בדצמבר 2019 , התפרץ לראשונה בעיר ווהן בסין נגיף קורונה חדש שנקרא , SARS COV-2 שהתפשט לרחבי העולם כולל ישראל , הנגיף גורם למחלה שנקרא coronavirus disease 2019 (COVID‑19) ,ארגון הבריאות העולמי (WHO) הכריז על המחלה כפנדמיה – מחלה כלל עולמית . תסמיני המחלה הם חום , שיעול יבש , כאבי גרון וקשיי נשימה ואפילו למוות במקרים החמורים . דרכי ההדבקה בוירוס הקורונה הם דרך האף ,הפה והעיניים לחץ לצפייה איך נדבקים בנגיף ? וכחלק מהמלחמה בנגיף הקורונה ישראל ומדינות נוספות מחייבות את תושביה להשתמש במסכות פנים בכדי לצמצם את מעבר הנגיף מאדם לאחר למרות זאת נכון לתאריך כתיבת ערך זה לפי עדכון משרד הבריאות בישראל מספר המאובחנים הכללי הכפיל ל-61,388 מעדכון לתאריך 26.7.2020. מספר החולים הפעילים הגיע ל-33,965 – מספר שצפוי לרדת בימים הקרובים לאחר עדכון תקופת משך המחלה שהתבצע בשבוע שעבר. עם זאת, מספר המאושפזים בבתי החולים עלה ל 764 איש, כשמתוכם 166 מוגדרים במצב בינוני ו 329 במצב קשה, מתוכם 100 מונשמים! החשש מפני עומס בבתי החולים שלא יאפשר לטפל בכל הזקוקים לכך הולך ועולה.

נגיף SARS-COV-2

איור 3 – נגיף הקורונה נקרא על שם חלבונים שמעניקים לו מראה של כתר. אילוסטרציה של נגיף הקורונה KTSDesign, SPL

נגיף הקורונה החדש שייך למשפחת וירוסי הקורונה , הוא נקרא בשם הזה על שם חלבוני ה spike- דמויי הכתר או בלטינית קורונה , הבולטים על פני השטח שלו (איור 3) חלבון זה הוא חיוני וקריטי לחדירת הוירוס לתא המאכסן שלו.
הגנום של נגיף הקורונה מורכב ממולקולת RNA, ולא ממולקולות DNA, כמו הגנום שלנו ושל כל בעלי החיים, הצמחים וגם החיידקים. כשבוע לאחר שהנגיף תועד לראשונה קבעו חוקרים את רצף שלו. בעוד שהגנום של האדם מורכב מלמעלה משלושה מיליארד "אותיות" או בסיסי DNA,הגנום של הנגיף מכיל פחות מ- 30,000 אותיות גנטיות ומספר קטן של גנים
, הגנום שלו מורכב ממולקולת RNA המקודדת ל 29 גנים המייצרים בסופו של דבר 29 חלבונים האחראיים על התרבות הנגיף בתא המאכסן , ישנם חלבונים לא מבניים כמו RNA POLYMERASE וחלבונים מבניים כמו חלבון הספייק שמשמש לחדירת הנגיף לתא המאכסן בנוסף לחלבון נוקלאופרוטאין האורז את הגנום ושניים אחרים הקשורים לקרום ^[2].
נגיף ה SARS- Cov2 האחראי על התפרצות הקורונה הנוכחית דומה מאוד במבנהו ורצפו לנגיף ה SARS-CoVהאחראי להתפרצות מחלת ה SARS ב 2002.מחקרים הראו שמקור נגיף ה SARS ההומני והנגיף הגורם למחלת הקורונה הינו מעטלפים.
ייתכן שעטלפים העבירו אותו לבני האדם אך בין שני הנגיפים קיים הבדל גדול בגנום באזורים הקשורים ליכולת ההדבקה , דבר זה מרמז על כך שנגיף העטלף הזה לא הדביק ישירות בני אדם אלא הועבר לבני אדם דרך מארח ביניים ^[3].
SARS ההומני והנגיף הגורם למחלת הקורונה הינו עבור נגיף ה SARS נמצא שמארח הביניים הינו היונק גחן דקלים אסייתי.
נמצאו 2 ח.אמינו במתחם קישור הרצפטור (RBD-receptor binding domain) באזור ה S1-CTD מבדילות בין הנגיף שמדביק האדם לזה המדביק את החדק,Asn479+Thr487 באדם לעומת lys479+ser487 בבעלי חיים.
מחקרים הראו שהנגיף של האדם נקשר יותר חזק לקולטן ACE2 מאשר הנגיף של בעל החיים, וההסבר הוא מוטציות שהובילו להחלפת שתי חומצות אמינו אלו הגדילו את סיכוי המעבר של הנגיף מחיה לאדם.
השינויים ברצפו של חלבון הספייק בנגיף הקורונה (כמו גם שינויים ברצף חלבונים אחרים בנגיף) הינם נושא למחקר רב.עד כה נקבע הרצף של מספר רב של נגיפים שבודדו מחולים בכל העולם רצפים אלו וההבדלים ביניהם הודות לרכישת מוטציות מאפשרים לעקוב אחר התפשטות המגפה בעולם, ללמוד על אזורים חשובים בגנום הנגיף ומהווים פוטנציאל לפיתוח חיסון או תרופה.
.המידע על רצף הנגיף והשינויים בו מאוגד במאגר ייחודי הפתוח לציבור הרחב.