|
- Na úvodním obrázku vidíte krátký úsek polypeptidového řetězce, na kterém si ukážeme základní vlastnosti primární struktury proteinu. Atomy tvořící hlavní řetězec jsou v cik-cak uspořádání, jak vyplývá geometrie jejich vazebných orbitalů. Postranní řetězce aminokyselin (takzvané R skupiny) vyčnívají to prostoru po stranách hlavního řetězce.
- Podívejme se nyní na peptidovou vazbu mezi dvěma aminokyselinami. Kvůli počtu elektronů ve vazebných orbitalech, peptidová vazba vykazuje některé vlastnosti dvojné vazby, která brání volné rotaci atomů na obou stranách této vazby. To znamená, že šest atomů v označených obdélníkem na modelu, jsou spoutané v planární konformaci. Přesvědčte se o tom na rotující animaci.
- Hlavní řetězec je složen ze stále se opakující sekvence atomů: alfa uhlíku, uhlíku karboxylové skupiny, dusíku amidové vazby. Kvůli rotaci neumožněné na peptidové dvojné vazbě, polypeptidový řetězec můžeme pozorovat jako řetězec obdélníků. Každý z těchto obdélníků může volně rotovat ve vztahu k ostatním.
- Sekundární struktura - Ve většině proteinů se nachází dva typy sekundární struktury.
|
