdefaultradius 0.3;
  set strutlengthmaximum 7.0;
  set strutsmultiple false;
  set strutspacing 6;
  set tracealpha true;
  set translucent true;
  set twistedsheets false;
  set usenumberlocalization true;
  set vectorscale 1.0;
  set vectorscentered false;
  set vectorsymmetry false;
  set vectortrail 0;
  set vibrationscale 1.0;
  set waitformoveto true;
  set wireframerotation false;
  set zdepth -800;
  set zoomheight false;
  set zoomlarge false;
  set zslab 50;

#user-defined atom sets; 
  @~all_crosslinks ({});
  @~all_unusual ({});
  @~anomalous_atoms ({});
  @~d_aa_ca ({});
  @~d_aas ({});
  @~ester_bonds ({});
  @~hidden4hide_jdef ({});
  @~hidden4isolate_jdef ({});
  @~hidden_jdef ({});
  @~histyr_bonds ({});
  @~isopeptide_bonds ({});
  @~labeledcys ({});
  @~nonstandard_residue_ca ({});
  @~nonstandard_residues ({});
  @~nos_bonds ({});
  @~nucleic ({});
  @~polynucleic ({});
  @~protein ({0:24719});
  @~thioester_bonds ({});
  @~thioether_bonds ({});

# label defaults;
  select none;
  color label none;
  background label none;
  set labelOffset 4 4;
  set labelAlignment left;
  set labelPointer off;
  font label 13 SansSerif Plain;

}

function _setDataState() {

}

function _setModelState() {

  select ({9 11:13 23:25 52 81:83 93:95 101 121 122 150:152 163 164 191 219 220 232 260 285 286 297 298 326 352 354:356 366:368 395 421 423:425 435:437 464 493:495 505:507 513 533 534 562:564 575 576 603 631 632 644 672 697 698 709 710 738 764 766:768 778:780 807 833 835:837 847:849 876 905:907 917:919 925 945 946 974:976 987 988 1015 1043 1044 1056 1084 1109 1110 1121 1122 1150 1176 1178:1180 1190:1192 1219 1245 1247:1249 1259:1261 1288 1317:1319 1329:1331 1337 1357 1358 1386:1388 1399 1400 1427 1455 1456 1468 1496 1521 1522 1533 1534 1562 1588 1590:1592 1602:1604 1631 1657 1659:1661 1671:1673 1700 1729:1731 1741:1743 1749 1769 1770 1798:1800 1811 1812 1839 1867 1868 1880 1908 1933 1934 1945 1946 1974 2000 2002:2004 2014:2016 2043 2069 2071:2073 2083:2085 2112 2141:2143 2153:2155 2161 2181 2182 2210:2212 2223 2224 2251 2279 2280 2292 2320 2345 2346 2357 2358 2386 2412 2414:2416 2426:2428 2455 2481 2483:2485 2495:2497 2524 2553:2555 2565:2567 2573 2593 2594 2622:2624 2635 2636 2663 2691 2692 2704 2732 2757 2758 2769 2770 2798 2824 2826:2828 2838:2840 2867 2893 2895:2897 2907:2909 2936 2965:2967 2977:2979 2985 3005 3006 3034:3036 3047 3048 3075 3103 3104 3116 3144 3169 3170 3181 3182 3210 3236 3238:3240 3250:3252 3279 3305 3307:3309 3319:3321 3348 3377:3379 3389:3391 3397 3417 3418 3446:3448 3459 3460 3487 3515 3516 3528 3556 3581 3582 3593 3594 3622 3648 3650:3652 3662:3664 3691 3717 3719:3721 3731:3733 3760 3789:3791 3801:3803 3809 3829 3830 3858:3860 3871 3872 3899 3927 3928 3940 3968 3993 3994 4005 4006 4034 4060 4062:4064 4074:4076 4103 4129 4131:4133 4143:4145 4172 4201:4203 4213:4215 4221 4241 4242 4270:4272 4283 4284 4311 4339 4340 4352 4380 4405 4406 4417 4418 4446 4472 4474:4476 4486:4488 4515 4541 4543:4545 4555:4557 4584 4613:4615 4625:4627 4633 4653 4654 4682:4684 4695 4696 4723 4751 4752 4764 4792 4817 4818 4829 4830 4858 4884 4886:4888 4898:4900 4927 4953 4955:4957 4967:4969 4996 5025:5027 5037:5039 5045 5065 5066 5094:5096 5107 5108 5135 5163 5164 5176 5204 5229 5230 5241 5242 5270 5296 5298:5300 5310:5312 5339 5365 5367:5369 5379:5381 5408 5437:5439 5449:5451 5457 5477 5478 5506:5508 5519 5520 5547 5575 5576 5588 5616 5641 5642 5653 5654 5682 5708 5710:5712 5722:5724 5751 5777 5779:5781 5791:5793 5820 5849:5851 5861:5863 5869 5889 5890 5918:5920 5931 5932 5959 5987 5988 6000 6028 6053 6054 6065 6066 6094 6120 6122:6124 6134:6136 6163 6189 6191:6193 6203:6205 6232 6261:6263 6273:6275 6281 6301 6302 6330:6332 6343 6344 6371 6399 6400 6412 6440 6465 6466 6477 6478 6506 6532 6534:6536 6546:6548 6575 6601 6603:6605 6615:6617 6644 6673:6675 6685:6687 6693 6713 6714 6742:6744 6755 6756 6783 6811 6812 6824 6852 6877 6878 6889 6890 6918 6944 6946:6948 6958:6960 6987 7013 7015:7017 7027:7029 7056 7085:7087 7097:7099 7105 7125 7126 7154:7156 7167 7168 7195 7223 7224 7236 7264 7289 7290 7301 7302 7330 7356 7358:7360 7370:7372 7399 7425 7427:7429 7439:7441 7468 7497:7499 7509:7511 7517 7537 7538 7566:7568 7579 7580 7607 7635 7636 7648 7676 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  select *;
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